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- PDB-8r17: Crystal structure of Neurospora crassa NADase with modified C-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r17
タイトルCrystal structure of Neurospora crassa NADase with modified C-terminus
要素Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase,Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
キーワードHYDROLASE / NADase / NAD hydrolase / homodimer / glycoprotein / extracellular / TNT domain
機能・相同性Tuberculosis necrotizing toxin / Tuberculosis necrotizing toxin / NAD+ glycohydrolase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding / Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA / Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase
機能・相同性情報
生物種Neurospora crassa (菌類)
Aspergillus fumigatus (strain ATCC MYA-4609 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kallio, J.P. / Ferrario, E. / Ziegler, M.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Norwegian Research Council302314 ノルウェー
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Evolution of fungal tuberculosis necrotizing toxin (TNT) domain-containing enzymes reveals divergent adaptations to enhance NAD cleavage.
著者: Ferrario, E. / Kallio, J.P. / Emdadi, M. / Stromland, O. / Rack, J.G.M. / Ziegler, M.
履歴
登録2023年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase,Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2346
ポリマ－28,1831
非ポリマー1,0515
水41423
1
A: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase,Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
ヘテロ分子

A: Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase,Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,46912
ポリマ－56,3672
非ポリマー2,10210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5590 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.756, 83.756, 103.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

GOL

-
要素

#1: タンパク質 Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase,Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA / NAD(P)ase / NADase / Diphosphopyridine nucleotidase / DPNase / NAD(+) hydrolase / NADP(+) hydrolase ...NAD(P)ase / NADase / Diphosphopyridine nucleotidase / DPNase / NAD(+) hydrolase / NADP(+) hydrolase / NADase / NAD(+) hydrolase nadA / NADP(+) hydrolase nadA


分子量: 28183.324 Da / 分子数: 1
変異: 233-EDPQRLVPRNY-243 replaced by LDESEYDEKVEYSNPYTPGPNQ
由来タイプ: 組換発現
詳細: MKFTLLSTAVALLTSTAVA = signal sequence DVLFQGPGHHHHHH = 3C proteace cleavage site and HIS-tag 233-DESEYDEKVEYSNPYTPGPNQ-254 = engineered modification, sequence from AfNADase C- ...詳細: MKFTLLSTAVALLTSTAVA = signal sequence DVLFQGPGHHHHHH = 3C proteace cleavage site and HIS-tag 233-DESEYDEKVEYSNPYTPGPNQ-254 = engineered modification, sequence from AfNADase C-terminus,MKFTLLSTAVALLTSTAVA = signal sequence DVLFQGPGHHHHHH = 3C proteace cleavage site and HIS-tag 233-DESEYDEKVEYSNPYTPGPNQ-254 = engineered modification, sequence from AfNADase C-terminus
由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類), (組換発現) Aspergillus fumigatus (strain ATCC MYA-4609 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Af293 (カビ)
遺伝子: NCU07948, nadA, AFUA_6G14470 / 株: ATCC MYA-4609 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Af293
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7S936, UniProt: Q4WL81, NAD+ glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Bis-Tris pH 5.5-6.5, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.98 Å / Num. obs: 16949 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 75.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 1.828 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1626 / CC1/2: 0.442 / Rpim(I) all: 0.666

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5109精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→43.94 Å / SU ML: 0.3524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 867 5.13 %
Rwork0.2336 16031 -
obs0.2349 16898 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1463 0 68 23 1554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75762157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0296530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.36281460.33732594X-RAY DIFFRACTION99.93
2.44-2.630.3991540.34882615X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.90.36991450.31452638X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.320.37131380.31012655X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-4.180.23971380.22322689X-RAY DIFFRACTION99.96
4.18-43.940.21251460.19742840X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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