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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r0d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Borneoldehydrogenase ancestor N39 | ||||||
要素 | Borneoldehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TERPENOID / ALCOHOL / BORNEOL / ROSSMANN-LIKE FOLD | ||||||
機能・相同性 | FORMIC ACID 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Helmer, C.P.O. / Dimos, N. / Loll, B. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Borneoldehydrogenase N39 著者: Helmer, C.P.O. / Dimos, N. / Loll, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r0d.cif.gz | 78.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r0d.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r0d_validation.pdf.gz | 446.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r0d_full_validation.pdf.gz | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8r0d_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r0d_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29660.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.4, 11% (w/v) PEG 3,000 / PH範囲: 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 138314 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 26.16 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 21199 / CC1/2: 0.497 / Rrim(I) all: 1.446 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→42.76 Å / SU ML: 0.2723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8184 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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