[日本語] English
- PDB-8qzv: Crystal structure of translation factor eIF5A from Trichomonas va... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qzv
タイトルCrystal structure of translation factor eIF5A from Trichomonas vaginalis
要素Eukaryotic translation initiation factor 5A
キーワードTRANSLATION / translation factor / hypusination / eIF5A / hypusine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号
Polish National Science Centre2019/35/N/NZ1/02805 ポーランド
Polish National Science Centre2019/33/B/NZ1/01839 ポーランド
引用ジャーナル: FEBS J / : 2024
タイトル: Structural characterization of the (deoxy)hypusination in Trichomonas vaginalis questions the bifunctionality of deoxyhypusine synthase.
著者: Elżbieta Wątor / Piotr Wilk / Paweł Kochanowski / Przemysław Grudnik /
要旨: Trichomonas vaginalis, the causative agent of trichomoniasis, is a prevalent anaerobic protozoan parasite responsible for the most common nonviral sexually transmitted infection globally. While ...Trichomonas vaginalis, the causative agent of trichomoniasis, is a prevalent anaerobic protozoan parasite responsible for the most common nonviral sexually transmitted infection globally. While metronidazole and its derivatives are approved drugs for this infection, rising resistance necessitates the exploration of new antiparasitic therapies. Protein posttranslational modifications (PTMs) play crucial roles in cellular processes, and among them, hypusination, involving eukaryotic translation factor 5A (eIF5A), has profound implications. Despite extensive studies in various organisms, the role of hypusination in T. vaginalis and its potential impact on parasite biology and pathogenicity remain poorly understood. This study aims to unravel the structural basis of the hypusination pathway in T. vaginalis using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. The results reveal high structural homology between T. vaginalis and human orthologs, providing insights into the molecular architecture of eIF5A and deoxyhypusine synthase (DHS) and their interaction. Contrary to previous suggestions of bifunctionality, our analyses indicate that the putative hydroxylation site in tvDHS is nonfunctional, and biochemical assays demonstrate exclusive deoxyhypusination capability. These findings challenge the notion of tvDHS functioning as both deoxyhypusine synthase and hydroxylase. The study enhances understanding of the hypusination pathway in T. vaginalis, shedding light on its functional relevance and potential as a drug target, and contributing to the development of novel therapeutic strategies against trichomoniasis.
履歴
登録2023年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4311
ポリマ-18,4311
非ポリマー00
2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.262, 40.795, 117.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A / eIF-5A


分子量: 18430.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: eIF-5A1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5MC19
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M phosphate/citrate pH=4.2 40 % PEG 300 Directly from crystallization screen

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月18日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→40.8 Å / Num. obs: 37009 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/av σ(I): 15.77 / Net I/σ(I): 15.25
反射 シェル解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 2.692 / Mean I/σ(I) obs: 15.77 / Num. unique obs: 68214 / CC1/2: 0.637 / Rrim(I) all: 2.815 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→38.52 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 1115 3.01 %
Rwork0.2111 --
obs0.2118 37009 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→38.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 0 149 1202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.509400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.410.48581350.51414337X-RAY DIFFRACTION98
1.41-1.480.46351360.44674416X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.580.37071380.33754437X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.70.26541390.25434445X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.870.24031380.21594446X-RAY DIFFRACTION100
1.87-2.140.22841400.18444533X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.690.22591410.20284525X-RAY DIFFRACTION100
2.69-38.520.20451480.18054755X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る