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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qx7 | ||||||
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タイトル | Apo-C-Terminal Domain Homolog of the Orange Carotenoid Protein from Anabaena at a resolution of 1.95 Angstroms | ||||||
要素 | All4940 protein | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Membrane / carotenoid / Orange carotenoid protein / Cyanobacteria | ||||||
機能・相同性 | Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / NTF2-like domain superfamily / MALONIC ACID / All4940 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cyanobacteriota (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Sklyar, J. / Wilson, A. / Kirilovsky, D. / Adir, N. | ||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024 タイトル: Insights into energy quenching mechanisms and carotenoid uptake by orange carotenoid protein homologs: HCP4 and CTDH. 著者: Sklyar, J. / Wilson, A. / Kirilovsky, D. / Adir, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qx7.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qx7.ent.gz | 45.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qx7_validation.pdf.gz | 958.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qx7_full_validation.pdf.gz | 962 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qx7_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qx7_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qx5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16158.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanobacteriota (バクテリア) / 遺伝子: all4940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YMJ3 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 44% Tacsimate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→47.78 Å / Num. obs: 20695 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 1410 / CC1/2: 0.843 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→47.78 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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