PDB-8qwa: Adenylosuccinate Synthetase from H. pylori in complex with PLP and IMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qwa

タイトル

Adenylosuccinate Synthetase from H. pylori in complex with PLP and IMP

要素

Adenylosuccinate synthetase

キーワード

LIGASE / purine salvage pathway / complex with inhibitor / AMP precursos synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bzowska, A. / Narczyk, M. / Maksymiuk, W.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2024
タイトル: Vitamin B6 inhibits activity of Helicobacter pylori adenylosuccinate synthetase and growth of reference and clinical, antibiotic-resistant H. pylori strains.
著者: Wojtys, M.I. / Maksymiuk, W. / Narczyk, M. / Bubic, A. / Asler, I.L. / Krzyzek, P. / Gosciniak, G. / Jagusztyn-Krynicka, E.K. / Bzowska, A.

履歴

登録	2023年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qwa.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qwa.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qwa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qwa_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qwa_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8qwa_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	8qwa_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.897, 61.124, 119.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.905, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-727- HOH
2	1	A-740- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Adenylosuccinate synthetase / AMPSase / AdSS / IMP--aspartate ligase 分子量: 45809.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: purA, HP_0255 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P56137, adenylosuccinate synthase

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: counter-diffusion / pH: 8.5 詳細: 85mM Tris-HCl pH 8,5 21% PEG4k 170 mM Li2SO4 15% GOL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION SUPERNOVA / 波長: 1.54184 Å

検出器

タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年1月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→29.821 Å / Num. obs: 41958 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 48

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.06-29.8	23.2	0.016	375	1	0.004	0.017
1.85-1.89	12.7	0.24	2580	0.991	0.102	0.261

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
CrysalisPro		データ収集
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→29.821 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.157 / SU B: 2.372 / SU ML: 0.072 / Average fsc free: 0.9728 / Average fsc work: 0.9827 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	4135	9.876 %
R_work	0.1669	37735	-
all	0.17	-	-
obs	-	41870	99.752 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.066 Å²	0 Å²	0.738 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.291 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.821 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3176	0	49	264	3489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.963	1.842	4449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.66	1.781	7365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.601	5	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.865	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.008	10	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.421	10	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.931	1.689	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.892	1.689	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.763	3.029	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.763	3.029	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.392	2.126	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.391	2.128	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.199	3.685	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.198	3.687	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.26	17.146	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.186	16.843	3679

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.262	309	0.195	2757	0.202	3066	0.96	0.978	100	0.166
1.898-1.95	0.23	300	0.188	2705	0.192	3005	0.968	0.979	100	0.161
1.95-2.006	0.238	307	0.18	2599	0.186	2906	0.968	0.98	100	0.155
2.006-2.067	0.221	257	0.172	2567	0.177	2826	0.971	0.982	99.9292	0.151
2.067-2.135	0.216	278	0.18	2490	0.184	2768	0.971	0.981	100	0.159
2.135-2.209	0.213	256	0.174	2405	0.178	2664	0.973	0.982	99.8874	0.154
2.209-2.292	0.226	229	0.174	2336	0.179	2566	0.971	0.982	99.961	0.156
2.292-2.385	0.234	255	0.171	2193	0.177	2456	0.97	0.982	99.6743	0.152
2.385-2.491	0.215	223	0.167	2138	0.172	2375	0.97	0.984	99.4105	0.148
2.491-2.611	0.218	227	0.157	2049	0.163	2280	0.974	0.986	99.8246	0.142
2.611-2.751	0.224	241	0.174	1911	0.179	2165	0.972	0.983	99.3995	0.157
2.751-2.917	0.182	196	0.169	1831	0.17	2036	0.98	0.983	99.558	0.156
2.917-3.116	0.219	168	0.17	1768	0.174	1945	0.967	0.982	99.5373	0.16
3.116-3.363	0.197	180	0.169	1613	0.172	1799	0.978	0.984	99.6665	0.165
3.363-3.679	0.172	152	0.164	1499	0.165	1655	0.984	0.985	99.7583	0.161
3.679-4.105	0.169	155	0.146	1349	0.149	1514	0.984	0.988	99.3395	0.149
4.105-4.725	0.138	161	0.126	1181	0.127	1345	0.99	0.991	99.777	0.131
4.725-5.751	0.177	115	0.169	1022	0.17	1138	0.987	0.988	99.9121	0.175
5.751-7.987	0.187	66	0.17	841	0.171	907	0.982	0.986	100	0.175
7.987-29.821	0.198	60	0.171	481	0.173	545	0.967	0.983	99.2661	0.172

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