+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qvs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Ompk36 GD at 3500 eV based on a combination of spherical harmonics and analytical absorption corrections | ||||||
要素 | OmpK36 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / long-wavelength x-ray diffraction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å | ||||||
データ登録者 | Duman, R. / Wagner, A. / Beis, K. / Wong, J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2024 タイトル: Ray-tracing analytical absorption correction for X-ray crystallography based on tomographic reconstructions. 著者: Lu, Y. / Duman, R. / Beilsten-Edmands, J. / Winter, G. / Basham, M. / Evans, G. / Kamps, J.J.A.G. / Orville, A.M. / Kwong, H.S. / Beis, K. / Armour, W. / Wagner, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qvs.cif.gz | 211.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8qvs.ent.gz | 169.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qvs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/8qvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/8qvs | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38231.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ompK36, ompC_2, DDJ63_09115, NCTC13443_05288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6QLY1 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6 and 12% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 3.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 3.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→107.43 Å / Num. obs: 60652 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 24.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.424 Å / Num. unique obs: 5634 / CC1/2: 0.878 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→107.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.965 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.852 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.34→107.43 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|