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- PDB-8qvd: Deinococcus aerius TR0125 C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qvd
タイトルDeinococcus aerius TR0125 C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type crystal cryoprotected with glycerol
要素
  • DUF6379 domain-containing protein
  • Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
キーワードLYASE / bacterial C-glucosyl deglycosidase / C-C bond cleavage / C-glucosyl aromatic polyketides / C-glucosyl flavonoids / Deinococcus aerius / soil bacterium / N-terminal DUF6379 beta-sandwich domain / C-terminal TIM-barrel domain / alpha2beta2 heterotetramer
機能・相同性Domain of unknown function DUF6379 / Domain of unknown function (DUF6379) / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / : / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein / DUF6379 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Deinococcus aerius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Furlanetto, V. / Kalyani, D.C. / Kostelac, A. / Haltrich, D. / Hallberg, B.M. / Divne, C.
資金援助 オーストリア, 5件
組織認可番号国
Other governmentFormas 2017-00983
Other privateOscar and Lili Lamm Memorial Foundation DO2017-0020
Other governmentVR 2017-03877
Austrian Science FundFWF P33545 オーストリア
Austrian Science FundFWF W1224 オーストリア
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Gene Cluster Responsible for Deglycosylation of C-glucosyl Flavonoids and Xanthonoids by Deinococcus aerius.
著者: Valentina Furlanetto / Dayanand C Kalyani / Anja Kostelac / Jolanta Puc / Dietmar Haltrich / B Martin Hällberg / Christina Divne /
要旨: Plant C-glycosylated aromatic polyketides are important for plant and animal health. These are specialized metabolites that perform functions both within the plant, and in interaction with soil or ...Plant C-glycosylated aromatic polyketides are important for plant and animal health. These are specialized metabolites that perform functions both within the plant, and in interaction with soil or intestinal microbes. Despite the importance of these plant compounds, there is still limited knowledge of how they are metabolized. The Gram-positive aerobic soil bacterium Deinococcus aerius strain TR0125 and other Deinococcus species thrive in a wide range of harsh environments. In this work, we identified a C-glycoside deglycosylation gene cluster in the genome of D. aerius. The cluster includes three genes coding for a GMC-type oxidoreductase (DaCGO1) that oxidizes the glucosyl C3 position in aromatic C-glucosyl compounds, which in turn provides the substrate for the C-glycoside deglycosidase (DaCGD; composed of α+β subunits) that cleaves the glucosyl-aglycone C-C bond. Our results from size-exclusion chromatography, single particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography show that DaCGD is an αβ heterotetramer, which represents a novel oligomeric state among bacterial CGDs. Importantly, the high-resolution X-ray structure of DaCGD provides valuable insights into the activation of the catalytic hydroxide ion by Lys261. DaCGO1 is specific for the 6-C-glucosyl flavones isovitexin, isoorientin and the 2-C-glucosyl xanthonoid mangiferin, and the subsequent C-C-bond cleavage by DaCGD generated apigenin, luteolin and norathyriol, respectively. Of the substrates tested, isovitexin was the preferred substrate (DaCGO1, K 0.047 mM, k 51 min; DaCGO1/DaCGD, K 0.083 mM, k 0.42 min).
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
B: DUF6379 domain-containing protein
C: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
D: DUF6379 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,73519
ポリマ－109,0484
非ポリマー1,68615
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Oligomeric state confirmed by gel filtration, cryo-EM, crystal structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area35810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.030, 93.780, 93.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein


分子量: 40554.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125 / 遺伝子: DAERI_200053 / プラスミド: pNIC-CTHO / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)-T1 / 参照: UniProt: A0A2I9DAN1
#2: タンパク質 DUF6379 domain-containing protein


分子量: 13969.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125 / 遺伝子: DAERI_200052 / プラスミド: 2A-T / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)-T1 / 参照: UniProt: A0A2I9E2I0
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 12% (w/v) polyethylene glycol 3,350, 5 mM CoCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, and 5 mM NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月27日 / 詳細: compound refractive lenses
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49.51 Å / Num. obs: 18261 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1557 / CC1/2: 0.637 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→49.51 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2965 1827 10.06 %
Rwork0.2387 --
obs0.2443 18156 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7252 0 15 0 7267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43410024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9111000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0161320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.390.4511230.47841272X-RAY DIFFRACTION99
3.39-3.490.50251450.43951274X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.60.4331470.39741226X-RAY DIFFRACTION99
3.6-3.730.42761370.35231240X-RAY DIFFRACTION99
3.73-3.880.35541460.30521233X-RAY DIFFRACTION99
3.88-4.060.32651420.25831241X-RAY DIFFRACTION99
4.06-4.270.2811390.2311259X-RAY DIFFRACTION99
4.27-4.540.25361380.2011235X-RAY DIFFRACTION99
4.54-4.890.20451480.17081255X-RAY DIFFRACTION99
4.89-5.380.27431280.19191262X-RAY DIFFRACTION100
5.38-6.150.2711320.21941266X-RAY DIFFRACTION99
6.16-7.750.27791490.20991282X-RAY DIFFRACTION100
7.75-49.510.24851530.17961284X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.0587 Å / Origin y: 16.9542 Å / Origin z: -22.1771 Å
111213212223313233
T1.4795 Å20.0142 Å20.0347 Å2-1.1563 Å20.0232 Å2--1.1473 Å2
L0.0976 °20.0277 °2-0.0229 °2-1.3117 °2-0.124 °2--1.0548 °2
S-0.0389 Å °0.0332 Å °-0.0284 Å °-0.2309 Å °-0.0765 Å °-0.0457 Å °0.0042 Å °0.2087 Å °0.1234 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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