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万見
- PDB-8qv5: Structure of human SPNS2 in LMNG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qv5
タイトルStructure of human SPNS2 in LMNG
要素
  • Nanobody D12
  • Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
キーワードLIPID TRANSPORT / SLC TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN / S1P / EXPORTER
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein spinster-like / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Li, H.Z. / Pike, A.C.W. / McKinley, G. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Moreau, C. / Scacioc, A. / Abrusci, P. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Stefanic, S. ...Li, H.Z. / Pike, A.C.W. / McKinley, G. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Moreau, C. / Scacioc, A. / Abrusci, P. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Stefanic, S. / Burgess-Brown, N. / Duerr, K.L. / Sauer, D.B.
資金援助 スイス, 英国, 2件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative777372 スイス
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Transport and inhibition of the sphingosine-1-phosphate exporter SPNS2.
著者: Huanyu Z Li / Ashley C W Pike / Yung-Ning Chang / Dheeraj Prakaash / Zuzana Gelova / Josefina Stanka / Christophe Moreau / Hannah C Scott / Frank Wunder / Gernot Wolf / Andreea Scacioc / ...著者: Huanyu Z Li / Ashley C W Pike / Yung-Ning Chang / Dheeraj Prakaash / Zuzana Gelova / Josefina Stanka / Christophe Moreau / Hannah C Scott / Frank Wunder / Gernot Wolf / Andreea Scacioc / Gavin McKinley / Helena Batoulis / Shubhashish Mukhopadhyay / Andrea Garofoli / Adán Pinto-Fernández / Benedikt M Kessler / Nicola A Burgess-Brown / Saša Štefanić / Tabea Wiedmer / Katharina L Dürr / Vera Puetter / Alexander Ehrmann / Syma Khalid / Alvaro Ingles-Prieto / Giulio Superti-Furga / David B Sauer /
要旨: Sphingosine-1-phosphate (S1P) is a signaling lysolipid critical to heart development, immunity, and hearing. Accordingly, mutations in the S1P transporter SPNS2 are associated with reduced white cell ...Sphingosine-1-phosphate (S1P) is a signaling lysolipid critical to heart development, immunity, and hearing. Accordingly, mutations in the S1P transporter SPNS2 are associated with reduced white cell count and hearing defects. SPNS2 also exports the S1P-mimicking FTY720-P (Fingolimod) and thereby is central to the pharmacokinetics of this drug when treating multiple sclerosis. Here, we use a combination of cryo-electron microscopy, immunofluorescence, in vitro binding and in vivo S1P export assays, and molecular dynamics simulations to probe SPNS2's substrate binding and transport. These results reveal the transporter's binding mode to its native substrate S1P, the therapeutic FTY720-P, and the reported SPNS2-targeting inhibitor 33p. Further capturing an inward-facing apo state, our structures illuminate the protein's mechanism for exchange between inward-facing and outward-facing conformations. Finally, using these structural, localization, and S1P transport results, we identify how pathogenic mutations ablate the protein's export activity and thereby lead to hearing loss.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
B: Nanobody D12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6372
ポリマ－74,6372
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2


分子量: 58962.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPNS2 / プラスミド: pHTBV1.1-CTGFP-SIII-10H / Cell (発現宿主): Expi-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IVW8
#2: 抗体 Nanobody D12


分子量: 15674.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pBXNPFLAGH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of SPNS2 with nanobody D12 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.07453 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 0.002% LMNG
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMSodium chloride1
30.002 %Lauryl Maltose Neopentyl Glyco (LMNG)1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: SEC purified
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: eBIC Krios II
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 20.71 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8680 / 詳細: eBIC Diamond Krios II

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3EPU画像取得
5cryoSPARCCTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Coot0.9.8モデルフィッティング
11cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1分類
14cryoSPARC3.3.1３次元再構成
15PHENIX1.20_4459モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3376229
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 308935 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 89.52 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00194179
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.41345700
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0358674
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031708
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.59921383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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