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- PDB-8qv2: Structure of the native y-Tubulin Ring Complex (yTuRC) capping mi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qv2
タイトルStructure of the native y-Tubulin Ring Complex (yTuRC) capping microtubule minus ends at the spindle pole body
要素
  • (Spindle pole body ...) x 3
  • Tubulin alpha-1 chain
  • Tubulin beta chain
  • Tubulin gamma chain
  • Unkown protein
キーワードCELL CYCLE / Microtubule nucleation / MTOC / y-tubulin / SPB
機能・相同性
機能・相同性情報


equatorial microtubule organizing center / nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / microtubule minus-end binding / nuclear division / mitotic spindle pole body / homologous chromosome segregation / Platelet degranulation / nuclear migration along microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization ...equatorial microtubule organizing center / nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / microtubule minus-end binding / nuclear division / mitotic spindle pole body / homologous chromosome segregation / Platelet degranulation / nuclear migration along microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / tubulin complex / mitotic sister chromatid segregation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / nuclear periphery / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / spindle pole / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spindle pole body component 110, C-terminal / Spindle pole body component 110 C-terminal domain / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...Spindle pole body component 110, C-terminal / Spindle pole body component 110 C-terminal domain / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / SPC98 isoform 1 / Tubulin gamma chain / Spindle pole body component / Spindle pole body component 110 / Tubulin alpha-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Dendooven, T. / Yatskevich, S. / Burt, A. / Bellini, D. / Kilmartin, J. / Barford, D.
資金援助 英国, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of the native γ-tubulin ring complex capping spindle microtubules.
著者: Tom Dendooven / Stanislau Yatskevich / Alister Burt / Zhuo A Chen / Dom Bellini / Juri Rappsilber / John V Kilmartin / David Barford /
要旨: Microtubule (MT) filaments, composed of α/β-tubulin dimers, are fundamental to cellular architecture, function and organismal development. They are nucleated from MT organizing centers by the ...Microtubule (MT) filaments, composed of α/β-tubulin dimers, are fundamental to cellular architecture, function and organismal development. They are nucleated from MT organizing centers by the evolutionarily conserved γ-tubulin ring complex (γTuRC). However, the molecular mechanism of nucleation remains elusive. Here we used cryo-electron tomography to determine the structure of the native γTuRC capping the minus end of a MT in the context of enriched budding yeast spindles. In our structure, γTuRC presents a ring of γ-tubulin subunits to seed nucleation of exclusively 13-protofilament MTs, adopting an active closed conformation to function as a perfect geometric template for MT nucleation. Our cryo-electron tomography reconstruction revealed that a coiled-coil protein staples the first row of α/β-tubulin of the MT to alternating positions along the γ-tubulin ring of γTuRC. This positioning of α/β-tubulin onto γTuRC suggests a role for the coiled-coil protein in augmenting γTuRC-mediated MT nucleation. Based on our results, we describe a molecular model for budding yeast γTuRC activation and MT nucleation.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: Tubulin gamma chain
c: Tubulin gamma chain
d: Tubulin gamma chain
e: Tubulin gamma chain
f: Tubulin gamma chain
g: Tubulin gamma chain
h: Tubulin gamma chain
i: Tubulin gamma chain
j: Tubulin gamma chain
k: Tubulin gamma chain
l: Tubulin gamma chain
m: Tubulin gamma chain
n: Tubulin gamma chain
C: Spindle pole body component
D: Spindle pole body component
E: Spindle pole body component
F: Spindle pole body component
G: Spindle pole body component
H: Spindle pole body component
I: Spindle pole body component
J: Spindle pole body component
K: Spindle pole body component
L: Spindle pole body component
M: Spindle pole body component
N: Spindle pole body component
O: Spindle pole body component
P: Spindle pole body component
a: Tubulin gamma chain
Ad: Tubulin alpha-1 chain
Ac: Tubulin alpha-1 chain
Bd: Tubulin beta chain
Bc: Tubulin beta chain
Af: Tubulin alpha-1 chain
Ae: Tubulin alpha-1 chain
Bf: Tubulin beta chain
Be: Tubulin beta chain
Ah: Tubulin alpha-1 chain
Ag: Tubulin alpha-1 chain
Bh: Tubulin beta chain
Bg: Tubulin beta chain
Aj: Tubulin alpha-1 chain
Ai: Tubulin alpha-1 chain
Bj: Tubulin beta chain
Bi: Tubulin beta chain
Al: Tubulin alpha-1 chain
Ak: Tubulin alpha-1 chain
Bl: Tubulin beta chain
Bk: Tubulin beta chain
An: Tubulin alpha-1 chain
Am: Tubulin alpha-1 chain
Bn: Tubulin beta chain
Bm: Tubulin beta chain
Ab: Tubulin alpha-1 chain
Bb: Tubulin beta chain
Sc: Spindle pole body component 110
Sd: Spindle pole body component 110
Se: Spindle pole body component 110
Sf: Spindle pole body component 110
Ue: Unkown protein
Uf: Unkown protein
Sg: Spindle pole body component 110
Sh: Spindle pole body component 110
Si: Spindle pole body component 110
Sj: Spindle pole body component 110
Ui: Unkown protein
Uj: Unkown protein
Sk: Spindle pole body component 110
Sl: Spindle pole body component 110
Um: Unkown protein
Un: Unkown protein
Sa: Spindle pole body component 110
Sb: Spindle pole body component 110
Ua: Unkown protein
Ub: Unkown protein
Sm: Spindle pole body component 110
Sn: Spindle pole body component 110
Ap: Tubulin alpha-1 chain
Ao: Tubulin alpha-1 chain
Bp: Tubulin beta chain
Bo: Tubulin beta chain
Ar: Tubulin alpha-1 chain
Aq: Tubulin alpha-1 chain
Br: Tubulin beta chain
Bq: Tubulin beta chain
Ug: Unkown protein
Uh: Unkown protein
Uk: Unkown protein
Ul: Unkown protein
Uc: Unkown protein
Ud: Unkown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,473,442104
ポリマ－5,466,19790
非ポリマー7,24514
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 4種, 62分子 bcdefghijklmnaAdAcAfAeAhAgAjAiAlAkAnAmAbApAoAr...

#1: タンパク質
Tubulin gamma chain


分子量: 52671.188 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BZN3
#4: タンパク質
Tubulin alpha-1 chain


分子量: 49853.867 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09733
#5: タンパク質
Tubulin beta chain


分子量: 50967.457 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXT5
#7: タンパク質
Unkown protein


分子量: 5720.042 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
Spindle pole body ... , 3種, 28分子 CEGIKMODFHJLNPScSdSeSfSgShSiSjSkSlSaSbSmSn

#2: タンパク質
Spindle pole body component


分子量: 96940.594 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4C290
#3: タンパク質
Spindle pole body component


分子量: 98336.211 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BVY6
#6: タンパク質
Spindle pole body component 110


分子量: 111987.125 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8UNQ3

-
非ポリマー , 3種, 21分子

#8: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: y-Tubulin Ring Complex capping the microtubule minus end
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 6.53
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 123 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7910 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 364 / Num. of volumes extracted: 31720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005261991
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.443355044
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.35435406
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03739414
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00346349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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