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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8quu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of chlorite dismutase at 3000 eV based on spherical harmonics absorption corrections | ||||||
要素 | Chlorite Dismutase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / long-wavelength x-ray diffraction | ||||||
機能・相同性 | Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorite dismutase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Duman, R. / Wagner, A. / Kamps, J. / Orville, A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2024 タイトル: Ray-tracing analytical absorption correction for X-ray crystallography based on tomographic reconstructions. 著者: Lu, Y. / Duman, R. / Beilsten-Edmands, J. / Winter, G. / Basham, M. / Evans, G. / Kamps, J.J.A.G. / Orville, A.M. / Kwong, H.S. / Beis, K. / Armour, W. / Wagner, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8quu.cif.gz | 93 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8quu.ent.gz | 69.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8quu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8quu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8quu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21830.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア) 遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8HNS6 |
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-非ポリマー , 5種, 60分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.15 M MgSO4, 0.1 M MES pH 6.5, 25 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 4.132 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 4.132 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50.35 Å / Num. obs: 13696 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 40.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 20.22 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 1351 / CC1/2: 0.99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 9.06 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.508 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.122 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→50.35 Å
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拘束条件 |
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