PDB-8quq: Crystal structure of Ompk36 GD at 3500 eV based on spherical harm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8quq

タイトル

Crystal structure of Ompk36 GD at 3500 eV based on spherical harmonics absorption corrections

要素

OmpK36

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / long-wavelength x-ray diffraction

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Duman, R. / Wagner, A. / Beis, K. / Wong, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2024
タイトル: Ray-tracing analytical absorption correction for X-ray crystallography based on tomographic reconstructions.
著者: Lu, Y. / Duman, R. / Beilsten-Edmands, J. / Winter, G. / Basham, M. / Evans, G. / Kamps, J.J.A.G. / Orville, A.M. / Kwong, H.S. / Beis, K. / Armour, W. / Wagner, A.

履歴

登録	2023年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8quq.cif.gz	387.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8quq.ent.gz	311.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8quq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8quq_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8quq_full_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示
XML形式データ	8quq_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	8quq_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8quq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8quq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qurC 8quuC 8quvC 8quzC 8qvbC 8qvsC 8qvvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OmpK36

B: OmpK36

C: OmpK36

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	232.078, 74.700, 91.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.209, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	OmpK36 / OmpK36 porin / Outer membrane protein C 分子量: 38231.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ompK36, ompC_2, DDJ63_09115, NCTC13443_05288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6QLY1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6 and 12% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 3.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 3.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→107.4 Å / Num. obs: 60662 / % possible obs: 98.85 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.42
反射シェル	解像度: 2.34→2.42 Å / Num. unique obs: 5634 / CC_1/2: 0.896

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.34→107.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 6.88 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.222 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2437	3261	5.376 %
R_work	0.2023	57401	-
all	0.205	-	-
obs	-	60662	98.758 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.225 Å²	-0 Å²	0.43 Å²
2-	-	-2.735 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.619 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→107.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8099	0	30	198	8327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	8302
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.659	11245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.503	1.587	16482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.889	5	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.285	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.356	10	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.873	10	465
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	6539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	4574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.471	4.011	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.47	4.011	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.902	7.184	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.902	7.184	5179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.242	4.507	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.235	4.502	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.458	8.088	6067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.448	8.08	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.972	39.06	9035
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.968	39.06	9025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.34-2.4	0.318	245	0.31	3827	X-RAY DIFFRACTION	89.7905
2.4-2.465	0.307	202	0.292	4061	X-RAY DIFFRACTION	97.3732
2.465-2.537	0.324	211	0.276	3994	X-RAY DIFFRACTION	98.3396
2.537-2.615	0.315	228	0.246	3866	X-RAY DIFFRACTION	98.7934
2.615-2.701	0.291	224	0.219	3787	X-RAY DIFFRACTION	99.184
2.701-2.795	0.251	205	0.204	3665	X-RAY DIFFRACTION	99.7423
2.795-2.901	0.258	184	0.196	3589	X-RAY DIFFRACTION	99.947
2.901-3.019	0.249	239	0.195	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.019-3.153	0.252	191	0.188	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.9714
3.153-3.307	0.242	219	0.195	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.307-3.486	0.222	169	0.19	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.486-3.697	0.289	138	0.224	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.697-3.952	0.236	144	0.196	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.952-4.268	0.186	124	0.169	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.268-4.675	0.149	119	0.142	2325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.675-5.225	0.21	103	0.173	2081	X-RAY DIFFRACTION	100
5.225-6.031	0.282	120	0.204	1842	X-RAY DIFFRACTION	100
6.031-7.381	0.226	74	0.223	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
7.381-10.413	0.214	73	0.189	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
10.413-107.4	0.294	49	0.278	701	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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