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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8que | |||||||||
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タイトル | Structure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to DNA and RNA | |||||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / PhiKZ / nvRNAP / RNA / DNA / transcription | |||||||||
機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10) / RNA / PHIKZ123 / PHIKZ074 / PHIKZ068 / PHIKZ055![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | de Martin Garrido, N. / Yakunina, M. / Aylett, C.H.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the Bacteriophage PhiKZ Non-virion RNA Polymerase Transcribing from its Promoter p119L. 著者: Natàlia de Martín Garrido / Chao-Sheng Chen / Kailash Ramlaul / Christopher H S Aylett / Maria Yakunina / ![]() ![]() 要旨: Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people ...Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people worldwide each year. ΦKZ infection is independent of the host transcriptional apparatus; the virus forms a "nucleus", producing a proteinaceous barrier around the ΦKZ genome that excludes the host immune systems. It expresses its own non-canonical multi-subunit non-virion RNA polymerase (nvRNAP), which is imported into its "nucleus" to transcribe viral genes. The ΦKZ nvRNAP is formed by four polypeptides representing homologues of the eubacterial β/β' subunits, and a fifth that is likely to have evolved from an ancestral homologue to σ-factor. We have resolved the structure of the ΦKZ nvRNAP initiating transcription from its cognate promoter, p119L, including previously disordered regions. Our results shed light on the similarities and differences between ΦKZ nvRNAP mechanisms of transcription and those of canonical eubacterial RNAPs and the related non-canonical nvRNAP of bacteriophage AR9. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 521 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 396.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 84.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 128.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18661MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 ACDEB
#1: タンパク質 | 分子量: 57976.605 Da / 分子数: 1 / 変異: N-Terminal-Histidine-Tag / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Tetrahedral Zn-CYS binding,Tetrahedral Zn-CYS binding 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 78780.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 77513.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tetrahedral Zn-CYS coordination 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 62959.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 59419.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminus represents docked AlphaFold2 model (CA only); C-terminus built de novo 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 3種, 4分子 FGIJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 23098.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 23058.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
#9: DNA鎖 | 分子量: 3016.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA - unregistered sequence / 由来: (合成) ![]() |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 H![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#10: 化合物 | #7: RNA鎖 | | 分子量: 2589.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L タイプ: COMPLEX 詳細: Transcription from 5 bp RNA primer halted by withholding UTP Entity ID: #1-#7, #9 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: PhiKZ nvRNAP complexes were mixed at 0.1 mg/mL final concentration with the P119L DNA/RNA template at a 1:1 ratio in the presence of 1 mM ATP, CTP and GTP. Reactions were incubated for 30 min at 37 C before use. | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K 詳細: Settings: -6 blot force, 4 s waiting time and 0.5-1 s blotting time. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 15000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3092 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1198587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39919 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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