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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qud | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Human Kv3.1 in Complex with Modulator AUT5 | |||||||||
![]() | Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Modulator / Homotetramer / Voltage-gated potassium channel / Kv3.1 / KCNC1 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() response to nerve growth factor / globus pallidus development / response to light intensity / response to potassium ion / response to fibroblast growth factor / response to auditory stimulus / corpus callosum development / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / Voltage gated Potassium channels ...response to nerve growth factor / globus pallidus development / response to light intensity / response to potassium ion / response to fibroblast growth factor / response to auditory stimulus / corpus callosum development / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / Voltage gated Potassium channels / delayed rectifier potassium channel activity / optic nerve development / neuronal cell body membrane / response to amine / voltage-gated potassium channel activity / kinesin binding / calyx of Held / axolemma / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / dendrite membrane / cerebellum development / protein tetramerization / potassium ion transport / protein homooligomerization / response to toxic substance / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
![]() | Chi, G. / Mckinley, G. / Marsden, B. / Pike, A.C.W. / Ye, M. / Brooke, L.M. / Bakshi, S. / Lakshminarayana, B. / Pilati, N. / Marasco, A. ...Chi, G. / Mckinley, G. / Marsden, B. / Pike, A.C.W. / Ye, M. / Brooke, L.M. / Bakshi, S. / Lakshminarayana, B. / Pilati, N. / Marasco, A. / Gunthorpe, M. / Alvaro, G.S. / Large, C.H. / Williams, E. / Sauer, D.B. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The binding and mechanism of a positive allosteric modulator of Kv3 channels. 著者: Qiansheng Liang / Gamma Chi / Leonardo Cirqueira / Lianteng Zhi / Agostino Marasco / Nadia Pilati / Martin J Gunthorpe / Giuseppe Alvaro / Charles H Large / David B Sauer / Werner Treptow / ...著者: Qiansheng Liang / Gamma Chi / Leonardo Cirqueira / Lianteng Zhi / Agostino Marasco / Nadia Pilati / Martin J Gunthorpe / Giuseppe Alvaro / Charles H Large / David B Sauer / Werner Treptow / Manuel Covarrubias / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Small-molecule modulators of diverse voltage-gated K (Kv) channels may help treat a wide range of neurological disorders. However, developing effective modulators requires understanding of their ...Small-molecule modulators of diverse voltage-gated K (Kv) channels may help treat a wide range of neurological disorders. However, developing effective modulators requires understanding of their mechanism of action. We apply an orthogonal approach to elucidate the mechanism of action of an imidazolidinedione derivative (AUT5), a highly selective positive allosteric modulator of Kv3.1 and Kv3.2 channels. AUT5 modulation involves positive cooperativity and preferential stabilization of the open state. The cryo-EM structure of the Kv3.1/AUT5 complex at a resolution of 2.5 Å reveals four equivalent AUT5 binding sites at the extracellular inter-subunit interface between the voltage-sensing and pore domains of the channel's tetrameric assembly. Furthermore, we show that the unique extracellular turret regions of Kv3.1 and Kv3.2 essentially govern the selective positive modulation by AUT5. High-resolution apo and bound structures of Kv3.1 demonstrate how AUT5 binding promotes turret rearrangements and interactions with the voltage-sensing domain to favor the open conformation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 328 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 260.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18660MC ![]() 8qucC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC
#1: タンパク質 | 分子量: 58850.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 130分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/PCF.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/PCF.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-WY0 / ( 分子量: 365.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-Y01 / #5: 化合物 | ChemComp-PCF / #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Homotetramer of Human Kv3.1a with modulator AUT5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.24 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 17329 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2975775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1484211 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7PHI Accession code: 7PHI / Source name: PDB / タイプ: experimental model |