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- PDB-8qtf: Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidop... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qtf

タイトル

Crystal structure of a C-terminally truncated version of Arabidopsis thaliana 14-3-3 omega in complex with a phosphopeptide from the transcription factor BZR1.

要素

14-3-3-like protein GF14 omega
Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

PROTEIN BINDING / 14-3-3 / brassinosteroid signaling / phosphopeptide / transcription factor / signal transduction

機能・相同性

機能・相同性情報

brassinosteroid mediated signaling pathway / plant-type vacuole / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hothorn, M. / Obergfell, E.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2024
タイトル: Mechanistic insights into the function of 14-3-3 proteins as negative regulators of brassinosteroid signaling in Arabidopsis.
著者: Obergfell, E. / Hohmann, U. / Moretti, A. / Chen, H. / Hothorn, M.

履歴

登録	2023年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qtf.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qtf.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qtf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qtf_validation.pdf.gz	623.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qtf_full_validation.pdf.gz	642.2 KB	表示
XML形式データ	8qtf_validation.xml.gz	88.6 KB	表示
CIF形式データ	8qtf_validation.cif.gz	122.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qt5C 8qtcC 8qttC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (8)

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集合体

登録構造単位

A: 14-3-3-like protein GF14 omega

B: 14-3-3-like protein GF14 omega

C: 14-3-3-like protein GF14 omega

D: 14-3-3-like protein GF14 omega

E: 14-3-3-like protein GF14 omega

F: 14-3-3-like protein GF14 omega

G: 14-3-3-like protein GF14 omega

H: 14-3-3-like protein GF14 omega

I: 14-3-3-like protein GF14 omega

J: 14-3-3-like protein GF14 omega

K: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

L: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

M: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

N: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

O: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

P: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

Q: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

R: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

S: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

T: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

282 kDa, 20 ポリマー
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A: 14-3-3-like protein GF14 omega

B: 14-3-3-like protein GF14 omega

K: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

L: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
56.5 kDa, 4 ポリマー
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C: 14-3-3-like protein GF14 omega

D: 14-3-3-like protein GF14 omega

M: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

N: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 4 ポリマー
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E: 14-3-3-like protein GF14 omega

F: 14-3-3-like protein GF14 omega

O: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

P: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 4 ポリマー
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G: 14-3-3-like protein GF14 omega

H: 14-3-3-like protein GF14 omega

Q: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

R: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.6 kDa, 4 ポリマー
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I: 14-3-3-like protein GF14 omega

J: 14-3-3-like protein GF14 omega

S: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

T: Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.641, 71.917, 151.662
Angle α, β, γ (deg.)	100.250, 94.840, 89.230
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST

#1: タンパク質	14-3-3-like protein GF14 omega 分子量: 27299.682 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Col0 / 遺伝子: GRF2 / プラスミド: pMH-HStrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL / 参照: UniProt: Q01525
#2: タンパク質・ペプチド	Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 分子量: 824.797 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Col0 / 遺伝子: BZR1 / プラスミド: pMH-HStrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL

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非ポリマー , 7種, 902分子

#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus (Molecular Dimensions) condition G8 with a final precipitant stock concentration of 50% v/v 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD ,0.02M of each carboxylic acid, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→59.91 Å / Num. obs: 227664 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 37.07 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 9.47
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 36285 / CC_1/2: 0.49 / R_rim(I) all: 2.11 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→59.91 Å / SU ML: 0.3106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.1693
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2303	11342	5 %
R_work	0.195	215319	-
obs	0.1968	226661	97.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→59.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19146	0	66	876	20088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	19572
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6425	26392
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0365	2914
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	3438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7027	7376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.4609	359	0.4497	6706	X-RAY DIFFRACTION	90.69
1.92-1.95	0.4512	367	0.4225	6974	X-RAY DIFFRACTION	94.38
1.95-1.97	0.3901	371	0.3967	7069	X-RAY DIFFRACTION	95.49
1.97-1.99	0.3776	373	0.3789	7127	X-RAY DIFFRACTION	96.03
1.99-2.02	0.3915	372	0.367	7038	X-RAY DIFFRACTION	96.02
2.02-2.05	0.3819	379	0.3473	7201	X-RAY DIFFRACTION	96.5
2.05-2.08	0.3306	371	0.3247	7038	X-RAY DIFFRACTION	96.63
2.08-2.11	0.3303	380	0.3051	7240	X-RAY DIFFRACTION	96.52
2.11-2.14	0.318	372	0.2957	7057	X-RAY DIFFRACTION	96.81
2.14-2.18	0.3085	380	0.2903	7224	X-RAY DIFFRACTION	96.5
2.18-2.21	0.3089	371	0.2711	7071	X-RAY DIFFRACTION	96.78
2.21-2.25	0.2868	380	0.2517	7189	X-RAY DIFFRACTION	97.01
2.25-2.3	0.2745	379	0.2371	7169	X-RAY DIFFRACTION	96.88
2.3-2.34	0.2619	378	0.2254	7178	X-RAY DIFFRACTION	96.87
2.34-2.4	0.2756	381	0.222	7211	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.4-2.45	0.2491	378	0.2158	7175	X-RAY DIFFRACTION	97.53
2.45-2.51	0.2616	379	0.2073	7199	X-RAY DIFFRACTION	97.74
2.51-2.58	0.2354	382	0.1996	7255	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.58-2.66	0.263	385	0.2066	7292	X-RAY DIFFRACTION	97.91
2.66-2.74	0.246	378	0.2076	7193	X-RAY DIFFRACTION	97.84
2.74-2.84	0.2583	382	0.2138	7239	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.84-2.95	0.233	381	0.1957	7235	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.95-3.09	0.2341	384	0.1901	7284	X-RAY DIFFRACTION	98.22
3.09-3.25	0.2363	384	0.1932	7299	X-RAY DIFFRACTION	98.27
3.25-3.45	0.2245	382	0.1864	7251	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.45-3.72	0.2106	384	0.1655	7288	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.72-4.1	0.1805	383	0.1447	7293	X-RAY DIFFRACTION	98.59
4.1-4.69	0.1627	384	0.1349	7281	X-RAY DIFFRACTION	98.5
4.69-5.91	0.1933	383	0.1609	7288	X-RAY DIFFRACTION	98.21
5.91-59.91	0.182	380	0.1544	7255	X-RAY DIFFRACTION	98.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.26077065213	0.350185286236	0.05890439022	2.04817052769	-0.384214412392	0.983365677458	-0.100679667322	-0.0610623166031	0.160241751365	0.120348029107	0.109722431075	0.331312081359	0.18678464174	-0.0633842085072	0.0406230227822	0.309140044356	0.0609610284731	0.0443741540869	0.349659930072	0.0416211121062	0.338786052921	41.913048623	50.1299822428	18.7745616727
2	2.18722241044	-1.60063124292	-0.108519953511	3.13081815429	-0.159997566887	2.73218442037	0.0339061681224	-0.720844261262	-0.282711467132	-0.0540122165392	-0.00656720361256	-0.207517790656	0.18720566437	0.572756040732	0.174032629145	0.418629490826	0.101027246069	0.0453345095057	0.277821213488	0.0426872096378	0.299355452832	54.257628589	38.309444592	23.1966441368
3	1.90350528129	-0.559782437572	-0.858458594376	2.3577172835	-0.078784495121	2.08247814177	0.190075998692	0.248699210313	-0.0500261001771	0.0446088617052	-0.0937381701521	0.428624053036	0.0931561182884	-0.534953968222	0.0806531431416	0.421126665596	0.0477836644369	0.0788988183289	0.437936205258	0.00755505752725	0.421695243354	30.2278346744	34.1151264236	19.0841967699
4	2.55466302964	-0.702980466618	0.664691268599	4.5704549323	-0.232100209525	0.977829752292	0.237154372144	0.0386607064105	0.194901507093	-0.788659108131	-0.029931483502	0.229595552174	-0.372543133437	-0.470379963221	-0.0448160132659	0.573235025375	0.142458600628	-0.00630673512956	0.667537393454	0.0453980226044	0.388780294946	29.8622174166	33.9491984849	4.27428825602
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49	1.14988090181	-2.39866817745	1.51544854255	5.57865305949	-3.39775541691	3.39072816142	0.564148760842	-0.0649173694322	1.0795141562	0.0261281284626	-0.377658470764	-0.0565310832356	-0.993949983367	-0.157077859149	-0.165641020782	0.459214530277	0.162082080299	0.033907983782	0.435318866919	0.00614747392637	0.478261010811	8.01533897628	22.1014270522	-0.885726753629
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52	0.79318645124	-0.173573064035	0.771866369116	0.471348059989	0.0760332135523	0.888996308334	0.593451992489	0.230667022267	0.410902668317	-0.54840151938	0.48263715596	0.317727497752	-0.000472631945475	0.0364086988654	0.129411946854	0.63113259579	-0.123427907348	0.135547871192	0.504329451854	0.0794724057688	0.47742648047	3.79249401237	-0.411007166475	64.079671656
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54	0.541210856239	-0.309372418626	-0.496217626107	1.71333845353	-1.0616175639	1.60000362248	-0.0870854424178	-0.286895418446	0.197380393341	-0.115539163258	-0.786105419439	-0.194207252069	-0.552677395255	-0.0806100144298	-0.307313238584	0.398043065633	-0.101707060832	-0.0814887095234	0.322412422869	-0.0759341796677	0.415949136644	-13.8846379474	-25.2660030192	55.9391696367
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56	0.985181704761	0.0790023460887	0.556057338584	0.183449838511	0.188545208617	0.433082778255	-0.376442545072	0.136787497582	-0.101672263022	-0.34399468204	0.0619169271795	-0.356348941699	0.145015192836	0.181304940555	-0.0636011052237	0.496494721278	-0.293232592124	-0.0642690111211	0.690262051601	0.121349578784	0.568667742234	-7.6980008515	-23.7588779823	-38.1350487095

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 75 )	A	A	4 - 75	1 - 72
2	2	chain 'A' and (resid 76 through 109 )	A	A	76 - 109	73 - 106
3	3	chain 'A' and (resid 110 through 237 )	A	A	110 - 237	107 - 241
4	4	chain 'B' and (resid -1 through 41 )	B	G	-1 - 41	1 - 43
5	5	chain 'B' and (resid 42 through 76 )	B	G	42 - 76	44 - 78
6	6	chain 'B' and (resid 77 through 109 )	B	G	77 - 109	79 - 111
7	7	chain 'B' and (resid 110 through 140 )	B	G	110 - 140	112 - 142
8	8	chain 'B' and (resid 141 through 190 )	B	G	141 - 190	143 - 192
9	9	chain 'B' and (resid 191 through 208 )	B	G	191 - 208	193 - 210
10	10	chain 'B' and (resid 209 through 235 )	B	G	209 - 235	211 - 237
11	11	chain 'B' and (resid 236 through 236 )	B	G	236	238 - 245
12	12	chain 'C' and (resid 3 through 76 )	C	L	3 - 76	1 - 74
13	13	chain 'C' and (resid 77 through 117 )	C	L	77 - 117	75 - 115
14	14	chain 'C' and (resid 118 through 165 )	C	L	118 - 165	116 - 163
15	15	chain 'C' and (resid 166 through 236 )	C	L	166 - 236	164 - 241
16	16	chain 'D' and (resid 4 through 117 )	D	P	4 - 117	1 - 114
17	17	chain 'D' and (resid 118 through 165 )	D	P	118 - 165	115 - 162
18	18	chain 'D' and (resid 166 through 190 )	D	P	166 - 190	163 - 187
19	19	chain 'D' and (resid 191 through 236 )	D	P	191 - 236	188 - 240
20	20	chain 'E' and (resid 4 through 41 )	E	R	4 - 41	1 - 38
21	21	chain 'E' and (resid 42 through 76 )	E	R	42 - 76	39 - 73
22	22	chain 'E' and (resid 77 through 117 )	E	R	77 - 117	74 - 114
23	23	chain 'E' and (resid 118 through 165 )	E	R	118 - 165	115 - 162
24	24	chain 'E' and (resid 166 through 236 )	E	R	166 - 236	163 - 240
25	25	chain 'F' and (resid 1 through 18 )	F	X	1 - 18	1 - 18
26	26	chain 'F' and (resid 19 through 76 )	F	X	19 - 76	19 - 76
27	27	chain 'F' and (resid 77 through 117 )	F	X	77 - 117	77 - 117
28	28	chain 'F' and (resid 118 through 206 )	F	X	118 - 206	118 - 206
29	29	chain 'F' and (resid 207 through 236 )	F	X	207 - 236	207 - 243
30	30	chain 'G' and (resid 1 through 17 )	G	M	1 - 17	1 - 17
31	31	chain 'G' and (resid 18 through 34 )	G	M	18 - 34	18 - 34
32	32	chain 'G' and (resid 35 through 76 )	G	M	35 - 76	35 - 76
33	33	chain 'G' and (resid 77 through 117 )	G	M	77 - 117	77 - 117
34	34	chain 'G' and (resid 118 through 140 )	G	M	118 - 140	118 - 140
35	35	chain 'G' and (resid 141 through 165 )	G	M	141 - 165	141 - 165
36	36	chain 'G' and (resid 166 through 190 )	G	M	166 - 190	166 - 190
37	37	chain 'G' and (resid 191 through 214 )	G	M	191 - 214	191 - 214
38	38	chain 'G' and (resid 215 through 237 )	G	M	215 - 237	215 - 244
39	39	chain 'H' and (resid 4 through 75 )	H	O	4 - 75	1 - 72
40	40	chain 'H' and (resid 76 through 109 )	H	O	76 - 109	73 - 106
41	41	chain 'H' and (resid 110 through 190 )	H	O	110 - 190	107 - 187
42	42	chain 'H' and (resid 191 through 236 )	H	O	191 - 236	188 - 240
43	43	chain 'I' and (resid 3 through 140 )	I	Q	3 - 140	1 - 138
44	44	chain 'I' and (resid 141 through 237 )	I	Q	141 - 237	139 - 242
45	45	chain 'J' and (resid 4 through 41 )	J	S	4 - 41	1 - 38
46	46	chain 'J' and (resid 42 through 76 )	J	S	42 - 76	39 - 73
47	47	chain 'J' and (resid 77 through 109 )	J	S	77 - 109	74 - 106
48	48	chain 'J' and (resid 110 through 117 )	J	S	110 - 117	107 - 114
49	49	chain 'J' and (resid 118 through 190 )	J	S	118 - 190	115 - 187
50	50	chain 'J' and (resid 191 through 207 )	J	S	191 - 207	188 - 204
51	51	chain 'J' and (resid 208 through 214 )	J	S	208 - 214	205 - 211
52	52	chain 'J' and (resid 215 through 236 )	J	S	215 - 236	212 - 240

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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