PDB-8qt5: Crystal structure of Arabidopsis thaliana 14-3-3 isoform lambda i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qt5

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana 14-3-3 isoform lambda in complex with a phosphopeptide from the transcription factor BZR1.

要素

14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / brassinosteroid / transcription factor / BZR1 / phosphopeptide / signal transduction / plant growth

機能・相同性

機能・相同性情報

response to freezing / plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / plant-type cell wall / response to cold / positive regulation of protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Hothorn, M. / Obergfell, E.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2024
タイトル: Mechanistic insights into the function of 14-3-3 proteins as negative regulators of brassinosteroid signaling in Arabidopsis.
著者: Obergfell, E. / Hohmann, U. / Moretti, A. / Chen, H. / Hothorn, M.

履歴

登録	2023年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8qt5.ent.gz	843.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qt5_validation.pdf.gz	497.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qt5_full_validation.pdf.gz	520.7 KB	表示
XML形式データ	8qt5_validation.xml.gz	56.1 KB	表示
CIF形式データ	8qt5_validation.cif.gz	74.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qt5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qtcC 8qtfC 8qttC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (8)

登録構造単位

A: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

C: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

F: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

202 kDa, 7 ポリマー
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1

A: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
57.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

F: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: 14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.052, 176.052, 172.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	14-3-3-like protein G-BOX factor 14 lambda,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2 分子量: 28813.428 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Col0 / 遺伝子: GRF6, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10.7 / プラスミド: pMH-HStrxT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL / 参照: UniProt: P48349, UniProt: Q8S307
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22 % [w/v] PEG 10,000, 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris [pH 5.5]

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.03320713866 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03320713866 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→74.92 Å / Num. obs: 84698 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.2 % / B_iso Wilson estimate: 86.23 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 19.54
反射シェル	解像度: 2.69→2.85 Å / 冗長度: 20.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 13110 / CC_1/2: 0.536 / R_rim(I) all: 3.037 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→74.92 Å / SU ML: 0.4775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8934
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2616	4232	5 %
R_work	0.2407	80343	-
obs	0.2417	84575	98.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→74.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13613	0	8	22	13643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13835
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4057	18652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0286	2089
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	2392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.6286	5215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.72	0.4753	116	0.4541	2154	X-RAY DIFFRACTION	79.54
2.72-2.75	0.4615	139	0.4216	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.75-2.78	0.3733	139	0.3965	2640	X-RAY DIFFRACTION	98.48
2.78-2.82	0.3659	140	0.3728	2647	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.82-2.85	0.4001	142	0.3443	2694	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.85-2.89	0.3631	139	0.3387	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.89-2.94	0.3833	142	0.3263	2685	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.94-2.98	0.3522	137	0.3261	2615	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.98-3.03	0.3454	140	0.3201	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.45
3.03-3.08	0.3266	142	0.3222	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.64
3.08-3.13	0.3196	140	0.3124	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.73
3.13-3.18	0.346	141	0.3339	2679	X-RAY DIFFRACTION	98.84
3.19-3.25	0.4001	142	0.3504	2694	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.25-3.31	0.3688	140	0.3428	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.31-3.38	0.3736	141	0.3074	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.38-3.46	0.2866	141	0.2945	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.46-3.55	0.2917	141	0.2843	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.55-3.65	0.2685	141	0.2638	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.65-3.75	0.2262	142	0.2453	2691	X-RAY DIFFRACTION	98.92
3.75-3.87	0.2721	141	0.2489	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.87-4.01	0.2577	143	0.2476	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
4.01-4.17	0.2756	144	0.237	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.51
4.17-4.36	0.2409	141	0.2143	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.19
4.36-4.59	0.2339	143	0.2058	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.37
4.59-4.88	0.227	143	0.2165	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.41
4.88-5.26	0.2411	144	0.215	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.24
5.26-5.79	0.2413	144	0.2342	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.45
5.79-6.62	0.2475	146	0.2386	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.62
6.62-8.34	0.2389	146	0.1995	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.59
8.35-74.92	0.1955	152	0.1728	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.16670621726	-1.75320233669	3.64045152964	3.38660109549	-0.302763579718	7.44209563422	0.292626770786	-0.284797285366	-0.43324557043	0.17774526401	0.363853456892	0.980427099588	0.465258868127	-0.486982558744	-0.46021491009	0.743423155991	-0.230407039799	-0.0393862910767	0.735269644621	0.292798165013	0.944845751318	-170.448192566	77.8509734253	22.7363127344
2	4.36410684559	-1.03533233153	1.85907593754	2.01635139862	-2.12484697193	5.88993189597	0.0281105547224	0.174140616125	-0.643601824459	-0.600048921793	0.299100843039	-0.0161598477796	0.473368940105	-0.0447534528238	-0.205134205794	0.821353514101	-0.196040929919	0.0613273064615	0.647854658845	0.0468957064198	0.898347117231	-164.335133625	81.7413966193	19.2170404391
3	4.38938171519	-3.78847302707	4.57182100282	2.76809108172	-3.43548917077	6.2634547191	-0.0154878975523	-1.01821209342	0.863303998188	0.121474780196	-0.174469419864	-0.354646333796	-0.367916117647	0.0890980514583	0.175809899974	0.689883666954	-0.249320241644	0.0670014438424	0.774278945627	-0.0770733696842	0.659133434194	-149.733411381	87.5471496555	29.823966112
4	3.46790001989	-2.22218242811	2.571340317	3.3399895774	-2.02174045919	4.47313033439	0.175249403839	0.337748363204	0.615527663251	-0.386604052628	-0.418406846872	-0.882894877788	0.156737479224	0.951415314644	0.344073733983	0.693152050071	-0.214391590975	0.164931611357	0.75261552263	0.0163668034339	0.75304645183	-144.392423622	84.9886381374	23.0273413778
5	0.364110181737	0.657877857211	0.350610352002	2.67188499597	-1.42034667967	3.85756544579	-0.231532401046	-0.0215575212158	0.172024736467	-0.140495133369	0.126325279237	-0.203869464306	-0.632097289541	0.145489298512	0.0682953221051	0.972701015603	-0.218631037638	0.0763183389658	0.661489107385	0.0112506026458	0.746402951209	-153.584598648	103.113208451	21.7726460998
6	9.89928911777	-1.43292519167	-3.00526718386	3.95060560979	-0.667556183152	7.8678378643	0.0181954812741	2.09273559963	-0.195552731643	-1.24940231926	-0.357710392353	0.977881606109	0.330167433422	-2.65938223565	-0.0585042325185	1.32768392243	0.128288521067	0.0260571882484	1.84108332788	0.101366930734	1.14555845198	-173.910469249	107.992138482	29.703588477
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29	3.6611119373	0.365302896589	-0.0107121527416	6.97033303176	-5.14065770383	9.18751642697	-0.415682641465	-0.346467017192	-0.26779980357	0.187750908591	0.949691679356	0.758190817147	0.925171323086	-1.89852401375	-0.595623038254	0.850907516394	-0.031524496831	0.241839504697	0.937279014246	0.0276207184697	0.756137236437	-127.380705295	18.9426910182	86.3624543289
30	6.82867407504	1.02492186257	3.2630221682	4.52117428746	2.87876208642	5.27290686298	-0.451310618472	-0.681873212098	-0.388804253464	0.951480750284	0.0171339384894	0.277694629974	-1.07069138118	-1.62507027616	0.54254519271	1.93922485169	0.397549434597	0.17662638557	1.35284772544	-0.000301564385591	0.821528225512	-119.914473918	20.004860414	105.752208599
31	6.62084055201	-7.03144772931	-5.3733067537	8.26995680813	5.840351901	4.43079263034	-1.92317518817	-1.22228287495	0.340971836197	3.92231414502	2.33449560299	-0.82495396935	-0.798500448255	-0.34372149602	-0.0232830061089	1.66219157561	0.349152916015	0.00692807551755	1.33030543018	-0.0390940775181	0.799099607556	-122.620464535	29.5760608646	95.929566775
32	3.51940057156	1.63131585781	2.91762577543	3.09000757794	0.599900101841	5.4439795975	1.13303419509	-1.8572220918	1.0777527268	-0.446081796758	-1.66961504585	0.705881135548	0.451209773119	-0.866505087568	1.01264973817	1.59558172412	0.2706122659	-0.0950817897822	3.1092033899	-0.546419968447	2.48817385751	-111.663410258	64.5849438286	88.7933214076
33	2.2687273776	0.356251034944	-2.59953233467	0.606344272197	-0.442621702419	2.60062691486	-0.78419309986	-0.314589585125	1.09564447882	-0.0340085918003	0.0487931773201	-0.513547577832	-0.370102322255	2.22484885545	0.737680843166	2.24571343983	-0.278597546444	-0.188785958381	2.87160675753	-0.263037948003	1.72004417892	-109.527749806	45.7168961518	95.0281680934

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 19 )	A	A	4 - 19	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 44 )	A	A	20 - 44	17 - 41
3	3	chain 'A' and (resid 45 through 78 )	A	A	45 - 78	42 - 75
4	4	chain 'A' and (resid 79 through 120 )	A	A	79 - 120	76 - 117
5	5	chain 'A' and (resid 121 through 210 )	A	A	121 - 210	118 - 207
6	6	chain 'A' and (resid 211 through 219 )	A	A	211 - 219	208 - 216
7	7	chain 'A' and (resid 220 through 239 )	A	A	220 - 239	217 - 236
8	8	chain 'A' and (resid 240 through 1175 )	A	A	240 - 1175	237 - 248
9	9	chain 'B' and (resid 4 through 193 )	B	C	4 - 193	1 - 190
10	10	chain 'B' and (resid 194 through 211 )	B	C	194 - 211	191 - 208
11	11	chain 'B' and (resid 212 through 219 )	B	C	212 - 219	209 - 216
12	12	chain 'B' and (resid 220 through 240 )	B	C	220 - 240	217 - 237
13	13	chain 'B' and (resid 241 through 1175 )	B	C	241 - 1175	238 - 247
14	14	chain 'C' and (resid 4 through 189 )	C	D	4 - 189	1 - 186
15	15	chain 'C' and (resid 190 through 1175 )	C	D	190 - 1175	187 - 246
16	16	chain 'D' and (resid 4 through 112 )	D	E	4 - 112	1 - 109
17	17	chain 'D' and (resid 113 through 1175 )	D	E	113 - 1175	110 - 247
18	18	chain 'E' and (resid 4 through 19 )	E	F	4 - 19	1 - 16
19	19	chain 'E' and (resid 20 through 78 )	E	F	20 - 78	17 - 75
20	20	chain 'E' and (resid 79 through 112 )	E	F	79 - 112	76 - 109
21	21	chain 'E' and (resid 113 through 143 )	E	F	113 - 143	110 - 140
22	22	chain 'E' and (resid 144 through 168 )	E	F	144 - 168	141 - 165
23	23	chain 'E' and (resid 169 through 193 )	E	F	169 - 193	166 - 190
24	24	chain 'E' and (resid 194 through 214 )	E	F	194 - 214	191 - 211
25	25	chain 'E' and (resid 215 through 242 )	E	F	215 - 242	212 - 239
26	26	chain 'E' and (resid 243 through 1175 )	E	F	243 - 1175	240 - 247
27	27	chain 'F' and (resid 4 through 44 )	F	G	4 - 44	1 - 41
28	28	chain 'F' and (resid 45 through 77 )	F	G	45 - 77	42 - 74
29	29	chain 'F' and (resid 78 through 193 )	F	G	78 - 193	75 - 190
30	30	chain 'F' and (resid 194 through 239 )	F	G	194 - 239	191 - 236
31	31	chain 'F' and (resid 240 through 1175 )	F	G	240 - 1175	237 - 245
32	32	chain 'G' and (resid 4 through 112 )	G	I	4 - 112	1 - 109
33	33	chain 'G' and (resid 113 through 1175 )	G	I	113 - 1175	110 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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