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- PDB-8qsg: Ternary structure of 14-3-3s, BRAF phosphopeptide (pS365) and com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qsg
タイトルTernary structure of 14-3-3s, BRAF phosphopeptide (pS365) and compound 86 (1124384).
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • BRAF peptide pS365
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / protein-protein interaction stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Konstantinidou, M. / Vickery, H. / Pennings, M.A.M. / Virta, J. / Visser, E.J. / Oetelaar, M.C.M. / Overmans, M. / Neitz, J. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147696 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small molecule stabilization of the 14-3-3sigma/CRAF complex inhibits the MAPK pathway
著者: Konstantinidou, M. / Vickery, H. / Pennings, M.A.M. / Virta, J. / Visser, E.J. / Oetelaar, M.C.M. / Overmans, M. / Neitz, J. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
H: BRAF peptide pS365
J: 14-3-3 protein sigma
S: BRAF peptide pS365
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,20814
ポリマ－55,1124
非ポリマー1,09610
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.722, 88.183, 117.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AJHS

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド BRAF peptide pS365


分子量: 1012.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 270分子

#3: 化合物 ChemComp-WQ9 / 1-[(5~{R})-2-(4-bromanyl-3-fluoranyl-phenyl)sulfonyl-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]-2-chloranyl-ethanone


分子量: 439.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17BrClFN2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967697 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→58.59 Å / Num. obs: 43276 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3140 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
PDB-REDO精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.908 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21678 2086 4.8 %RANDOM
Rwork0.18236 ---
obs0.18404 41141 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å2-0 Å20 Å2
2--1.04 Å2-0 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3785 0 54 260 4099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0163888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.8265241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3921.5688484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4175.278504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.557204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10610720
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4512.4921919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.452.4911919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5614.4552390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5624.4552391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2322.9921969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2012.9871963
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.495.2632852
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.69224.234507
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.69323.834448
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 150 -
Rwork0.243 2983 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8124-0.4637-0.02661.87980.40890.76130.07040.0050.1704-0.1307-0.0418-0.21050.00940.0494-0.02860.02180.00930.01890.0717-0.00450.045326.17221.5748.332
211.09536.03874.163314.97984.59858.26770.1898-0.60690.16560.1537-0.58910.40880.1868-0.70340.39920.04840.00910.03210.1009-0.02330.036519.7215.0711.639
33.03530.06951.07731.0132-0.14311.66370.0298-0.5025-0.05940.17940.0230.0782-0.0237-0.313-0.05280.05130.0160.0050.1519-0.02240.0328-0.44139.06629.024
412.7149-2.79858.57317.218-4.555817.3480.8602-0.236-1.0175-0.05050.1265-0.30951.26150.6046-0.98680.24350.0506-0.09130.1849-0.04290.33191.44630.90733.257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION2H361 - 369
2X-RAY DIFFRACTION4S361 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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