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- PDB-8qr2: Crystal structure of ERK2 in complex with a covalently bound macr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qr2
タイトルCrystal structure of ERK2 in complex with a covalently bound macrocyclic ligand
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SERINE-THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / cellular response to toxic substance / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cellular response to methionine / response to epidermal growth factor / positive regulation of macrophage proliferation / response to alcohol / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / RAF/MAP kinase cascade / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / response to testosterone / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / androgen receptor signaling pathway / thyroid gland development / steroid hormone receptor signaling pathway / decidualization / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Schwann cell development / progesterone receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / estrous cycle / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cellular response to cAMP / sensory perception of pain / dendrite cytoplasm / phosphotyrosine residue binding / myelination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to epidermal growth factor stimulus
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Gelin, M. / Labesse, G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE18-0025 フランス
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ERK2 in complex with a covalently bound macrocyclic ligand
著者: Gelin, M. / Labesse, G. / Guichou, J.-F. / Pons, J.-L. / Barluenga, S. / Katickeyan, G. / Winssinger, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Liebschner, D.
履歴
登録2023年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8684
ポリマ－42,3121
非ポリマー5573
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.670, 70.690, 60.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1


分子量: 42311.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P63086
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-WNT / (4~{S},9~{S},10~{S},12~{E})-16-methoxy-4-methyl-9,10,18-tris(oxidanyl)-3-oxabicyclo[12.4.0]octadeca-1(18),12,14,16-tetraene-2,8-dione


分子量: 364.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG MME 2000, 0.1M MES pH 6.5, 0.1M ammonium sulfate, 0.02M beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→44.33 Å / Num. obs: 45095 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 23 / Num. measured all: 176520
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Num. measured all: 7911 / Num. unique obs: 2154 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.241 / Χ2: 0.7 / Net I/σ(I) obs: 4.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→28.41 Å / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.4696
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1785 2099 4.66 %
Rwork0.1289 42971 -
obs0.1312 45070 95.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→28.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2786 0 36 376 3198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01292988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30774056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7033406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.680.18711320.11032794X-RAY DIFFRACTION92.65
1.68-1.720.17521380.11082801X-RAY DIFFRACTION94.11
1.72-1.770.18851280.11242833X-RAY DIFFRACTION94.54
1.77-1.820.17231400.11592845X-RAY DIFFRACTION95.09
1.82-1.880.16741320.11482858X-RAY DIFFRACTION95.37
1.88-1.940.18541620.11522874X-RAY DIFFRACTION96.08
1.94-2.020.18061420.12372860X-RAY DIFFRACTION96.25
2.02-2.110.17041330.11712904X-RAY DIFFRACTION96.35
2.11-2.230.17771530.11542869X-RAY DIFFRACTION96.61
2.23-2.370.16461460.1162905X-RAY DIFFRACTION96.8
2.37-2.550.16561560.12512906X-RAY DIFFRACTION97.18
2.55-2.80.2051430.13272926X-RAY DIFFRACTION97.43
2.8-3.210.20581300.1452972X-RAY DIFFRACTION97.61
3.21-4.040.17351330.12612951X-RAY DIFFRACTION97.35
4.04-28.410.16581310.14982673X-RAY DIFFRACTION86.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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