PDB-8qq8: Crystal Structure of F420-dependent Methylene-Tetrahydromethanopt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qq8

タイトル

Crystal Structure of F420-dependent Methylene-Tetrahydromethanopterin Reductase Mutant E6Q from Methanocaldococcus Jannaschii

要素

5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / F420-dependent methylene-tetrahydromethanopterin reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase / coenzyme F420-dependent N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin reductase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Mutational and structural studies of ( beta alpha ) 8 -barrel fold methylene-tetrahydropterin reductases utilizing a common catalytic mechanism.
著者: Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2023年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qq8.cif.gz	144.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qq8.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qq8_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qq8_full_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示
XML形式データ	8qq8_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	8qq8_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qpjC 8qplC 8qpmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.000, 98.000, 200.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-455- HOH
2	1	A-583- HOH
3	1	A-588- HOH
4	1	A-621- HOH

#1: タンパク質	5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase 分子量: 35393.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: mer / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A832SYB5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15 % w/v Polyethylene glycol 4,000 200 mM Ammonium sulfate 2 mM F420 2 mM CH3-H4MPT 20 mg/ml jMer_E6Q

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40.65 Å / Num. obs: 33460 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.23
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / R_merge(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4452 / CC_1/2: 0.491

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→40.65 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	1999	6.03 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1954	33125	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2479	0	0	250	2729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.196	348
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.4514	141	0.4118	2182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.11	0.3814	141	0.3593	2177	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.17	0.3221	140	0.3196	2188	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.24	0.3304	141	0.2986	2190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.2758	140	0.2629	2197	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.41	0.3373	143	0.2421	2211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2822	141	0.2272	2207	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.65	0.2647	144	0.2087	2228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.2752	140	0.2088	2202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.2762	145	0.1918	2243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.34	0.2378	143	0.1958	2230	X-RAY DIFFRACTION	99
3.34-3.83	0.2247	143	0.1792	2231	X-RAY DIFFRACTION	98
3.83-4.82	0.1747	146	0.149	2282	X-RAY DIFFRACTION	99
4.82-40.65	0.204	151	0.1714	2358	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3216	0.1481	-0.1371	1.498	0.1015	1.7289	0.0942	-0.1428	0.0129	0.0385	0.014	0.0656	0.0179	-0.1484	-0	0.4555	0.0101	0.0009	0.497	0.0457	0.431	-15.3879	-5.3528	7.0167
2	0.2433	0.4854	0.0243	1.0089	-0.1557	0.7201	0.1038	-0.2135	-0.1947	0.5042	-0.0222	-0.056	0.5891	-0.0438	-0.0003	0.5878	-0.0344	-0.0239	0.4746	0.0912	0.4216	-17.1817	-25.1361	13.3413
3	0.0783	-0.0577	-0.2505	0.7548	-0.2364	1.0351	-0.0272	-0.1587	-0.5541	0.2856	0.0163	0.1003	0.2942	-0.0518	-0.0003	0.6518	-0.0514	-0.0003	0.6428	0.0776	0.5664	-17.8829	-14.4106	18.194
4	1.6816	0.6027	-0.1588	1.0891	0.3245	0.9176	0.1753	-0.2198	0.3039	0.4067	0.0685	0.442	-0.1047	-0.1238	0.0004	0.7106	0.0158	0.1004	0.7079	0.0478	0.6302	-25.123	-3.3728	23.3992
5	2.0298	0.1906	0.0488	2.4821	-0.7279	0.4005	0.0491	0.2124	0.7141	0.1898	0.2675	1.1691	-0.1385	-0.78	0.0018	0.6378	0.0324	0.1003	0.998	0.2267	1.04	-33.9497	7.6154	13.253
6	0.2541	0.0657	0.5185	0.3217	-0.0992	1.9216	0.064	-0.4676	0.7762	0.3526	0.1237	0.2633	-1.3846	-0.3014	-0.0233	0.5129	0.005	0.1521	0.513	-0.0645	0.5861	-14.9264	13.4373	17.7031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 171 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 172 through 219 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 220 through 313 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 314 through 331 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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