- PDB-8qq7: Structure of SpNOX: a Bacterial NADPH oxidase -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 8qq7
タイトル
Structure of SpNOX: a Bacterial NADPH oxidase
要素
FAD-binding FR-type domain-containing protein
キーワード
ELECTRON TRANSPORT / NADPH oxidase / Reactive Oxygen Species production / membrane protein / Streptococcus pneumoniae / F397W mutant / electron transport.
分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか
Y
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.95 %
結晶化
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein: 4.04 mg/ml in 50 mM Tris pH 7, 300 mM NaCl, 0.025 mM MNG3, 0.01 mM FAD. Crystallization condition: 30.5% PEG 300, 0.15 M Li2SO4, 0.15 M NaCl and 0.1 M MES pH6. Drop: 6 uL of protein + 6 uL of well.
解像度: 3.62→3.95 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 275 / Rpim(I) all: 0.465 / % possible all: 85.4
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0267
精密化
XDS
データ削減
XSCALE
データスケーリング
STARANISO
データスケーリング
PHASER
位相決定
Coot
モデル構築
PDB_EXTRACT
3.27
データ抽出
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: model from PROMALS3D and I-TASSER 解像度: 3.62→47.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 78.364 / SU ML: 1.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.32003
245
4.4 %
RANDOM
Rwork
0.26152
-
-
-
obs
0.2642
5262
47.85 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.6 Å / 溶媒モデル: MASK