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万見
- PDB-8qq1: SpNOX dehydrogenase domain, mutant F397W in complex with Flavin a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qq1
タイトルSpNOX dehydrogenase domain, mutant F397W in complex with Flavin adenine dinucleotide (FAD)
要素Oxidoreductase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Streptococcus pneumoniae NADPH Oxidase (spNOX) Reactive oxygen species (ROS) membrane protein electron transfer oxidative stress
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NAD+ reductase / ferredoxin-NAD+ reductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.941 Å
データ登録者Humm, A.S. / Dupeux, F. / Vermot, A. / Petit-Harleim, I. / Fieschi, F. / Marquez, J.A.
資金援助 フランス, European Union, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0013 フランス
Other governmentEmergence Program from University Grenoble Alpes
iNEXT-Discovery871037European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: X-ray structure and enzymatic study of a bacterial NADPH oxidase highlight the activation mechanism of eukaryotic NOX.
著者: Petit-Hartlein, I. / Vermot, A. / Thepaut, M. / Humm, A.S. / Dupeux, F. / Dupuy, J. / Chaptal, V. / Marquez, J.A. / Smith, S.M.E. / Fieschi, F.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Oxidoreductase
F: Oxidoreductase
G: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,36432
ポリマ－76,9293
非ポリマー4,43429
水9,872548
1
C: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,06810
ポリマ－25,6431
非ポリマー1,4259
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,22812
ポリマ－25,6431
非ポリマー1,58511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,06810
ポリマ－25,6431
非ポリマー1,4259
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.622, 104.622, 142.688
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase


分子量: 25643.154 Da / 分子数: 3 / 変異: F397W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Flavin Adenin dinucleotide
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ndoR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4J2B4U9
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
解説: typical crystal shape are elongated hexagon, 150 micrometr lenght 80 micrometer wide.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals Obtained at the HTX Facility, EMBL Grenoble 17% w/v PEG3350, 0.1M BIS-TRIS Propane pH6.5, 0.2M Sodium bromide. Automatic harvesting and cryocooling with CrystalDirect

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月6日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal elliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.941→58.944 Å / Num. obs: 57719 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.941→1.974 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.829 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2772 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.372 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
MxCuBEデータ収集
CRANK2位相決定
Aimlessデータスケーリング
autoPROCdata processing
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.941→36.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 2885 -RANDOM
Rwork0.1902 ---
obs0.1919 57709 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3933 Å20 Å20 Å2
2---0.3933 Å20 Å2
3---0.7865 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.941→36.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 185 548 6037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085629HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.917637HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1922SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1050HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5629HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion716SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4670SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.82
LS精密化 シェル解像度: 1.941→1.96 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 63 -
Rwork0.2414 --
obs--93.87 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82070.83160.36181.0956-0.32320.4239-0.02580.0254-0.00210.0254-0.0060.0112-0.00210.01120.0318-0.0335-0.0054-0.00950.00280.0301-0.045438.668410.37344.6183
20.730.24950.00651.012-0.48471.1878-0.0320.0724-0.1170.07240.00180.0996-0.1170.09960.03020.01640.0105-0.003-0.01110.0045-0.065443.65849.274816.6507
30.5732-0.0928-0.12881.3815-0.45070.8412-0.16270.10520.0120.10520.00830.05550.0120.05550.1545-0.07010.00270.0586-0.0110.04380.022916.085748.777347.1359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ C|* }C183 - 399
2X-RAY DIFFRACTION1{ C|* }C801
3X-RAY DIFFRACTION2{ F|* }F180 - 399
4X-RAY DIFFRACTION2{ F|* }F801
5X-RAY DIFFRACTION3{ G|* }G181 - 399
6X-RAY DIFFRACTION3{ G|* }G801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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