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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qq3 | ||||||
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Title | Streptavidin with a Ni-cofactor | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Artificial Metalloenzymes | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, K. / Jakob, R.P. / Ward, T.R. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: An artificial nickel chlorinase based on the biotin-streptavidin technology. Authors: Yu, K. / Zhang, K. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Ward, T.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 219.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 176.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16569.031 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-WKF / Mass: 637.794 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Formula: C35H39N7O3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% w/v PEG 4K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→46.13 Å / Num. obs: 75827 / % possible obs: 99.85 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 14.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 1.236 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7553 / CC1/2: 0.735 / CC star: 0.92 / Rpim(I) all: 0.499 / Rrim(I) all: 1.335 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→46.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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