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万見
- PDB-8qpy: Solution NMR structure of the peptidyl carrier domain TomAPCP fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qpy
タイトルSolution NMR structure of the peptidyl carrier domain TomAPCP from the Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase
要素Carrier protein TomAPCP
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Non-ribosomal peptide synthetase / Tomaymycin / PCP / phosphopantetheine / Donor
生物種Streptomyces regensis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Karanth, M.N. / Kirkpatrick, J.P. / Carlomagno, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CA294/16-1 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: The specificity of intermodular recognition in a prototypical nonribosomal peptide synthetase depends on an adaptor domain.
著者: Karanth, M.N. / Kirkpatrick, J.P. / Krausze, J. / Schmelz, S. / Scrima, A. / Carlomagno, T.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carrier protein TomAPCP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3801
ポリマ－10,3801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #9closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Carrier protein TomAPCP


分子量: 10380.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First four residues (GPMA) in the protein are from cloning artifacts. Therefore, the appropriate residue numbering has the first residue (G) designated as residue-number '-3', so that the ...詳細: First four residues (GPMA) in the protein are from cloning artifacts. Therefore, the appropriate residue numbering has the first residue (G) designated as residue-number '-3', so that the fifth residue has residue-number '1'. A special modified residue SPP is designated for the serine residue covalently linked to a 4'-phosphopantetheine prosthetic group.
由来: (組換発現) Streptomyces regensis (バクテリア)
Variant: FH6421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D HBHA(CO)NH
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
1111isotropic32D 1H-13C HSQC
1121isotropic12D hbcbcgcdhdgp
1131isotropic12D hbcbcgcdcehegp
1142isotropic22D 1H-13C HSQC
1152isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1500 uM [U-13C; U-15N] APCP, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 v/v [U-2H] D2O, 0.02 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2OMain sample used for assignment and collection of distance restraints.13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution2500 uM [U-13C; U-15N] APCP, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02 w/v sodium azide, 100 % v/v [U-2H] D2O, 100% D2OAdditional sample (dissolved in D2O-based buffer) used for collection of distance restraints.13C15N_sample_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMAPCP[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
10 v/vD2O[U-2H]1
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance1
500 uMAPCP[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
0.02 w/vsodium azidenatural abundance2
100 % v/vD2O[U-2H]2
試料状態イオン強度: 265 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
NMRPipe10.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr Analysis2.4CCPNpeak picking
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4CCPNデータ解析
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing7
torsion angle dynamics8
molecular dynamics9
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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