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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qpl | ||||||
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タイトル | F420-Dependent Methylene-Tetrahydromethanopterin Reductase with F420 from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
要素 | 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / F420-dependent methylene-tetrahydromethanopterin reductase / F420 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase / coenzyme F420-dependent N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin reductase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / one-carbon metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Mutational and structural studies of ( beta alpha ) 8 -barrel fold methylene-tetrahydropterin reductases utilizing a common catalytic mechanism. 著者: Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qpl.cif.gz | 249.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qpl.ent.gz | 203.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qpl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qpl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8qpjC 8qpmC 8qq8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35394.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: mer / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A832SYB5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550 100 mM MES pH 6.5 10 mM zinc sulfate 2 mM F420 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 60825 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 1.902 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 8287 / CC1/2: 0.569 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.22 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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