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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qpj | ||||||
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タイトル | FAD-independent Methylene-Tetrahydrofolate Reductase Mutant E9Q from Mycobacterium hassiacum | ||||||
要素 | Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Methylenetetrahydrofolate reductase / methylene-tetrahydrofolate reductase | ||||||
機能・相同性 | Mycobacterial methylenetetrahydrofolate reductase / Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium hassiacum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Mutational and structural studies of ( beta alpha ) 8 -barrel fold methylene-tetrahydropterin reductases utilizing a common catalytic mechanism. 著者: Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qpj.cif.gz | 337.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qpj.ent.gz | 276.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qpj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qpj_validation.pdf.gz | 434.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qpj_full_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qpj_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qpj_validation.cif.gz | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qpj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qplC 8qpmC 8qq8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32836.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum (バクテリア) 遺伝子: C731_4202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDY6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25 % PEG MME 5000 10 mg/ml Mfr_E9Q 2 mM NAD+ 2 mM CH3-H4F |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→45.8 Å / Num. obs: 51871 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.17 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.813 Å / Rmerge(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 5183 / CC1/2: 0.431 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→45.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.8 Å
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