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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qpc | ||||||||||||
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タイトル | 18mer DNA mimic Foldamer with an Aromatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein | ||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Foldamer / DNA mimic foldamer / DNA mimicry / Sac7d | ||||||||||||
機能・相同性 | DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm / DNA-binding protein 7d![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Deepak, D. / Corvaglia, V. / Wu, J. / Huc, I. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA-Mimic Foldamer Recognition of a Chromosomal Protein 著者: Deepak, D. / Corvaglia, V. / Wu, J. / Allmendinger, L. / Huc, I. #4: ![]() タイトル: Single helically folded aromatic oligoamides that mimic the charge surface of double-stranded B-DNA. 著者: Ziach, K. / Chollet, C. / Parissi, V. / Prabhakaran, P. / Marchivie, M. / Corvaglia, V. / Bose, P.P. / Laxmi-Reddy, K. / Godde, F. / Schmitter, J.M. / Chaignepain, S. / Pourquier, P. / Huc, I. #5: ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2005 タイトル: Probing the DNA kink structure induced by the hyperthermophilic chromosomal protein Sac7d. 著者: Chen, C.Y. / Ko, T.P. / Lin, T.W. / Chou, C.C. / Chen, C.J. / Wang, A.H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.714214186265, 0.415209854254, 0.563470383488), (0.43441282378, -0.36825835054, 0.821992266261), (0.548801963074, 0.831857297971, 0.0826428529187)ベクター: 6. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.714214186265, 0.415209854254, 0.563470383488), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7538.743 Da / 分子数: 1 / 変異: V26A/M29A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Saci_0064 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2561.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2563.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.05 % / 解説: Diamond shape |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10 % PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8731 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.24→61.41 Å / Num. obs: 2973 / % possible obs: 89.51 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 91.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.81 |
反射 シェル | 解像度: 3.241→3.356 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 244 / CC1/2: 0.938 / % possible all: 81.27 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 123.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.24→61.41 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.75222926084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.24→61.41 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: AA / Label asym-ID: A
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