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- PDB-8cmn: 18mer DNA mimic Foldamer with an aliphatic linker in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cmn
タイトル18mer DNA mimic Foldamer with an aliphatic linker in complex with Sac7d wild protein
要素
  • DNA-binding protein 7d
  • N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Foldamer / DNA mimic / histone
機能・相同性DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm / DNA-binding protein 7d
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Deepak, D. / Corvaglia, V. / Wu, J. / Huc, I.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: DNA Mimic Foldamer Recognition of a Chromosomal Protein.
著者: Deepak, D. / Wu, J. / Corvaglia, V. / Allmendinger, L. / Scheckenbach, M. / Tinnefeld, P. / Huc, I.
履歴
登録2023年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp.type
改定 1.22023年9月27日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.22025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: DNA-binding protein 7d
B: N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide
C: N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7003
ポリマ－12,7003
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.410, 71.410, 116.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1-

GOA

21C-1-

GOA

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein 7d / 7 kDa DNA-binding protein d / Sac7d


分子量: 7626.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
遺伝子: Saci_0064 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): plys S / 参照: UniProt: P13123
#2: タンパク質・ペプチド N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide


分子量: 2536.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.17 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→42.34 Å / Num. obs: 5508 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 74.99 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 18.81
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / Num. unique obs: 531 / CC1/2: 0.81 / CC star: 0.946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER1.20.1_4487位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→42.34 Å / SU ML: 0.445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.1161
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2974 547 9.94 %
Rwork0.2614 4955 -
obs0.2651 5502 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→42.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数495 0 346 7 848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.68611230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.253189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0023182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.920.43091300.35851194X-RAY DIFFRACTION99.77
2.92-3.340.34321340.29041205X-RAY DIFFRACTION99.78
3.34-4.20.29121360.2421226X-RAY DIFFRACTION99.56
4.21-42.340.27231470.25311330X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0424056302552-0.2059872222380.246529559024-0.1104220822880.0469550260810.05877203750180.9569099128161.198182249-0.7806404861580.001440184546520.7999826186861.856708081261.166547156171.3308704038-5.17438182501E-60.5586438116930.0126414678229-0.04963813153610.569484637222-0.1740907237890.342914358816-5.42331665203-20.14043292412.28437364025
20.3045520872880.0912578012191-0.08960271329250.0146525221496-0.08464764746320.01533915456540.3839095356350.620420165336-0.459753728102-1.17707534916-0.1235272792580.032788842520.88496394343-0.807948074851-3.224496567E-70.645831996952-0.00346075580414-0.02304735777620.683393722336-0.1113424889990.689142976971-8.94627918238-20.38023208840.465146021811
30.3620265552960.101960621882-0.3140240875060.445873493271-0.3527017094340.540773137119-0.353126908008-0.409249929859-0.716930647327-0.1316287207530.615533016753-0.0647135103956-0.844503067902-0.4550801166572.0743353958E-70.4012997728360.05124605563730.04432848763650.378192899319-0.02278048852950.422222899283-10.7589106924-13.83849028119.21116909842
40.02804117377480.10249316997-0.8927640444350.2079261729890.1720085700181.148261974210.611042794006-0.01762053728050.186565522787-0.1223919247-0.2498803033620.206892617699-0.1243514399130.12114665945-2.83697467139E-70.4651316302030.05450178281370.1166038798960.3190931850220.05911010743020.410890728621-8.59808970831-10.11935170525.63823093927
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: AA / Label asym-ID: B

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 10 )1 - 101 - 10
22chain 'A' and (resid 11 through 19 )11 - 1911 - 19
33chain 'A' and (resid 20 through 36 )20 - 3620 - 36
44chain 'A' and (resid 37 through 63 )37 - 6337 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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