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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qox | ||||||
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タイトル | Two-component assembly of SlaA and SlaB S-layer proteins of Sulfolobus acidocaldarius | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / S-layer / dimer / N-glycosylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.2 Å | ||||||
![]() | Gambelli, L. / McLaren, M. / Isupov, M. / Conners, R. / Daum, B. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the two-component S-layer of the archaeon . 著者: Lavinia Gambelli / Mathew McLaren / Rebecca Conners / Kelly Sanders / Matthew C Gaines / Lewis Clark / Vicki A M Gold / Daniel Kattnig / Mateusz Sikora / Cyril Hanus / Michail N Isupov / Bertram Daum / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell ...Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell wall and thus act as the final frontier between the cell and its environment. Therefore, S-layers are crucial for supporting microbial life. Notwithstanding their importance, little is known about archaeal S-layers at the atomic level. Here, we combined single-particle cryo electron microscopy, cryo electron tomography, and Alphafold2 predictions to generate an atomic model of the two-component S-layer of . The outer component of this S-layer (SlaA) is a flexible, highly glycosylated, and stable protein. Together with the inner and membrane-bound component (SlaB), they assemble into a porous and interwoven lattice. We hypothesise that jackknife-like conformational changes in SlaA play important roles in S-layer assembly. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 182 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 285 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18127MC ![]() 7zcxC ![]() 8an2C ![]() 8an3C ![]() 8qp0C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 151078.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4J6E5 #2: タンパク質 | 分子量: 49560.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4J6E6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Two component S-layer ofSulfolobus acidocaldarius. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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EM imaging | 凍結剤: NITROGEN / 電子線源:
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撮影 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Datasets were combined after particle-extraction in Relion then refined in M. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 11.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2771 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 86 / Num. of volumes extracted: 22950 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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