PDB-8qom: Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - R107W

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qom

タイトル

Capra hircus reactive intermediate deaminase A mutant - R107W

要素

2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Enzyme / deaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.654 Å

データ登録者

Rizzi, G. / Visentin, C. / Di Pisa, F. / Ricagno, S.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Site-directed mutagenesis reveals the interplay between stability, structure, and enzymatic activity in RidA from Capra hircus.
著者: Rizzi, G. / Digiovanni, S. / Degani, G. / Barbiroli, A. / Di Pisa, F. / Popolo, L. / Visentin, C. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S.

履歴

登録	2023年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qom.cif.gz	273 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qom.ent.gz	171.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qom_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qom_full_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示
XML形式データ	8qom_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	8qom_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/8qom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q3hC 8qokC 8qopC 8qoqC 8qosC 8qouC 8qovC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase

登録者が定義した集合体
43.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.442, 88.442, 88.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-216- HOH
2	1	A-226- HOH
3	1	A-275- HOH
4	1	A-281- HOH
5	1	A-282- HOH
6	1	B-201- HOH
7	1	B-220- HOH
8	1	B-256- HOH
9	1	B-260- HOH
10	1	B-261- HOH
11	1	B-262- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 132 / Label seq-ID: 4 - 135

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase 分子量: 14620.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: RIDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80601
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M SPG, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→44.26 Å / Num. obs: 44033 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 41.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 1231 / CC_1/2: 0.785

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.654→44.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.2 / WR_factor R_work: 0.171 / SU B: 3.719 / SU ML: 0.062 / Average fsc free: 0.9731 / Average fsc work: 0.9813 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	1451	5.232 %
R_work	0.1645	26281	-
all	0.166	-	-
obs	-	27732	99.741 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.366 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.654→44.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1988	0	0	145	2133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.237	1.779	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.432	1.724	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.827	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.201	10	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.397	10	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.377	1.782	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.325	1.781	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.471	3.197	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.474	3.198	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.782	2.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.78	2.201	983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.359	3.843	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.358	3.844	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.738	20.485	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.729	19.386	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.102	0.05	3757

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10176	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10176	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.654-1.697	0.274	88	0.209	1866	0.212	2021	0.965	0.975	96.6848	0.18
1.697-1.744	0.25	71	0.181	1926	0.184	1998	0.961	0.98	99.95	0.163
1.744-1.794	0.222	100	0.175	1787	0.178	1887	0.965	0.98	100	0.159
1.794-1.849	0.193	107	0.18	1791	0.181	1898	0.977	0.979	100	0.165
1.849-1.91	0.234	94	0.176	1720	0.179	1814	0.966	0.981	100	0.162
1.91-1.977	0.258	98	0.18	1659	0.184	1757	0.957	0.98	100	0.169
1.977-2.051	0.179	95	0.171	1608	0.171	1703	0.982	0.983	100	0.162
2.051-2.135	0.187	75	0.168	1555	0.169	1630	0.976	0.983	100	0.161
2.135-2.229	0.192	61	0.174	1520	0.175	1581	0.979	0.981	100	0.169
2.229-2.338	0.247	72	0.159	1418	0.163	1490	0.964	0.985	100	0.158
2.338-2.464	0.18	104	0.164	1345	0.165	1449	0.979	0.984	100	0.164
2.464-2.613	0.216	76	0.171	1282	0.173	1358	0.97	0.982	100	0.174
2.613-2.793	0.202	62	0.164	1212	0.166	1274	0.975	0.983	100	0.17
2.793-3.015	0.195	47	0.161	1149	0.162	1196	0.977	0.984	100	0.169
3.015-3.302	0.189	58	0.182	1049	0.182	1107	0.976	0.98	100	0.196
3.302-3.689	0.187	62	0.165	947	0.167	1009	0.983	0.974	100	0.179
3.689-4.255	0.164	78	0.141	817	0.143	895	0.984	0.987	100	0.163
4.255-5.199	0.129	42	0.128	727	0.128	770	0.991	0.991	99.8701	0.156
5.199-7.302	0.225	40	0.175	558	0.179	598	0.972	0.983	100	0.203
7.302-44.26	0.179	21	0.165	345	0.166	367	0.985	0.981	99.7275	0.204

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.542	-0.0577	0.1398	1.1847	-0.3206	1.0634	-0.0627	0.0926	0.0299	-0.0749	0.0951	0.1739	-0.0057	-0.1366	-0.0324	0.0114	-0.0061	-0.0134	0.0291	0.0147	0.0267	-21.7105	14.9818	48.3562
2	1.1061	-0.2677	-0.8194	1.0206	0.4848	1.4666	0.142	0.1604	0.0982	-0.1792	-0.0948	0.1008	-0.2756	-0.1838	-0.0472	0.0689	0.0461	-0.0101	0.0401	0.001	0.0294	10.3931	-7.7543	20.0234

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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