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- PDB-8qoc: Crystal structure of Staphylococcus aureus PLP Synthase (Pdx1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qoc
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus PLP Synthase (Pdx1)
要素Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
キーワードTRANSFERASE / Staphylococcus aureus / vitamin B6 / PLP synthase / oligomeric state
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Ullah, N. / Wrenger, C. / Betzel, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)390715994 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure and dynamics of the staphylococcal pyridoxal 5-phosphate synthase complex reveal transient interactions at the enzyme interface.
著者: Barra, A.L.C. / Ullah, N. / Brognaro, H. / Gutierrez, R.F. / Wrenger, C. / Betzel, C. / Nascimento, A.S.
履歴
登録2023年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,75137
ポリマ－235,7508
非ポリマー2,00029
水1,71195
1
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
E: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,95563
ポリマ－353,62512
非ポリマー3,32951
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area50140 Å2
ΔGint-578 kcal/mol
Surface area100860 Å2
2
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
ヘテロ分子

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
ヘテロ分子

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
F: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
G: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
H: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,29748
ポリマ－353,62512
非ポリマー2,67136
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area47410 Å2
ΔGint-473 kcal/mol
Surface area100940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)192.419, 192.419, 448.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS


分子量: 29468.791 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: pdxS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60798

-
非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris base (Bicine), NaNO3, NA2HPO4, (NH4)2SO4, P550MME-P20K 30%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.827→49.8 Å / Num. obs: 76173 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 56.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1081 / Net I/σ(I): 16.04
反射 シェル解像度: 2.827→2.928 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / Num. unique obs: 7248 / CC1/2: 0.954 / % possible all: 98.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.83→49.8 Å / SU ML: 0.3949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.035
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 3810 5 %
Rwork0.2021 72363 -
obs0.205 76173 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16216 0 99 95 16410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008216497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.989522252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05482519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00892966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.58142351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-2.860.43161340.37412548X-RAY DIFFRACTION96.13
2.86-2.90.41411390.33962634X-RAY DIFFRACTION99.75
2.9-2.940.38481390.31472651X-RAY DIFFRACTION99.5
2.94-2.980.39361400.27652646X-RAY DIFFRACTION99.43
2.98-3.030.33611410.26632681X-RAY DIFFRACTION99.82
3.03-3.070.32011390.25212647X-RAY DIFFRACTION99.79
3.07-3.120.36261410.24262684X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-3.180.35571390.2312638X-RAY DIFFRACTION99.75
3.18-3.240.29551400.21652653X-RAY DIFFRACTION99.47
3.24-3.30.3161420.22652678X-RAY DIFFRACTION99.86
3.3-3.370.31321390.22762673X-RAY DIFFRACTION99.79
3.37-3.440.28391410.24042683X-RAY DIFFRACTION99.89
3.44-3.520.32791410.24732660X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-3.610.28681400.22122662X-RAY DIFFRACTION99.93
3.61-3.70.25171420.2022697X-RAY DIFFRACTION99.89
3.7-3.810.28281410.19712679X-RAY DIFFRACTION99.93
3.81-3.940.25481410.1912686X-RAY DIFFRACTION99.93
3.94-4.080.23981410.18392675X-RAY DIFFRACTION99.96
4.08-4.240.22411420.18292690X-RAY DIFFRACTION99.93
4.24-4.430.22771420.17422699X-RAY DIFFRACTION99.93
4.43-4.670.20931410.16992690X-RAY DIFFRACTION99.96
4.67-4.960.21671420.15852700X-RAY DIFFRACTION100
4.96-5.340.22681430.17612716X-RAY DIFFRACTION99.9
5.34-5.880.28771420.21282701X-RAY DIFFRACTION99.96
5.88-6.730.25611450.20662742X-RAY DIFFRACTION100
6.73-8.470.22081450.16122768X-RAY DIFFRACTION99.97
8.47-49.80.15851480.16062782X-RAY DIFFRACTION97.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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