PDB-8qnz: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qnz

タイトル

Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Hydrolyzed Imipenem

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / Imipenem

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity.
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qnz.cif.gz	766.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qnz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qnz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qnz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.310, 105.965, 124.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-8YF / (2R)-2-[(2S,3R)-1,3-bis(oxidanyl)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-(2-methanimidamidoethylsulfanyl)-2,3-dihydro-1H-pyrrole -5-carboxylic acid / Imipenem, hydrolyzed form / (5R)-3-[[2-[(イミノメチル)アミノ]エチル]チオ]-5α-[(1S,2R)-1-カルボキシ-2-ヒドロキシ(以下略) 分子量: 317.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES pH 7.5 no Cl-, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.918381 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918381 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→80.74 Å / Num. obs: 159414 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.53→1.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7727 / CC_1/2: 0.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.53→62.417 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 4.907 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1988	7990	5.015 %
R_work	0.1463	151346	-
all	0.149	-	-
obs	-	159336	98.133 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.363 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.705 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.659 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→62.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8012	0	79	1019	9110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8447
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.636	11449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.443	1.585	18061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.012	5	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.462	22.581	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.638	15	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.495	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	7637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.071	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.293	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.859	1.923	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.85	1.922	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.252	2.888	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.252	2.888	5029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.765	2.276	4446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.765	2.276	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.202	3.295	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.201	3.296	6421
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.4	24.077	10274
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.196	23.42	9988
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.982	3	16306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.57	0.353	574	0.347	10949	X-RAY DIFFRACTION	96.7425
1.57-1.613	0.324	537	0.31	10689	X-RAY DIFFRACTION	97.0184
1.613-1.659	0.293	523	0.273	10482	X-RAY DIFFRACTION	97.1315
1.659-1.711	0.292	562	0.239	10088	X-RAY DIFFRACTION	97.3581
1.711-1.767	0.267	488	0.216	9887	X-RAY DIFFRACTION	97.5828
1.767-1.829	0.222	549	0.169	9513	X-RAY DIFFRACTION	97.7558
1.829-1.898	0.229	523	0.153	9205	X-RAY DIFFRACTION	97.8968
1.898-1.975	0.208	489	0.134	8880	X-RAY DIFFRACTION	98.0534
1.975-2.063	0.188	454	0.118	8585	X-RAY DIFFRACTION	98.3141
2.063-2.164	0.18	404	0.105	8258	X-RAY DIFFRACTION	98.4542
2.164-2.281	0.169	417	0.102	7869	X-RAY DIFFRACTION	98.6311
2.281-2.419	0.188	361	0.108	7471	X-RAY DIFFRACTION	98.7393
2.419-2.586	0.176	380	0.104	7033	X-RAY DIFFRACTION	98.9191
2.586-2.793	0.182	350	0.112	6568	X-RAY DIFFRACTION	99.1117
2.793-3.059	0.191	334	0.118	6049	X-RAY DIFFRACTION	99.2382
3.059-3.42	0.179	291	0.137	5544	X-RAY DIFFRACTION	99.4885
3.42-3.949	0.166	289	0.13	4858	X-RAY DIFFRACTION	99.5359
3.949-4.835	0.152	216	0.117	4203	X-RAY DIFFRACTION	99.6168
4.835-6.833	0.16	159	0.13	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.7703

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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