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- PDB-8qnk: OPR3 variant R283D in complex with NADPH4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qnk
タイトルOPR3 variant R283D in complex with NADPH4
要素12-oxophytodienoate reductase 3
キーワードFLAVOPROTEIN / Old yellow enzyme / flavoenzyme / ene-reductase / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5J8 / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 12-oxophytodienoate reductase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of OPR3 wildtype and variants with NAD(P)H
著者: Kerschbaumer, B. / Bijelic, A. / Macheroux, P.
履歴
登録2023年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-oxophytodienoate reductase 3
B: 12-oxophytodienoate reductase 3
C: 12-oxophytodienoate reductase 3
D: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,87511
ポリマ－177,4364
非ポリマー3,4387
水16,664925
1
A: 12-oxophytodienoate reductase 3
B: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4966
ポリマ－88,7182
非ポリマー1,7784
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area26000 Å2
2
C: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5633
ポリマ－44,3591
非ポリマー1,2042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13270 Å2
3
D: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8152
ポリマ－44,3591
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.576, 90.483, 114.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
12-oxophytodienoate reductase 3


分子量: 44359.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-5J8 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(5-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 747.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H32N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 50 mM sodium tartrate, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→35.9 Å / Num. obs: 114489 / % possible obs: 95.49 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.56
反射 シェル解像度: 1.91→1.93 Å / Num. unique obs: 3915 / CC1/2: 0.417

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_4761)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER0.8856位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→35.9 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 5510 4.81 %
Rwork0.1948 --
obs0.1962 114489 95.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11242 0 228 925 12395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0516029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4364204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112062
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.930.38321750.34043740X-RAY DIFFRACTION98
1.93-1.950.36491880.32433749X-RAY DIFFRACTION98
1.95-1.980.34562090.3143674X-RAY DIFFRACTION98
1.98-20.34831750.31393701X-RAY DIFFRACTION98
2-2.030.31011900.29883699X-RAY DIFFRACTION98
2.03-2.060.3111750.27623727X-RAY DIFFRACTION98
2.06-2.090.2911870.26923686X-RAY DIFFRACTION97
2.09-2.120.31711890.25443677X-RAY DIFFRACTION97
2.12-2.150.29221760.24373617X-RAY DIFFRACTION96
2.15-2.190.27331860.24613631X-RAY DIFFRACTION96
2.19-2.220.27751940.23213553X-RAY DIFFRACTION94
2.22-2.260.25091550.21943204X-RAY DIFFRACTION84
2.26-2.310.23881590.19682736X-RAY DIFFRACTION73
2.31-2.360.22911480.19573002X-RAY DIFFRACTION79
2.36-2.410.21521770.19723234X-RAY DIFFRACTION86
2.41-2.460.22321710.20383620X-RAY DIFFRACTION96
2.46-2.520.24851960.20573836X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.590.26141680.2043763X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.670.23322020.20093776X-RAY DIFFRACTION99
2.67-2.750.2191950.20083782X-RAY DIFFRACTION99
2.75-2.850.22281710.19643746X-RAY DIFFRACTION99
2.85-2.970.22671630.19163813X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.10.18852130.18833731X-RAY DIFFRACTION98
3.1-3.270.21282030.1823681X-RAY DIFFRACTION98
3.27-3.470.21880.17623753X-RAY DIFFRACTION98
3.47-3.740.18721800.16473682X-RAY DIFFRACTION97
3.74-4.110.18121570.15533735X-RAY DIFFRACTION97
4.11-4.710.1692110.15163753X-RAY DIFFRACTION99
4.71-5.930.18752200.16863809X-RAY DIFFRACTION100
5.93-35.90.21611890.17383869X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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