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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qnf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Condensation domain TomBC from the Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase | ||||||
![]() | Condensation domain TomBC from the Tomaymycin non-ribosomal peptide synthetase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Non-ribosomal peptide synthetase / Tomaymycin / Condensation | ||||||
機能・相同性 | FORMIC ACID / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Karanth, M. / Schmelz, S. / Kirkpatrick, J. / Krausze, J. / Scrima, A. / Carlomagno, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The specificity of intermodular recognition in a prototypical nonribosomal peptide synthetase depends on an adaptor domain. 著者: Karanth, M.N. / Kirkpatrick, J.P. / Krausze, J. / Schmelz, S. / Scrima, A. / Carlomagno, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59291.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TomBC 由来: (組換発現) ![]() Variant: FH6421 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 382分子 ![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Protein (stored in 50mM Kpi, 150 mM NaCl, pH 7.0) crystallised at 30mg/mL at 4 degC in 100 mM Tris pH 8.5, 3.5 M NaFormate 25% glycerol used as cryoprotectant. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→19.94 Å / Num. obs: 81329 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 30.63 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 2759 / CC1/2: 0.694 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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