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- PDB-8qmv: L2 forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qmv
タイトルL2 forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction of the last common ancestor of Form I'' and Form I RubisCOs
要素RubisCO large subunit
キーワードLYASE / RubisCO / CABP / ancestral
機能・相同性2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zarzycki, J. / Schulz, L. / Erb, T.J. / Hochberg, G.K.A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Joachim Herz Stiftung ドイツ
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2025
タイトル: Layered entrenchment maintains essentiality in the evolution of Form I Rubisco complexes.
著者: Schulz, L. / Zarzycki, J. / Steinchen, W. / Hochberg, G.K.A. / Erb, T.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Layered entrenchment maintains essentiality in the evolution of Form I Rubisco complexes
著者: Schulz, L. / Zarzycki, J. / Steinchen, W. / Hochberg, G.K.A. / Erb, T.J.
履歴
登録2023年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RubisCO large subunit
B: RubisCO large subunit
C: RubisCO large subunit
D: RubisCO large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,14512
ポリマ－204,6234
非ポリマー1,5228
水20,7711153
1
A: RubisCO large subunit
B: RubisCO large subunit
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Froms a L2 dimer in the absence of bound CABP in solution with 109 kDa in mass photometry experiments. In the presence of CABP an L8 octamer forms in solution with 442 kDa ...根拠: light scattering, Froms a L2 dimer in the absence of bound CABP in solution with 109 kDa in mass photometry experiments. In the presence of CABP an L8 octamer forms in solution with 442 kDa in mass photometry experiments., gel filtration, Froms a L2 dimer in the absence of bound CABP in solution. In the presence of CABP an L8 octamer is formed in solution.
  • 103 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0736
ポリマ－102,3122
非ポリマー7614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10470 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
2
C: RubisCO large subunit
D: RubisCO large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0736
ポリマ－102,3122
非ポリマー7614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10550 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.790, 203.800, 147.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-773-

HOH

21A-785-

HOH

31A-881-

HOH

41A-896-

HOH

51D-879-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
RubisCO large subunit


分子量: 51155.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Purified enzyme (10 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 hour in the presence of 0.3 mM CABP and 4.8 mM MgCl2. The ...詳細: Purified enzyme (10 mg/mL) in 25 mM Tricine-NaOH, 75 mM NaCl, pH 8.0 was incubated at 3% (v/v) CO2 in air and 30 degrees C for 1 hour in the presence of 0.3 mM CABP and 4.8 mM MgCl2. The enzyme was then mixed in a 1:1 ratio with 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, 30 % (v/v) polyethylene glycol 400. The crystals were flash frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→24.97 Å / Num. obs: 155284 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 16.04
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.85-1.91.077113290.731.1261
1.9-1.950.919111500.8510.9531
1.95-2.010.756107810.8880.7841
2.01-2.070.586104860.9360.6081
2.07-2.140.5102370.9520.5181
2.14-2.210.41898710.9640.4341
2.21-2.290.3595230.9750.3631
2.29-2.390.28191940.9850.2911
2.39-2.490.24187990.9880.251
2.49-2.620.20284270.9920.2091
2.62-2.760.16280310.9940.1681
2.76-2.930.13375690.9960.1381
2.93-3.130.10971920.9970.1131
3.13-3.380.0866800.9980.0831
3.38-3.70.06361520.9990.0651
3.7-4.140.04955550.9990.0511
4.14-4.780.041497310.0431
4.78-5.850.04442060.9990.0451
5.85-8.270.041330010.0431
8.27-24.970.034182910.0361

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→24.97 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1739 1999 1.29 %
Rwork0.1607 --
obs0.1609 155237 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14174 0 88 1153 15415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66619817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2455335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.291360.25210779X-RAY DIFFRACTION99
1.9-1.950.24641400.219210891X-RAY DIFFRACTION100
1.95-20.21091400.205110818X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.22521480.182910879X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.140.20651360.17810901X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.230.19911370.172210903X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.330.19241510.166510905X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.18191410.165410910X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.610.17571400.167210902X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.19141470.166910944X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.090.16311430.170310972X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.540.17291420.162511014X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.450.14211450.132511076X-RAY DIFFRACTION100
4.45-24.970.14881530.140911344X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.8701 Å / Origin y: 58.0125 Å / Origin z: -19.673 Å
111213212223313233
T0.1857 Å2-0.0024 Å2-0.0097 Å2-0.221 Å2-0.0007 Å2--0.1971 Å2
L0.1562 °20.0017 °20.0058 °2-0.2296 °2-0.0232 °2--0.2374 °2
S0.0023 Å °-0.0072 Å °-0.0274 Å °0.0188 Å °-0.0047 Å °-0.0164 Å °0.0401 Å °0.0454 Å °0.0023 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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