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- PDB-8qmc: High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoiso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qmc
タイトルHigh resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin
要素
  • DNA (5'-D(*T)-R(P*G)-D(P*T)-R(P*GP*GP*A)-D(P*T)-3')
  • DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A
  • DNA/RNA (5'-R(*G)-D(P*T)-R(P*AP*A)-D(P*T)-R(P*AP*C)-3')
  • DNA/RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*CP*G)-D(P*T)-R(P*A)-D(P*TP*T)-R(P*AP*C)-3')
  • DNA/RNA (5'-R(P*GP*G)-D(P*TP*T)-R(P*A)-D(P*T)-R(P*CP*CP*AP*CP*A)-3')
キーワードISOMERASE / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / TOPOISOMERASE IIA / DELAFLOXACIN / TOPOISOMERASE IV-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MALONIC ACID / delafloxacin / DNA / DNA (> 10) / : / DNA topoisomerase 4 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Najmudin, S. / Pan, X.S. / Wang, B. / Chayen, N.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T000848/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of topoisomerase targeting by delafloxacin.
著者: Najmudin, S. / Pan, X.S. / Wang, B. / Govada, L. / Chayen, N.E. / Rubio, N. / Shaffer, M.S.P. / Rzepa, H.S. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2023年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A
E: DNA (5'-D(*T)-R(P*G)-D(P*T)-R(P*GP*GP*A)-D(P*T)-3')
F: DNA/RNA (5'-R(P*GP*G)-D(P*TP*T)-R(P*A)-D(P*T)-R(P*CP*CP*AP*CP*A)-3')
H: DNA/RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*CP*G)-D(P*T)-R(P*A)-D(P*TP*T)-R(P*AP*C)-3')
G: DNA/RNA (5'-R(*G)-D(P*T)-R(P*AP*A)-D(P*T)-R(P*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,90621
ポリマ－179,3636
非ポリマー1,54315
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.140, 157.140, 211.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1751-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 84211.422 Da / 分子数: 2 / 変異: Insertion of His at postion 648 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: he fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues ...詳細: he fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues 1001-1486),he fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues 1001-1486)
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: AMCSP13_000989, parC, SP_0855 / プラスミド: pET29A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: J0V1V8, UniProt: P72525, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 EFHG

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*T)-R(P*G)-D(P*T)-R(P*GP*GP*A)-D(P*T)-3')


分子量: 2168.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pBR322 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖 DNA/RNA (5'-R(P*GP*G)-D(P*TP*T)-R(P*A)-D(P*T)-R(P*CP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3333.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pBR322 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: DNA鎖 DNA/RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*CP*G)-D(P*T)-R(P*A)-D(P*TP*T)-R(P*AP*C)-3')


分子量: 3317.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pBR322 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#5: DNA鎖 DNA/RNA (5'-R(*G)-D(P*T)-R(P*AP*A)-D(P*T)-R(P*AP*C)-3')


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pBR322 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)

-
非ポリマー , 7種, 441分子

#6: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-TE9 / delafloxacin / 1-[6-azanyl-3,5-bis(fluoranyl)pyridin-2-yl]-8-chloranyl-6-fluoranyl-7-(3-oxidanylazetidin-1-yl)-4-oxidanylidene-quinoline-3-carboxylic acid / WQ-3034


分子量: 440.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12ClF3N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.5% Tacsimate, 50 mM Na Cacodylate, 62.5 mM KCl, 7.5 mM MgCl2, 5.5-7.0% Isopropanol. 30% MPD as cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.402→64.862 Å / Num. obs: 60189 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.341 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.349 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.402→2.891 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 2.05 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5142 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.459 / Rrim(I) all: 2.102 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PDB-REDO精密化
DIALSデータスケーリング
xia2データ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.402→64.862 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 23.757 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.101 / ESU R Free: 0.434 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2992 3063 5.104 %
Rwork0.2413 56954 -
all0.244 --
obs-60017 50.895 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.546 Å2-0.273 Å2-0 Å2
2---0.546 Å2-0 Å2
3---1.772 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→64.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11512 732 98 426 12768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01212642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01611549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.66317213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4491.56426964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.14751454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.664592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.89102227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.53410550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.22998
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.211834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.26029
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.26719
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0220.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2380.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2120.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7051.2055803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7041.2055803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.191.8027251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.191.8037252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5351.2096839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5351.2086840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9281.7879955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.9281.7869956
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.35613.96714858
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.35313.96514846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.402-2.4650.57670.4021130.41686570.7790.8541.38620.387
2.465-2.5320.4290.3832810.38484110.9350.8613.44790.38
2.532-2.6050.422300.3645300.36781390.8460.9126.88050.332
2.605-2.6850.407410.3498050.35279720.8790.92110.61210.326
2.685-2.7730.347540.31410670.31677150.9120.93314.53010.281
2.773-2.870.407780.32716040.33174450.9040.9322.59230.292
2.87-2.9780.3911010.30621230.30972100.9060.93930.8460.273
2.978-3.10.391190.29125260.29669500.9140.94538.05760.255
3.1-3.2370.3161830.29335260.29466810.9340.94355.51560.252
3.237-3.3950.3232440.29646130.29763690.9290.94676.260.255
3.395-3.5780.3953060.31856110.32260950.8830.93697.07960.268
3.578-3.7940.3482950.28554000.28857670.9190.94898.75150.243
3.794-4.0550.3222690.25750640.2654350.9320.95898.12330.225
4.055-4.3790.2582600.19947960.20250620.9620.97599.88150.179
4.379-4.7950.2312720.17744010.1846770.9690.98199.91450.165
4.795-5.3570.2642270.18340170.18742470.9630.98199.92940.17
5.357-6.1790.2771880.20135790.20537690.9610.97799.94690.191
6.179-7.550.2711710.18430610.18932320.9590.981000.18
7.55-10.6060.1711480.14923910.1525410.9840.98699.92130.152
10.606-64.8620.26610.20914460.21215070.970.9641000.232
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9570.3499-0.09510.5253-0.01170.4778-0.004-0.0306-0.17860.03940.002-0.2020.07620.20850.00190.0590.02450.00270.0931-0.00590.0874-46.958159.5613-36.2153
20.92920.5303-0.01440.5027-0.00560.30130.0172-0.00110.2246-0.0341-0.00290.0636-0.17460.0417-0.01420.12470.00120.02230.0476-0.0040.0758-53.048767.7406-0.1185
34.2438-2.47740.37337.1638-4.02132.5827-0.1221-0.27570.69380.2590.0125-0.4769-0.16740.12920.10960.1032-0.0545-0.02820.1889-0.05030.1155-36.689669.2553-35.6808
41.28950.6182-0.15580.39620.65715.75370.06440.02160.44-0.0756-0.00120.1828-0.86550.1319-0.06320.17070.0369-0.00890.2160.07680.2803-32.839470.5205-31.2398
51.60.9165-0.72960.6814-0.24030.5489-0.0393-0.305-0.38890.09360.0685-0.43530.16170.4592-0.02910.43460.0943-0.18260.6385-0.13660.4365-36.973275.9153-4.0232
66.2422-2.44313.57846.5008-0.98172.0963-0.14680.23080.2979-0.10420.0328-0.896-0.11950.1770.1140.1098-0.05250.02910.10990.00260.1282-39.666372.5461-0.0678
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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