[日本語] English
万見
- PDB-8qm0: Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qm0
タイトルCrystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein AmiA in complex with Peptide 5
要素
  • ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG
  • Oligopeptide-binding protein AmiA
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Permease / Pneumococcus / AmiA / peptide / substrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / protein transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligopeptide-binding protein AmiA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Bacteria (unknown)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-115331GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Molecular and structural basis of oligopeptide recognition by the Ami transporter system in pneumococci.
著者: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J.L. ...著者: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J.L. / McDaniel, L.S. / Camarasa, M.J. / Volker, U. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oligopeptide-binding protein AmiA
B: Oligopeptide-binding protein AmiA
C: Oligopeptide-binding protein AmiA
D: Oligopeptide-binding protein AmiA
E: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG
F: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG
G: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG
H: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,2278
ポリマ－286,2278
非ポリマー00
水37,2552068
1
A: Oligopeptide-binding protein AmiA
E: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5572
ポリマ－71,5572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
2
B: Oligopeptide-binding protein AmiA
F: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5572
ポリマ－71,5572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
3
C: Oligopeptide-binding protein AmiA
G: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5572
ポリマ－71,5572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
4
D: Oligopeptide-binding protein AmiA
H: ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5572
ポリマ－71,5572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.651, 206.756, 96.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Oligopeptide-binding protein AmiA


分子量: 70394.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: amiA, SP_1891 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18791
#2: タンパク質・ペプチド
ALA-LYS-THR-ILE-LYS-ILE-THR-GLN-THR-ARG


分子量: 1162.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacteria (unknown)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2068 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric Acid and 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→49.173 Å / Num. obs: 213511 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / Num. unique obs: 10351 / CC1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→49.173 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 10605 4.97 %
Rwork0.1565 202715 -
obs0.1586 213320 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.59 Å2 / Biso mean: 27.4344 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→49.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19940 0 0 2068 22008
Biso mean---37.16 -
残基数----2548
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.76-1.780.39033000.3107660295
1.78-1.80090.3433130.2893671097
1.8009-1.82290.30783420.2524664695
1.8229-1.8460.29393610.2313662797
1.846-1.87030.27863600.2193667696
1.8703-1.89590.26263270.2024670796
1.8959-1.9230.26073540.1877667697
1.923-1.95170.23413530.1751669295
1.9517-1.98220.21463580.1655669498
1.9822-2.01470.21853430.1669671996
2.0147-2.04940.23113530.1692670097
2.0494-2.08670.22053600.1683670797
2.0867-2.12680.20383260.1635672897
2.1268-2.17020.2153720.1654675097
2.1702-2.21740.21633700.167672498
2.2174-2.2690.19813570.1547674197
2.269-2.32580.19713280.1529680198
2.3258-2.38860.20883780.1565673497
2.3886-2.45890.2143460.1591681397
2.4589-2.53830.22053670.1576676998
2.5383-2.6290.1973220.1566683898
2.629-2.73430.21743260.1564680498
2.7343-2.85870.19133840.1466683598
2.8587-3.00940.1843740.1474681298
3.0094-3.19790.18593300.1467686099
3.1979-3.44470.18773990.1428683399
3.4447-3.79130.1583690.1315687799
3.7913-4.33960.15663630.1223689399
4.3396-5.46630.16493990.1343687199
5.4663-49.1730.18193710.1663687698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0973-0.48820.08051.2226-0.1420.66680.0530.04540.1093-0.0421-0.0692-0.1436-0.1140.10290.01580.1599-0.01450.01440.16550.01880.12537.0319-32.499145.9441
21.170.0677-0.32810.6817-0.11540.253-0.1210.1393-0.1169-0.0678-0.04330.15340.0816-0.03570.11640.15240.00430.02330.1761-0.01470.17216.6522-55.85542.687
31.2371-0.02-0.43680.68820.11520.789-0.06680.0393-0.2306-0.01870.01860.04330.121-0.01980.04570.1547-0.00110.00340.16660.0090.182214.9985-54.371647.3245
41.1140.11690.09860.96150.04440.68360.02850.1055-0.0023-0.11970.0180.2222-0.0831-0.0558-0.04630.15620.00930.00550.1830.02520.169214.3147-39.864845.1542
50.805-0.0258-0.14070.8974-0.53690.9813-0.1056-0.37130.04280.51760.09620.051-0.14450.0240.0140.33340.04710.02380.2869-0.0220.159232.1927-33.526864.6248
61.4138-0.09520.08381.43070.26440.65760.01770.08030.2191-0.1483-0.06060.085-0.07840.01270.04140.1222-0.0083-0.00950.1271-0.0010.120233.763-27.392691.8432
71.0318-0.01050.18760.8985-0.17841.12840.0791-0.1621-0.18180.04640.0081-0.05350.1872-0.0442-0.07720.1477-0.0202-0.03010.21120.02580.155239.9984-50.2673105.1782
81.17970.0142-0.20390.98540.060.09390.02070.047-0.1559-0.1124-0.06120.14160.0207-0.04850.03910.1343-0.0085-0.00960.1512-0.01580.151414.5373-55.45890.2018
91.5737-0.7833-0.03212.74820.29761.1889-0.0408-0.40310.0030.22030.04480.02480.06910.0378-0.03060.1297-0.03470.00770.2516-0.01390.123215.2697-49.0668105.7694
101.3453-0.2696-0.15470.80780.22490.50630.02940.0066-0.1756-0.0578-0.02590.13120.0924-0.0151-0.01110.145-0.0097-0.02920.1375-0.01710.156912.3264-55.525191.655
111.43740.38120.40780.91160.09350.89420.0142-0.00480.2047-0.1331-0.03650.2295-0.0539-0.05620.02570.1241-0.0058-0.01070.1416-0.01450.193312.2194-39.545493.3581
121.0017-0.08710.26041.0413-0.00230.71580.0063-0.30570.03860.28150.00470.0144-0.0111-0.0783-0.01560.2179-0.02360.02570.2624-0.02610.151130.0156-34.8709113.2159
131.50320.6470.06731.5134-0.01550.54050.0156-0.2031-0.22240.0805-0.0569-0.04930.07710.01580.03560.1430.02330.00890.14870.02760.117260.4471-110.803878.376
141.20830.0224-0.0161.3482-0.34020.9587-0.06840.00590.08950.02550.0359-0.1571-0.09440.05610.03270.1242-0.0158-0.00520.1478-0.01730.115670.1778-90.770768.9971
151.0211-0.02680.24430.8043-0.01560.1401-0.166-0.25540.24760.08030.07340.12-0.0196-0.04780.09010.16660.0516-0.04310.1831-0.06290.183543.0372-80.635878.4589
161.8776-0.06950.5610.95290.20360.784-0.131-0.11880.12350.05850.08260.1258-0.0745-0.03460.02570.1210.02380.00730.1337-0.00670.133240.7278-86.35376.3352
170.9292-0.4429-0.35810.4688-0.01990.55090.0110.0019-0.0334-0.02020.00620.139-0.0772-0.0135-0.00440.13-0.0101-0.03320.1337-0.00130.160944.1954-94.399267.8235
180.2382-0.195-0.04211.3203-0.61041.109-0.03380.08590.0051-0.41980.02370.24550.14720.0250.01010.2527-0.0218-0.03670.1686-0.00070.177758.6324-102.793956.638
191.4357-0.5056-0.08072.1237-0.34370.46290.05780.0804-0.22360.0043-0.07350.19020.03360.06260.00020.13860.013-0.01310.1553-0.02360.133465.0098-104.120725.9764
201.3177-0.17740.45671.1258-0.25820.2451-0.0329-0.05330.05940.1066-0.02840.1556-0.03640.01360.00690.15410.00920.0080.13760.01670.152544.4123-81.146731.3482
211.7698-0.18630.22081.00380.1210.62460.01850.10530.01650.00990.03830.1516-0.0925-0.028-0.05850.1470.00460.01880.14550.02030.145242.9041-82.318526.4309
221.2981-0.8392-0.15151.1577-0.07090.9880.00970.0051-0.42970.11080.03640.43930.1007-0.0676-0.020.1471-0.00180.00540.1540.01910.328842.1439-97.02227.4985
230.9049-0.55790.04220.64650.00520.57420.33160.6182-0.1203-0.4716-0.18990.28180.09760.0387-0.03430.3440.0948-0.11170.3641-0.0590.229259.6875-101.52487.5708
243.2516-1.95022.45192.9281-2.9174.29420.1819-0.3142-0.88840.1034-0.2671-0.19480.2920.25090.05750.332-0.0426-0.06010.28920.06660.440929.8725-48.870748.5224
252.7222-1.30462.46371.8697-2.93464.71080.0697-0.1362-0.504-0.1297-0.10830.19510.37810.25940.11580.2712-0.00070.01830.2569-0.04960.354627.7456-49.147996.2665
263.0811.8671-2.4623.0322-1.32754.8073-0.15840.18020.8230.01150.06710.0082-0.4030.21530.05720.26010.0007-0.05230.2537-0.00550.379756.5369-87.658672.8167
272.6472.0492-2.60923.4075-2.86665.21930.12620.29670.4961-0.0117-0.2179-0.016-0.31050.25220.06040.34850.0399-0.05990.31060.0170.379857.6695-87.602324.8471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 290 )A33 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 291 through 346 )A291 - 346
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 347 through 510 )A347 - 510
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 511 through 601 )A511 - 601
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 602 through 659 )A602 - 659
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 33 through 235 )B33 - 235
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 236 through 290 )B236 - 290
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 291 through 348 )B291 - 348
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 349 through 382 )B349 - 382
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 383 through 510 )B383 - 510
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 511 through 601 )B511 - 601
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 602 through 659 )B602 - 659
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 33 through 204 )C33 - 204
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 205 through 290 )C205 - 290
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 291 through 348 )C291 - 348
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 349 through 561 )C349 - 561
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 562 through 601 )C562 - 601
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 602 through 659 )C602 - 659
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 33 through 290 )D33 - 290
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 291 through 346 )D291 - 346
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 347 through 510 )D347 - 510
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 511 through 601 )D511 - 601
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 602 through 659 )D602 - 659
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1 through 10 )E1 - 10
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 1 through 10 )F1 - 10
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 1 through 10 )G1 - 10
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 1 through 10 )H1 - 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る