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Yorodumi- PDB-8qlg: Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qlg | ||||||
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Title | Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein AliD in closed conformation in complex with Peptide 1 | ||||||
Components |
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Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Permease / Pneumococcus / AliD / peptide / substrate-binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) Prevotella (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2024 Title: Molecular and structural basis of oligopeptide recognition by the Ami transporter system in pneumococci. Authors: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J. ...Authors: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J.L. / McDaniel, L.S. / Camarasa, M.J. / Volker, U. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8qlg.cif.gz | 524.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8qlg.ent.gz | 427.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8qlg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8qlg_validation.pdf.gz | 445.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8qlg_full_validation.pdf.gz | 457 KB | Display | |
Data in XML | 8qlg_validation.xml.gz | 49.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8qlg_validation.cif.gz | 70.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8qlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8qlg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8a42C 8qlcC 8qlhC 8qljC 8qlkC 8qlmC 8qlvC 8qm0C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 70237.375 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Gene: aliD / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: H2BJN6 #2: Protein/peptide | Mass: 673.756 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Prevotella (bacteria) #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 150 mM Zn Acetate, 10% PEG8000, 0.1 M MES pH=6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→46.63 Å / Num. obs: 94495 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 4650 / CC1/2: 0.78 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→45.266 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124 Å2 / Biso mean: 41.3174 Å2 / Biso min: 13.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→45.266 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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