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- PDB-8qlm: Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qlm
タイトルCrystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein AliB in complex with Peptide 3
要素
  • Oligopeptide-binding protein AliB
  • PRO-ILE-VAL-GLY-GLY-HIS-GLU-GLY-ALA-GLY-VAL
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Permease / Pneumococcus / AliB / peptide / substrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligopeptide-binding protein AliB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-115331GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Molecular and structural basis of oligopeptide recognition by the Ami transporter system in pneumococci.
著者: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J.L. ...著者: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J.L. / McDaniel, L.S. / Camarasa, M.J. / Volker, U. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligopeptide-binding protein AliB
B: Oligopeptide-binding protein AliB
C: PRO-ILE-VAL-GLY-GLY-HIS-GLU-GLY-ALA-GLY-VAL
D: PRO-ILE-VAL-GLY-GLY-HIS-GLU-GLY-ALA-GLY-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,0194
ポリマ－142,0194
非ポリマー00
水22,6631258
1
A: Oligopeptide-binding protein AliB
C: PRO-ILE-VAL-GLY-GLY-HIS-GLU-GLY-ALA-GLY-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0102
ポリマ－71,0102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24360 Å2
2
B: Oligopeptide-binding protein AliB
D: PRO-ILE-VAL-GLY-GLY-HIS-GLU-GLY-ALA-GLY-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0102
ポリマ－71,0102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.204, 108.837, 86.643
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Oligopeptide-binding protein AliB


分子量: 70016.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: aliB, spr1382 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A4G1
#2: タンパク質・ペプチド PRO-ILE-VAL-GLY-GLY-HIS-GLU-GLY-ALA-GLY-VAL


分子量: 993.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 8% 2-Propanol and 21% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→47.02 Å / Num. obs: 134554 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.792 / Num. unique obs: 6595 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→47.02 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 6737 5.01 %
Rwork0.1663 127738 -
obs0.1683 134475 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.11 Å2 / Biso mean: 29.3002 Å2 / Biso min: 10.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9970 0 0 1258 11228
Biso mean---37.08 -
残基数----1264
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.66-1.67890.29732170.2573419896
1.6789-1.69860.31122420.2451417696
1.6986-1.71930.2742150.2341418096
1.7193-1.74110.26082180.2238418896
1.7411-1.7640.28072310.2148417796
1.764-1.78820.262530.214420596
1.7882-1.81370.26112360.2064416796
1.8137-1.84080.26952310.1969419497
1.8408-1.86960.24112400.1869416697
1.8696-1.90020.23062230.1808423697
1.9002-1.9330.27592310.1925423597
1.933-1.96810.2352390.1845422297
1.9681-2.0060.22262140.1685428397
2.006-2.04690.23822000.1707423297
2.0469-2.09150.22141920.1693423597
2.0915-2.14010.20472350.1648429397
2.1401-2.19360.18212120.1567420597
2.1936-2.25290.2242300.1648426398
2.2529-2.31920.22592240.1739427798
2.3192-2.39410.23641950.1687428798
2.3941-2.47960.20582210.1696432698
2.4796-2.57890.21282150.1729431398
2.5789-2.69630.19662150.1624427298
2.6963-2.83840.20622260.1648430598
2.8384-3.01620.20192180.1678432399
3.0162-3.24910.20852450.1593433499
3.2491-3.57590.17152120.1481434299
3.5759-4.09310.15312330.1404434799
4.0931-5.15590.16882070.1419438299
5.1559-47.020.19232670.1704437599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6647-0.1215-0.15180.9396-0.35290.5603-0.08430.13920.07-0.10480.05410.03950.0168-0.07120.02220.1459-0.0117-0.02490.12850.00880.13676.079526.863929.5459
20.54560.4275-0.16790.7951-0.56740.6213-0.10810.0287-0.1998-0.0913-0.0789-0.34380.1460.1290.15430.17370.01260.03820.15480.03020.297130.123214.379433.4928
30.7491-0.25050.11481.7755-0.34880.5484-0.0164-0.0501-0.12350.0350.03140.03880.0684-0.0495-0.01490.14620.00240.00880.14030.01590.150110.4941.204449.1027
40.92610.2325-0.04750.9737-0.4980.5566-0.0916-0.08540.09070.166-0.039-0.1682-0.09130.03560.12760.16820.0119-0.04240.1321-0.00610.171221.283424.28445.8317
51.86680.05980.09620.80040.07360.7327-0.0624-0.03120.1835-0.1066-0.06920.1229-0.076-0.06550.11250.15130.012-0.02950.137-0.03530.137132.081628.43271.524
62.12270.81770.27081.45080.07630.31910.1166-0.5246-0.44110.1644-0.1631-0.1220.0746-0.02860.04320.2172-0.01210.00730.29050.09290.171540.03567.013885.9454
70.8480.24050.6830.08160.02072.8093-0.04550.5374-0.7297-0.6647-0.2826-0.83470.99791.10220.26890.50860.1450.19140.44460.00410.683318.47197.773337.5656
80.2246-0.2680.61090.7002-1.15872.1467-0.13220.5568-0.5239-0.6697-0.3762-0.80810.99250.86320.4160.63260.02020.32310.5062-0.05440.675942.29988.137577.2753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 220 )A29 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 221 through 303 )A221 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 304 through 553 )A304 - 553
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 554 through 649 )A554 - 649
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 29 through 242 )B29 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 243 through 649 )B243 - 649
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 11 )C1 - 11
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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