PDB-8qjc: T6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qjc

タイトル

T6SS-linked Rhs repeat protein - Salmonella bongori Rhs-core domain with toxin domain

要素

T6SS-associated Rhs core and toxin domain

キーワード

CELL INVASION / Rhs / T6SS / PAAR-Rhs / toxin cannister / Rhs-repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

Tox-PAAR-like domain / Toxin PAAR-like domain / Domain of unknown function DUF6531 / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / :
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Salmonella bongori N268-08 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.491 Å

データ登録者

Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: T6SS-associated Rhs toxin-encapsulating shells: Structural and bioinformatical insights into bacterial weaponry and self-protection.
著者: Kielkopf, C.S. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Taylor, N.M.I.

履歴

登録	2023年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	8qjaC 8qjbC 8qjdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: T6SS-associated Rhs core and toxin domain

173 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.443, 118.326, 169.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	T6SS-associated Rhs core and toxin domain 分子量: 173154.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella bongori N268-08 (サルモネラ菌) 遺伝子: A464_2174 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: S5MXP0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 ul of protein solution (2.29 g/l) was mixed with 1 ul reservoir solution (0.1 M MES pH 7, 2% ethylene glycol, 7% PEG 8,000). A crystal was flash frozen without additional cryoprotectant.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.491→49.62 Å / Num. obs: 50747 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 24.59 % / B_iso Wilson estimate: 32.35 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.2273 / R_pim(I) all: 0.04691 / R_rim(I) all: 0.2323 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.491→2.58 Å / R_merge(I) obs: 1.079 / Num. unique obs: 4813 / CC_1/2: 0.826 / R_pim(I) all: 0.2233 / R_rim(I) all: 1.103 / % possible all: 95.18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot	0.9.3	モデル構築
BUSTER		精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.491→49.62 Å / SU ML: 0.2899 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 23.2137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	4758	4.99 %
R_work	0.1902	90669	-
obs	0.1921	50701	98.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.491→49.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8535	0	0	555	9090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	8741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5159	11871
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0424	1233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	1577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8103	3220

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.491-2.52	0.3787	143	0.2913	2624	X-RAY DIFFRACTION	83.75
2.52-2.55	0.3015	162	0.2633	3050	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.55-2.58	0.2723	157	0.2507	3007	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.58-2.61	0.3146	164	0.2427	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.61-2.65	0.3136	163	0.2343	3077	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.65-2.68	0.2989	157	0.235	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.68-2.72	0.3098	158	0.2399	3037	X-RAY DIFFRACTION	98.95
2.72-2.76	0.2549	159	0.2411	3060	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.76-2.81	0.3067	160	0.2535	2953	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.81-2.85	0.3132	160	0.2352	3090	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.85-2.9	0.262	152	0.2168	2961	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.9-2.95	0.2712	161	0.2094	3098	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.95-3.01	0.2874	157	0.2079	3072	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.01-3.07	0.2564	161	0.2034	3065	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.07-3.14	0.2535	161	0.2117	3051	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.14-3.21	0.2605	159	0.2137	3043	X-RAY DIFFRACTION	98.92
3.21-3.29	0.2693	162	0.2176	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.29-3.38	0.2438	159	0.1973	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.14
3.38-3.48	0.1997	156	0.1785	2994	X-RAY DIFFRACTION	97.89
3.48-3.59	0.2152	158	0.1706	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.59-3.72	0.1921	160	0.1638	2986	X-RAY DIFFRACTION	98.22
3.72-3.87	0.2367	161	0.1706	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.87-4.05	0.1943	159	0.1677	3071	X-RAY DIFFRACTION	99.14
4.05-4.26	0.1596	158	0.1549	3048	X-RAY DIFFRACTION	98.74
4.26-4.53	0.1618	165	0.1367	3042	X-RAY DIFFRACTION	99.2
4.53-4.87	0.1756	156	0.1354	2984	X-RAY DIFFRACTION	97.42
4.88-5.36	0.1814	160	0.1616	3010	X-RAY DIFFRACTION	97.42
5.37-6.14	0.1924	155	0.1875	3016	X-RAY DIFFRACTION	97.57
6.14-7.73	0.2438	153	0.1972	2985	X-RAY DIFFRACTION	97.09
7.73-49.62	0.1937	162	0.1921	2997	X-RAY DIFFRACTION	97.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.265498289697	0.295071632212	0.186669603784	1.14472981951	-0.282265126342	0.421207321596	0.0442502115733	0.00900856706765	0.108521407898	0.382995669791	-0.0427731075342	0.252451415425	-0.0372996013965	-0.0343133379704	-0.0607458287083	0.310145872715	-0.00404686638203	0.0230312163454	0.261988181081	0.00021437951501	0.295655233568	6.02794582128	11.4525533105	-17.1208571671
2	1.47851123845	-0.458102630856	-0.61088404028	0.328816836035	0.474735674123	0.790718425273	-0.118246104035	-0.183194477297	0.154907184946	0.191632105	0.130831773873	0.00171670719726	-0.0313258380564	-0.0735955955154	0.0586806240633	0.308587537231	0.0318201991827	-0.0106566851032	0.287689550603	0.00130886410326	0.233838734205	2.82318616815	-5.1936236212	-10.2203656934
3	0.681319384174	-0.0320346348042	-0.0355221566432	0.672106464582	0.0926591122931	0.347834669223	0.00332720031543	-0.110203618548	0.00361880213861	0.0498170487749	-0.00657696816996	-0.013212682653	-0.0656614412352	-0.0404414973848	0.00664379171408	0.245596214485	0.00320689895788	-0.0474539781367	0.219221996039	0.0311931659814	0.141316563073	-3.52076097672	11.6461146242	-19.822783578
4	0.351277870446	-0.287630722948	-0.282981680639	1.01935077099	-0.0248031697456	0.399014438913	0.0708428592262	-0.0176379197244	0.0622341306557	-0.124174718875	-0.0520950022582	-0.123177686492	-0.0604502151977	-0.0174131192451	-0.0613464651976	0.271032781514	-0.00413675312585	-0.0413293351111	0.30804036437	0.0055206225894	0.275984331346	0.258833971892	3.72762384899	-48.3400749291
5	0.448887766227	0.00631950865878	0.183211884886	0.457369797493	0.0993394524568	0.273379796855	-0.00468448215433	-0.0255788215581	-0.0205491280923	0.0362239136104	0.0118758663804	0.0910992496381	0.0274035456104	-0.0545821740988	0.00363199345405	0.206707486582	0.00309144943462	0.00284343193332	0.187547729818	0.0190690857151	0.174310521448	-24.6685473737	20.4369491174	-43.812057263
6	0.556195521207	1.11961047086	0.741291547443	2.60697174288	1.63610759027	1.1085513473	0.0183080795461	0.153267801567	-0.0149873173187	-0.374144702537	0.0570084775194	-0.0536011582226	-0.144237345545	0.125838844356	0.0179387398398	0.255796398283	0.0294761808664	0.00239139077696	0.246541747116	-0.00666638900052	0.193089711945	-16.3189611807	20.9786520637	-74.6928052027
7	1.98144656133	-0.108574119393	-0.607272742283	1.15007925925	-0.0813475491097	1.17683349391	-0.0166784674687	0.264587309039	0.0921486903058	-0.193348212749	0.0567745682407	0.197969754181	-0.103147430274	-0.226732735611	-0.0502513240581	0.278167229265	0.00625942946165	-0.0428864402328	0.229006369696	0.0183931402736	0.269745064534	-25.258605793	45.4648642142	-64.1129938831
8	0.306086581676	-0.00623005952277	-0.0881768830033	1.7362860276	0.619713248842	1.11929676628	0.0101135718227	0.0480337409142	0.0143593366287	-0.103079108243	-0.0415466872262	0.152711420089	-0.0709472441976	-0.0895803306492	0.0204782831515	0.191215970015	0.0083735543047	-0.0218862078365	0.24906489503	0.0144653408189	0.246121417085	-34.6744081301	24.9211602424	-58.8250893463

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 360 through 415 )	360 - 415	1 - 56
2	2	chain 'A' and (resid 416 through 487 )	416 - 487	57 - 128
3	3	chain 'A' and (resid 488 through 730 )	488 - 730	129 - 371
4	4	chain 'A' and (resid 731 through 819 )	731 - 819	372 - 460
5	5	chain 'A' and (resid 820 through 1065 )	820 - 1065	461 - 706
6	6	chain 'A' and (resid 1066 through 1132 )	1066 - 1132	707 - 773
7	7	chain 'A' and (resid 1133 through 1229 )	1133 - 1229	774 - 857
8	8	chain 'A' and (resid 1230 through 1420 )	1230 - 1420	858 - 1048

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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