PDB-8qj8: Structure of Mycobacterium abscessus Phosphopantetheine adenylylt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qj8

タイトル

Structure of Mycobacterium abscessus Phosphopantetheine adenylyltransferase in complex with inhibitor

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / CoaD / PPAT / nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.538 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / McCarthy, W.J. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: A Fragment-Based Competitive 19 F LB-NMR Platform For Hotspot-Directed Ligand Profiling.
著者: McCarthy, W.J. / Thomas, S.E. / Olaleye, T. / Boland, J.A. / Floto, R.A. / Williams, G. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G. / Abell, C.

履歴

登録	2023年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qj8.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qj8.ent.gz	82.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qj8_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qj8_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8qj8_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	8qj8_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/8qj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qidC 8qixC 8qiyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.723, 125.993, 118.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-380- HOH
2	1	A-412- HOH
3	1	C-328- HOH

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 17476.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: coaD, MAB_3259c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDL6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-VIW / 3-[3-(3-azanyl-2-cyano-phenyl)indol-1-yl]propanoic acid 分子量: 305.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium bromide, PEG3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.538→65.53 Å / Num. obs: 85408 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.54→1.62 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.888 / Num. measured all: 94451 / Num. unique obs: 12304 / CC_1/2: 0.836 / R_pim(I) all: 0.344 / R_rim(I) all: 0.954 / Net I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.538→43.984 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	4324	5.07 %
R_work	0.2101	-	-
obs	0.2109	85346	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.538→43.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3498	0	69	271	3838

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3630
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.001	4924
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.833	1269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.538-1.555	0.3855	159	0.3647	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.555-1.5733	0.3733	117	0.3388	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.5925	0.3273	131	0.3024	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5925-1.6126	0.309	163	0.2741	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6126-1.6338	0.2894	153	0.2721	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6338-1.6562	0.2911	141	0.2456	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6562-1.6799	0.26	131	0.2519	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6799-1.705	0.3259	135	0.2439	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.705-1.7316	0.2759	139	0.2375	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7316-1.76	0.2711	122	0.2283	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.7903	0.2687	130	0.2364	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7903-1.8229	0.2863	125	0.2341	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8229-1.858	0.2427	150	0.2321	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.858-1.8959	0.2263	137	0.2247	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8959-1.9371	0.2675	125	0.2239	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9371-1.9822	0.2162	137	0.2249	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0317	0.2273	166	0.2283	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0317-2.0867	0.2606	171	0.2259	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0867-2.1481	0.2119	164	0.2179	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1481-2.2174	0.2359	150	0.21	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2174-2.2966	0.2575	139	0.2156	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2966-2.3886	0.2296	167	0.221	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3886-2.4973	0.2435	164	0.2213	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4973-2.6289	0.2474	150	0.2253	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6289-2.7936	0.223	109	0.2231	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7936-3.0093	0.2194	142	0.2164	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0093-3.312	0.1951	156	0.2175	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.312-3.7911	0.2234	153	0.1997	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7911-4.7754	0.182	139	0.1643	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7754-43.984	0.1971	159	0.189	2875	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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