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- PDB-8qj5: Crystal structure of the Levansucrase beta from Pseudomonas syrin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qj5
タイトルCrystal structure of the Levansucrase beta from Pseudomonas syringae pv. actinidiae
要素Glutamate 5-kinase
キーワードTRANSFERASE / beta-propeller / levan / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


levansucrase / levansucrase activity / carbohydrate utilization
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / polyethylene glycol / PHOSPHATE ION / THIOCYANATE ION / Levansucrase Lscbeta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. actinidiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Peritore, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Pseudomonas syringae pv actinidiae Levansucrase Inhibition by a Multivalent Iminosugar.
著者: Cicchi, C. / Pazzagli, L. / Paoli, P. / Campigli, S. / Marchi, G. / Cardona, F. / Clemente, F. / Pavone, S. / Ferraroni, M. / Canovai, A. / Matassini, C. / Luti, S.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate 5-kinase
B: Glutamate 5-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,51416
ポリマ－95,6122
非ポリマー1,90214
水11,512639
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area30670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.610, 100.630, 77.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate 5-kinase / Levansucrase


分子量: 47806.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank Accession code AOE59821.1
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. actinidiae (バクテリア)
遺伝子: KPSA3_07534 / プラスミド: pNIK28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V0R8Q9

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非ポリマー , 7種, 653分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O15
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 100mM sodium thiocianate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→61.4 Å / Num. obs: 109338 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.43 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.89
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.63-1.676.531.0980810.7731.1861
1.67-1.720.87978630.8210.9581
1.72-1.770.70876150.8750.771
1.77-1.820.54874090.9220.5951
1.82-1.880.41371940.9540.4491
1.88-1.950.30569910.9690.3331
1.95-2.020.22467370.9840.2431
2.02-2.110.18265040.9880.1991
2.11-2.20.14261550.9920.1551
2.2-2.310.12159580.9940.1321
2.31-2.430.09956510.9960.1081
2.43-2.580.08653090.9960.0951
2.58-2.760.07450740.9970.0811
2.76-2.980.0646680.9970.0651
2.98-3.260.04943190.9980.0541
3.26-3.650.04139040.9980.0451
3.65-4.210.03534480.9980.0381
4.21-5.160.03129120.9990.0341
5.16-7.30.03322900.9990.0361
7.3-61.40.0312560.9990.0331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.914 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19025 5420 5 %RANDOM
Rwork0.16109 ---
obs0.16256 103851 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.906 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0.03 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6421 0 98 639 7158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0126797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.6449276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7915851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18522.162370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.506151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.471545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0242.0823320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8283.1124152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4872.4193477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.03729.9310475
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.632→1.674 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 403 -
Rwork0.267 7632 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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