PDB-8qkw: Crystal structure of Levansucrase from Pseudomonas syringae in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qkw

タイトル

Crystal structure of Levansucrase from Pseudomonas syringae in complex with a tetravalent iminosugar

要素

Glutamate 5-kinase

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / complex / beta-propeller

機能・相同性

levansucrase / levansucrase activity / Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / carbohydrate utilization / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / : / Levansucrase Lscbeta

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas syringae pv. actinidiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Ferraroni, M. / Canovai, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Levansucrase from Pseudomonas syringae in complex with a tetravalent iminosugar
著者: Ferraroni, M. / Canovai, A. / Luti, S. / Matassini, C. / Cardona, F. / Paoli, P.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qkw.cif.gz	117.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qkw.ent.gz	79.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate 5-kinase

ヘテロ分子

53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate 5-kinase

ヘテロ分子

A: Glutamate 5-kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.090, 63.990, 67.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.496, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-685- HOH
2	1	A-799- HOH
3	1	A-868- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Glutamate 5-kinase / Levansucrase 分子量: 47690.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank accession number AOE59821.1 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. actinidiae (バクテリア) 遺伝子: KPSA3_07534 / プラスミド: pNIK28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V0R8Q9

-
非ポリマー , 6種, 291分子

#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-VXT / 2-(hydroxymethyl)-1-[6-[4-[[3-[[3-[6-[(2~{S},3~{R},4~{S})-2-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)pyrrolidin-1-yl]hexyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]-2,2-bis[[1-[6-[2-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)pyrrolidin-1-yl]hexyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxymethyl]propoxy]methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]hexyl]pyrrolidine-3,4-diol 分子量: 1321.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₁H₁₀₈N₁₆O₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 21 % PEG 8000, 0.25 M sodium acetate, 0.1 M MES pH= 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→66.1 Å / Num. obs: 59642 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.54 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 12.87

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.65-1.69	6.67	0.97	4378	0.741	1.052	1
1.69-1.74		0.758	4232	0.811	0.824	1
1.74-1.79		0.612	4153	0.865	0.668	1
1.79-1.84		0.459	3982	0.922	0.498	1
1.84-1.9		0.328	3951	0.952	0.357	1
1.9-1.97		0.248	3706	0.972	0.27	1
1.97-2.05		0.194	3678	0.983	0.21	1
2.05-2.13		0.155	3556	0.989	0.168	1
2.13-2.22		0.132	3368	0.99	0.143	1
2.22-2.33		0.107	3243	0.992	0.116	1
2.33-2.46		0.099	3126	0.994	0.108	1
2.46-2.61		0.09	2923	0.994	0.097	1
2.61-2.79		0.077	2750	0.996	0.084	1
2.79-3.01		0.071	2569	0.996	0.077	1
3.01-3.3		0.064	2380	0.996	0.07	1
3.3-3.69		0.058	2135	0.996	0.063	1
3.69-4.26		0.054	1941	0.997	0.058	1
4.26-5.21		0.051	1611	0.997	0.056	1
5.21-7.37		0.052	1249	0.997	0.057	1
7.37-66.1		0.051	711	0.997	0.056	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→40.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.562 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	2971	4.982 %	RANDOM
R_work	0.1554	56668	-	-
all	0.157	-	-	-
obs	-	59639	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.614 Å²	0 Å²	-0.358 Å²
2-	-	0.806 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3214	0	95	283	3592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.904	1.67	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.686	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.192	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.273	10	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.758	10	162
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.323	2.15	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.259	3.853	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.994	2.615	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.604	4.575	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.809	24.42	5267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.692	0.254	211	0.26	4157	X-RAY DIFFRACTION	97.8056
1.692-1.738	0.252	243	0.233	3985	X-RAY DIFFRACTION	97.7798
1.738-1.788	0.258	211	0.218	3923	X-RAY DIFFRACTION	98.1715
1.788-1.843	0.207	182	0.187	3806	X-RAY DIFFRACTION	98.1058
1.843-1.904	0.206	201	0.167	3735	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.904-1.97	0.18	196	0.153	3517	X-RAY DIFFRACTION	97.6591
1.97-2.044	0.186	175	0.148	3496	X-RAY DIFFRACTION	98.5503
2.044-2.128	0.178	182	0.146	3374	X-RAY DIFFRACTION	98.8327
2.128-2.222	0.154	154	0.148	3205	X-RAY DIFFRACTION	98.7651
2.222-2.33	0.191	166	0.147	3069	X-RAY DIFFRACTION	99.0205
2.33-2.456	0.184	153	0.146	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.2721
2.456-2.604	0.188	154	0.154	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.0447
2.604-2.783	0.214	152	0.152	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.2457
2.783-3.005	0.181	113	0.15	2456	X-RAY DIFFRACTION	99.0744
3.005-3.29	0.186	126	0.153	2245	X-RAY DIFFRACTION	99.4547
3.29-3.675	0.188	88	0.145	2066	X-RAY DIFFRACTION	99.2169
3.675-4.237	0.148	91	0.128	1837	X-RAY DIFFRACTION	99.6382
4.237-5.175	0.148	78	0.122	1542	X-RAY DIFFRACTION	99.3865
5.175-7.258	0.218	64	0.188	1199	X-RAY DIFFRACTION	99.0588
7.258-40.003	0.202	31	0.201	709	X-RAY DIFFRACTION	98.2736

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