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万見
- PDB-8qj4: Receptor Sd-Amt1 (ON-state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qj4
タイトルReceptor Sd-Amt1 (ON-state)
要素Ammonium transporter
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ammonium receptor / ON-state / Shewanella denitrificans / Sd-Amt1 / diguanylate cyclase / Amt
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium homeostasis / ammonium channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Ammonium transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Andrade, S.L. / Pflueger, T. / Gschell, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)AN-676/3 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK-2202 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: How sensor Amt-like proteins integrate ammonium signals.
著者: Tobias Pflüger / Mathias Gschell / Lin Zhang / Volodymyr Shnitsar / Annas J Zabadné / Paul Zierep / Stefan Günther / Oliver Einsle / Susana L A Andrade /
要旨: Unlike aquaporins or potassium channels, ammonium transporters (Amts) uniquely discriminate ammonium from potassium and water. This feature has certainly contributed to their repurposing as ammonium ...Unlike aquaporins or potassium channels, ammonium transporters (Amts) uniquely discriminate ammonium from potassium and water. This feature has certainly contributed to their repurposing as ammonium receptors during evolution. Here, we describe the ammonium receptor Sd-Amt1, where an Amt module connects to a cytoplasmic diguanylate cyclase transducer module via an HAMP domain. Structures of the protein with and without bound ammonium were determined to 1.7- and 1.9-Ångstrom resolution, depicting the ON and OFF states of the receptor and confirming the presence of a binding site for two ammonium cations that is pivotal for signal perception and receptor activation. The transducer domain was disordered in the crystals, and an AlphaFold2 prediction suggests that the helices linking both domains are flexible. While the sensor domain retains the trimeric fold formed by all Amt family members, the HAMP domains interact as pairs and serve to dimerize the transducer domain upon activation.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ammonium transporter
B: Ammonium transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,88710
ポリマ－141,6732
非ポリマー2148
水7,620423
1
A: Ammonium transporter
ヘテロ分子

A: Ammonium transporter
ヘテロ分子

A: Ammonium transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,83115
ポリマ－212,5103
非ポリマー32112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area35720 Å2
手法PISA
2
B: Ammonium transporter
ヘテロ分子

B: Ammonium transporter
ヘテロ分子

B: Ammonium transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,83115
ポリマ－212,5103
非ポリマー32112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12970 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area35810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.098, 115.098, 275.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-967-

HOH

21A-979-

HOH

31B-973-

HOH

41B-986-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ammonium transporter


分子量: 70836.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
遺伝子: Sden_0766 / プラスミド: pET21a / 詳細 (発現宿主): C-term Hostage / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q12R70
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis/Tris pH 6.5 with 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 137206 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 1.693 / Num. measured all: 57709 / Num. unique obs: 6813 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.614 / Rrim(I) all: 1.803 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Aimlessデータスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.855 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16615 6846 5 %RANDOM
Rwork0.14982 ---
obs0.15063 129004 90.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å2-0 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6102 0 8 423 6533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0116388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.6138709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6161.55713954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9465836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.063524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.18110981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0351.0723296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0341.0723296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1631.9084142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1631.914143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4991.383092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4991.3823093
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9742.4054566
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.78212.087789
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.64111.147683
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 113 -
Rwork0.31 1517 -
obs--14.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2431-0.0060.01140.3636-0.10490.37570.024-0.0291-0.01180.02190.00350.10450.0437-0.1405-0.02750.0178-0.01870.01730.08750.01490.051938.07728.9762-23.9495
20.3133-0.0005-0.09680.29910.07990.29490.0086-0.01320.08920.01560.0054-0.0371-0.11310.0309-0.0140.0748-0.024-0.00380.0183-0.0160.04727.373218.510722.1253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 404
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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