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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qik | |||||||||||||||
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タイトル | CrPhotLOV1 light state structure 32.5 ms (30-35 ms) after illumination determined by time-resolved serial synchrotron crystallography at room temperature | |||||||||||||||
![]() | Phototropin | |||||||||||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / PHOTOTROPIN / FLAVIN / ELECTRON TRANSPORT | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() blue light signaling pathway / blue light photoreceptor activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Gotthard, G. / Mous, S. / Weinert, T. / Maia, R.N.A. / James, D. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Antonia, F. / Wang, M. / Panepucci, E. ...Gotthard, G. / Mous, S. / Weinert, T. / Maia, R.N.A. / James, D. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Antonia, F. / Wang, M. / Panepucci, E. / Ozerov, D. / Schertler, G.F.X. / Heberle, J. / Standfuss, J. / Nogly, P. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Capturing the blue-light activated state of the Phot-LOV1 domain from Chlamydomonas reinhardtii using time-resolved serial synchrotron crystallography 著者: Gotthard, G. / Mous, S. / Weinert, T. / Maia, R.N.A. / James, D. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Furrer, A. / Wang, M. / Panepuucci, E. / Ozerov, D. / Schertler, G.F.X. / Heberle, J. / Standfuss, J. / Nogly, P. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 744.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 745.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qi8C ![]() 8qi9C ![]() 8qiaC ![]() 8qibC ![]() 8qifC ![]() 8qigC ![]() 8qihC ![]() 8qiiC ![]() 8qilC ![]() 8qimC ![]() 8qinC ![]() 8qioC ![]() 8qipC ![]() 8qiqC ![]() 8qirC ![]() 8qisC ![]() 8qitC ![]() 8qiuC ![]() 8qivC ![]() 8qiwC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15338.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PHOT, CHLRE_03g199000v5, CHLREDRAFT_183965 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8LPD9, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: 100 mM sodium cacodylate at pH 6.5 and 1.0 M sodium citrate dibasic trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→104.84 Å / Num. obs: 8744 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 417.29 % / Biso Wilson estimate: 34.73 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 1 / R split: 0.1342 / Net I/σ(I): 6.49 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 237.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 849 / CC1/2: 0.33 / CC star: 0.7 / R split: 1.2986 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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