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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qij | ||||||
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タイトル | Crystallographic Structure of a Salicylate Synthase from M. abscessus (Mab-SaS) | ||||||
要素 | Putative anthranilate synthase component I TrpE2/ Salicylate synthase MbtIアントラニル酸シンターゼ | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Synthase / Siderophore (シデロホア) / Iron Acquisition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacteroides abscessus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.073 Å | ||||||
データ登録者 | Cassetta, A. / Covaceuszach, S. / Tomaiuolo, M. / Meneghetti, F. / Villa, S. / Mori, M. / Chiarelli, L.R. / Mangiatordi, G.F. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Structural basis for specific inhibition of salicylate synthase from Mycobacterium abscessus. 著者: Mori, M. / Cocorullo, M. / Tresoldi, A. / Cazzaniga, G. / Gelain, A. / Stelitano, G. / Chiarelli, L.R. / Tomaiuolo, M. / Delre, P. / Mangiatordi, G.F. / Garofalo, M. / Cassetta, A. / ...著者: Mori, M. / Cocorullo, M. / Tresoldi, A. / Cazzaniga, G. / Gelain, A. / Stelitano, G. / Chiarelli, L.R. / Tomaiuolo, M. / Delre, P. / Mangiatordi, G.F. / Garofalo, M. / Cassetta, A. / Covaceuszach, S. / Villa, S. / Meneghetti, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qij.cif.gz | 336.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qij.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8qij.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/8qij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/8qij | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 48810.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 1-15 and 453 are missing in the crystallographic model due to the lack of electron density. 由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: MAB_2245 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MAQ5 |
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-非ポリマー , 5種, 359分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % / 解説: Thin rods |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23-27% PEG 3350, 0.15-0.25M ammonium sulphate, 0.1M BIS-TRIS (pH 5.5) PH範囲: 5.4-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月20日 / 詳細: Pt-coated cylindrical mirror |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→56.1 Å / Num. obs: 56395 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.073→2.109 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.281 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2794 / CC1/2: 0.818 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 1.34 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.073→56.054 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.283 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.1967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.073→56.054 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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