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- PDB-8qij: Crystallographic Structure of a Salicylate Synthase from M. absce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qij
タイトルCrystallographic Structure of a Salicylate Synthase from M. abscessus (Mab-SaS)
要素Putative anthranilate synthase component I TrpE2/ Salicylate synthase MbtI
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Synthase / Siderophore / Iron Acquisition
機能・相同性
機能・相同性情報


oxo-acid-lyase activity / isochorismate synthase activity / biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Anthranilate synthase component I TrpE2/ Salicylate synthase MbtI
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.073 Å
データ登録者Cassetta, A. / Covaceuszach, S. / Tomaiuolo, M. / Meneghetti, F. / Villa, S. / Mori, M. / Chiarelli, L.R. / Mangiatordi, G.F.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Fondazione Ricerca Fibrosi CisticaFFC#5/2022 イタリア
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for specific inhibition of salicylate synthase from Mycobacterium abscessus.
著者: Mori, M. / Cocorullo, M. / Tresoldi, A. / Cazzaniga, G. / Gelain, A. / Stelitano, G. / Chiarelli, L.R. / Tomaiuolo, M. / Delre, P. / Mangiatordi, G.F. / Garofalo, M. / Cassetta, A. / ...著者: Mori, M. / Cocorullo, M. / Tresoldi, A. / Cazzaniga, G. / Gelain, A. / Stelitano, G. / Chiarelli, L.R. / Tomaiuolo, M. / Delre, P. / Mangiatordi, G.F. / Garofalo, M. / Cassetta, A. / Covaceuszach, S. / Villa, S. / Meneghetti, F.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative anthranilate synthase component I TrpE2/ Salicylate synthase MbtI
C: Putative anthranilate synthase component I TrpE2/ Salicylate synthase MbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,20818
ポリマ－97,6212
非ポリマー1,58716
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area32030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)94.340, 94.760, 102.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Putative anthranilate synthase component I TrpE2/ Salicylate synthase MbtI


分子量: 48810.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-15 and 453 are missing in the crystallographic model due to the lack of electron density.
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
遺伝子: MAB_2245 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MAQ5

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非ポリマー , 5種, 359分子

#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % / 解説: Thin rods
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23-27% PEG 3350, 0.15-0.25M ammonium sulphate, 0.1M BIS-TRIS (pH 5.5)
PH範囲: 5.4-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月20日 / 詳細: Pt-coated cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→56.1 Å / Num. obs: 56395 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.073→2.109 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.281 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2794 / CC1/2: 0.818 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 1.34 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
autoPROC1.0.5 (20220608)データ削減
autoPROC1.0.5 (20220608)データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.073→56.054 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.283 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.1967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 2677 4.747 %
Rwork0.1769 53717 -
all0.179 --
obs-56394 99.963 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.933 Å20 Å2-0 Å2
2---2.589 Å20 Å2
3---0.656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.073→56.054 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6636 0 91 343 7070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0126851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.6519316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4091.57214709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9285872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.81572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.157101061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.34810311
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.25846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.23709
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1490.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.140.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1130.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2263.2823490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2233.2813489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4785.8874357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4815.8894358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9693.7173361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9363.6973322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7586.6554958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7216.6184899
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.58532.9617711
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.5432.8817632
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.073-2.1270.2661860.25639140.25641030.9430.94899.92690.239
2.127-2.1850.2822080.23538330.23740420.9330.95799.97530.215
2.185-2.2480.2621830.22137130.22338970.9520.96399.97430.199
2.248-2.3170.2461850.21335880.21537730.9590.9681000.189
2.317-2.3930.2641780.20434920.20736700.9540.9711000.179
2.393-2.4770.2511840.19834050.20135900.9650.97499.97210.17
2.477-2.570.251570.18132680.18434250.9620.981000.155
2.57-2.6750.2281580.18831750.1933330.9680.9781000.161
2.675-2.7930.2251200.17630680.17831890.9670.98299.96860.15
2.793-2.9290.2481360.18828950.19130320.9650.97999.9670.162
2.929-3.0870.2361530.18627610.18929140.9640.9791000.163
3.087-3.2740.2481180.17926430.18127610.9590.981000.162
3.274-3.4990.2231400.17424740.17726140.9710.9831000.161
3.499-3.7780.2281130.16523200.16824330.9740.9851000.156
3.778-4.1370.187860.14921490.1522360.9780.98799.95530.144
4.137-4.6220.1531190.12719190.12920380.9870.9911000.13
4.622-5.3310.1711220.14716990.14818220.9820.98999.94510.151
5.331-6.5150.198570.19514980.19515550.9770.9831000.195
6.515-9.1510.198480.14211830.14412320.9820.98999.91880.151
9.151-56.0540.115260.177200.1687530.990.98399.07040.189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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