[日本語] English
万見
- PDB-8qic: Structure-based identification of salicylic acid derivatives as m... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qic
タイトルStructure-based identification of salicylic acid derivatives as malarial threonyl tRNA-synthetase inhibitors
要素Threonine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / threonyl tRNA-synthetase / malaria / Plasmodium falciparum / salicylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / TGS-like ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Beta-grasp domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O8 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rodriguez, J.A. / Parisini, E.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Regional Development Fund1.1.1.1/19/A/019European Union
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2024
タイトル: Structure-based identification of salicylic acid derivatives as malarial threonyl tRNA-synthetase inhibitors.
著者: Bobrovs, R. / Bolsakova, J. / Buitrago, J.A.R. / Varaceva, L. / Skvorcova, M. / Kanepe, I. / Rudnickiha, A. / Parisini, E. / Jirgensons, A.
履歴
登録2023年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Threonine--tRNA ligase
D: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,40210
ポリマ－93,1362
非ポリマー1,2668
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.780, 110.500, 113.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Threonine--tRNA ligase


分子量: 46567.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O8 (大腸菌) / 遺伝子: thrS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7M1C7
#2: 化合物 ChemComp-VL0 / 2-oxidanyl-5-[[4-(phenylmethyl)phenyl]sulfamoyl]benzoic acid


分子量: 383.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17NO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.9
詳細: 10% (w/v) PEG 4000, 18% (v/v) MPD, and 0.1 M sodium citrate pH 5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→79.34 Å / Num. obs: 47446 / % possible obs: 72.64 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.085→2.139 Å / Num. unique obs: 47446 / CC1/2: 0.996

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
DIALSV1.0データ削減
xia2V1.0データスケーリング
PHASERV1.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→79.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 17.512 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23312 1932 5.2 %RANDOM
Rwork0.19493 ---
obs0.1969 35571 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.614 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→79.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6532 0 80 47 6659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0166752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.7979090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.461.56614520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9585.35858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.102206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.304101220
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4281.8033198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4161.8043198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6953.2373994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6963.2393995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2752.3123554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2742.3143555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3254.0185097
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.80717.867420
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.80617.867418
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 159 -
Rwork0.283 2509 -
obs--96.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9773-0.18640.62991.14190.0411.1321-0.0436-0.12820.07470.1656-0.0201-0.0888-0.0683-0.02220.06370.18050.010.01460.02860.00060.0178-22.13-21.42226.839
21.4041-0.0365-0.56720.6792-0.03211.0330.0297-0.01-0.08420.0988-0.0279-0.010.10620.0661-0.00180.1784-0.0112-0.02910.0316-0.00450.0107-16.614-44.91822.945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D2 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2A2 - 401

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る