PDB-8qhq: Crystal structure of human DNPH1 bound to hmdUMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qhq

タイトル

Crystal structure of human DNPH1 bound to hmdUMP

要素

2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / DNPH1 N-glycosidase hmdUMP

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleotide catabolic process / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / Purine catabolism / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Rzechorzek, N.J. / West, S.C.

資金援助

英国, European Union,

スイス, 6件

組織	認可番号	国
The Francis Crick Institute		英国
Cancer Research UK	CC2098	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	CC2098	英国
Wellcome Trust	CC2098	英国
European Research Council (ERC)	ERC-ADG-666400	European Union
Louis-Jeantet Foundation		スイス

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of substrate hydrolysis by the human nucleotide pool sanitiser DNPH1.
著者: Rzechorzek, N.J. / Kunzelmann, S. / Purkiss, A.G. / Silva Dos Santos, M. / MacRae, J.I. / Taylor, I.A. / Fugger, K. / West, S.C.

履歴

登録	2023年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qhq.cif.gz	618.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qhq.ent.gz	427.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qhrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

B: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

C: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

D: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

E: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

F: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

ヘテロ分子

101 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

B: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

D: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

ヘテロ分子

F: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.648, 67.126, 120.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 / c-Myc-responsive protein RCL 分子量: 16337.365 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNPH1, C6orf108, RCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O43598, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-5HU / 5-HYDROXYMETHYLURIDINE-2'-DEOXY-5'-MONOPHOSPHATE / 5-(ヒドロキシメチル)-2′-デオキシウリジン5′-りん酸タイプ: DNA linking / 分子量: 338.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.775→59.212 Å / Num. obs: 80370 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.775→1.806 Å / Num. unique obs: 3316 / CC_1/2: 0.3981

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC	1.0.5	data processing
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
pointless	1.12.8	データスケーリング
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→55.85 Å / SU ML: 0.2371 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5168
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	3817	4.78 %
R_work	0.2056	75985	-
obs	0.2066	79802	92.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→55.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6591	0	164	498	7253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	7138
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.56	9672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	1287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9387	1077

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8	0.4291	120	0.3884	2147	X-RAY DIFFRACTION	72.2
1.8-1.82	0.3853	129	0.3724	2377	X-RAY DIFFRACTION	78.09
1.82-1.85	0.3095	135	0.3506	2523	X-RAY DIFFRACTION	85.58
1.85-1.87	0.3629	133	0.3379	2799	X-RAY DIFFRACTION	92.03
1.87-1.9	0.3394	151	0.3202	2891	X-RAY DIFFRACTION	95.96
1.9-1.93	0.3399	137	0.3081	2968	X-RAY DIFFRACTION	98.48
1.93-1.96	0.3304	160	0.2872	2986	X-RAY DIFFRACTION	98.31
1.96-2	0.3166	148	0.2738	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2-2.03	0.2766	168	0.264	3012	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.03-2.05	0.3084	56	0.2795	1427	X-RAY DIFFRACTION	88.96
2.07-2.11	0.2385	128	0.2581	2739	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.11-2.16	0.2795	134	0.2398	3025	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.16-2.21	0.2595	118	0.2357	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.21-2.27	0.383	74	0.2632	1683	X-RAY DIFFRACTION	54.84
2.27-2.33	0.226	162	0.2166	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.33-2.39	0.2345	152	0.2113	3030	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.39-2.47	0.2417	152	0.2039	3021	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.47-2.56	0.224	150	0.2081	3013	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.56-2.66	0.2502	153	0.2078	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.66-2.78	0.2599	127	0.2067	3040	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.78-2.93	0.241	147	0.1974	3069	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.93-3.11	0.2008	165	0.1932	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.11-3.35	0.2045	154	0.1852	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.36-3.69	0.1773	174	0.1731	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.69-4.23	0.1881	153	0.1534	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-5.32	0.1782	171	0.1523	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.91
5.33-55.85	0.1949	166	0.2041	3100	X-RAY DIFFRACTION	98.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.23173936548	0.329664903246	1.08813848433	0.716939125915	0.243406239713	1.57215368995	0.0358424874689	0.496293409476	0.38808702093	-0.0908165050193	-0.0109945312489	-0.114156037806	-0.126350890831	0.041644023984	-0.0345632058819	0.209512973291	0.0018947360004	0.00626746851244	0.301533287607	0.0458907175253	0.478271539249	26.6998918646	9.59741084175	35.26957545
2	0.114640737705	0.0179482679174	0.099035019014	0.421941515616	0.381590687785	0.400877842847	0.024338892893	0.203121819071	0.655894032619	-0.56119019326	-0.318167179142	0.211612113567	0.158540990213	-0.214013759999	0.0621159980585	0.39785621717	0.113779869991	0.182759966946	0.628717392324	0.265472682234	0.720074622186	15.9552164369	14.4669380607	25.255801087
3	1.96340549449	0.0140905902714	-0.0942469920763	0.753192185265	0.0887236197664	0.795915679249	-0.0212859037316	0.322813850579	-0.0714481388438	-0.059432194707	0.0764956331111	-0.135487070447	0.0934349172163	0.019246429502	-0.0305152514508	0.227221091821	0.00260935482801	0.00299127174569	0.33712495138	-0.0420886114626	0.51319218531	17.6093909094	1.27814396356	35.9994706448
4	2.26871911557	0.306251676189	-0.462436745046	1.10151113178	0.663872351337	2.16119235024	-0.048814479297	-0.327896482438	-0.168516804119	0.203261485822	0.0522631328647	-0.405560675814	0.122722474573	0.298389437796	-0.0114849199792	0.183784322542	0.0244257116899	-0.0282287392912	0.301649002126	0.0128517538295	0.412402376673	19.0633257166	7.37498302625	48.6407184566
5	1.84061492158	-0.27884722402	-0.660551799595	0.740659629575	-0.218657337011	1.34281945199	0.0573240311769	-0.375875103866	0.575222849273	0.145952387579	-0.0658308502199	-0.193953113164	-0.0230188380804	0.0641818218789	0.0593392086937	0.232452879615	-0.0113326215931	-0.011827819344	0.357716073165	-0.083754960202	0.548687359481	30.0163754523	9.89262992753	48.455921096
6	2.00734395665	-0.43468101881	0.30934982448	0.699834041555	0.599022805042	1.40142271238	0.0854317339112	-0.222930827672	-0.097854969196	0.170615357319	-0.0896819824532	0.150269065836	0.144063927571	-0.0784990578888	0.0135954047949	0.192981158703	0.0116846762692	0.00890772461672	0.237995358665	0.0393882173755	0.383294349993	-6.06575533914	3.71942596216	47.0527280428
7	2.16732224455	-0.644109780766	0.411202097092	2.02539607994	-0.308726612754	2.3928305907	-0.20503312577	-0.864581326806	0.514727872401	0.286650148203	0.0923650993434	0.325544530152	-0.398910712003	-0.0854595566907	0.0190891266219	0.328831941194	0.0343972307957	0.0102377374794	0.473778266544	-0.075624146301	0.551553478971	3.82455177355	12.6043108693	56.7926098784
8	1.96194457041	0.0436331375224	0.734037185251	1.79079333461	1.34614121345	2.48933588764	0.0184040804126	-0.259137560763	-0.494180605525	0.148469818475	0.0847207207028	-0.0949247211309	0.311614262258	0.217171401784	-0.0706949608849	0.255976498274	0.00529105372326	0.00504872401378	0.339164326659	0.0944437306051	0.490428734058	6.59387962999	-3.42829494952	53.8235210205
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 58 )	A	A	18 - 58	1 - 41
2	2	chain 'A' and (resid 59 through 72 )	A	A	59 - 72	42 - 53
3	3	chain 'A' and (resid 73 through 110 )	A	A	73 - 110	54 - 91
4	4	chain 'A' and (resid 111 through 139 )	A	A	111 - 139	92 - 120
5	5	chain 'A' and (resid 140 through 162 )	A	A	140 - 162	121 - 143
6	6	chain 'B' and (resid 19 through 58 )	B	B	19 - 58	1 - 40
7	7	chain 'B' and (resid 59 through 73 )	B	B	59 - 73	41 - 55
8	8	chain 'B' and (resid 74 through 86 )	B	B	74 - 86	56 - 68
9	9	chain 'B' and (resid 87 through 110 )	B	B	87 - 110	69 - 92
10	10	chain 'B' and (resid 111 through 146 )	B	B	111 - 146	93 - 128
11	11	chain 'B' and (resid 147 through 161 )	B	B	147 - 161	129 - 143
12	12	chain 'C' and (resid 18 through 58 )	C	C	18 - 58	1 - 41
13	13	chain 'C' and (resid 59 through 162 )	C	C	59 - 162	42 - 143
14	14	chain 'D' and (resid 20 through 58 )	D	D	20 - 58	1 - 39
15	15	chain 'D' and (resid 59 through 73 )	D	D	59 - 73	40 - 54
16	16	chain 'D' and (resid 74 through 128 )	D	D	74 - 128	55 - 109
17	17	chain 'D' and (resid 129 through 139 )	D	D	129 - 139	110 - 120
18	18	chain 'D' and (resid 140 through 159 )	D	D	140 - 159	121 - 140
19	19	chain 'E' and (resid 20 through 35 )	E	E	20 - 35	1 - 16
20	20	chain 'E' and (resid 36 through 71 )	E	E	36 - 71	17 - 43
21	21	chain 'E' and (resid 72 through 119 )	E	E	72 - 119	44 - 91
22	22	chain 'E' and (resid 120 through 146 )	E	E	120 - 146	92 - 118
23	23	chain 'E' and (resid 147 through 160 )	E	E	147 - 160	119 - 132
24	24	chain 'F' and (resid 20 through 35 )	F	F	20 - 35	1 - 16
25	25	chain 'F' and (resid 36 through 48 )	F	F	36 - 48	17 - 29
26	26	chain 'F' and (resid 49 through 71 )	F	F	49 - 71	30 - 43
27	27	chain 'F' and (resid 72 through 86 )	F	F	72 - 86	44 - 58
28	28	chain 'F' and (resid 87 through 110 )	F	F	87 - 110	59 - 82
29	29	chain 'F' and (resid 111 through 146 )	F	F	111 - 146	83 - 118
30	30	chain 'F' and (resid 147 through 160 )	F	F	147 - 160	119 - 132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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