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- PDB-8qhl: Human Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qhl
タイトルHuman Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with the lactotripeptide VPP
要素
  • Angiotensin-converting enzyme
  • VAL-PRO-PRO
キーワードHYDROLASE / Angiotensin-I converting enzyme / Zinc-dependent endopeptidase / di-peptidyl carboxxypeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / tripeptidyl-peptidase activity / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / tripeptidyl-peptidase activity / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / response to laminar fluid shear stress / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / positive regulation of systemic arterial blood pressure / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of glucose import / vasoconstriction / hormone metabolic process / neutrophil mediated immunity / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of neurogenesis / arachidonic acid secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / heterocyclic compound binding / lung alveolus development / heart contraction / peptide catabolic process / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / hematopoietic stem cell differentiation / blood vessel remodeling / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process / animal organ regeneration / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient levels / basal plasma membrane / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / female pregnancy / cellular response to glucose stimulus / brush border membrane / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity / male gonad development / peptidase activity / actin binding / spermatogenesis / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / lysosome / calmodulin binding / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gregory, K.S. / Cozier, G.E. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X001032/1 英国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the inhibitory mechanism of angiotensin-I-converting enzyme by the lactotripeptides IPP and VPP.
著者: Gregory, K.S. / Cozier, G.E. / Schwager, S.L.U. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Angiotensin-converting enzyme
D: VAL-PRO-PRO
A: Angiotensin-converting enzyme
C: VAL-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,67729
ポリマ－145,6094
非ポリマー5,06825
水7,999444
1
B: Angiotensin-converting enzyme
D: VAL-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,21714
ポリマ－72,8052
非ポリマー2,41212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24670 Å2
2
A: Angiotensin-converting enzyme
C: VAL-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,46115
ポリマ－72,8052
非ポリマー2,65613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.337, 78.222, 83.011
Angle α, β, γ (deg.)88.750, 64.703, 75.248
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BADC

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme / ACE / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II


分子量: 72493.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, peptidyl-dipeptidase A
#2: タンパク質・ペプチド VAL-PRO-PRO


分子量: 311.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)

-
糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 10種, 463分子

#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#13: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#15: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 550 MME/PEG 20000, 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, and 60 mM divalent cations (molecular dimensions screen, Morpheus A9)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→75.27 Å / Num. obs: 123919 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 6083 / CC1/2: 0.357 / Rpim(I) all: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→75.268 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 10.056 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 6246 5.041 %RANDOM
Rwork0.1883 117664 --
all0.191 ---
obs-123910 97.891 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 41.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.526 Å20.365 Å20.145 Å2
2---0.333 Å20.702 Å2
3---0.606 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→75.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9914 0 326 445 10685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01210623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0581.66914450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.97451224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.413565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.249101611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.31110530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.028408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.24329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.27109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2110.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1240.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6662.2744890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5644.0766116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2812.7515733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9914.8728334
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.40925.62915450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.9-1.9490.3534450.33786210.33893920.9120.91796.5290.344
1.949-2.0030.3484280.32384370.32591300.9150.92697.09750.33
2.003-2.0610.3194020.29382350.29488750.9310.9497.31830.296
2.061-2.1240.2964330.26679220.26885850.9410.95197.32090.267
2.124-2.1940.2783930.24577220.24683320.950.9697.39560.242
2.194-2.2710.2753900.23275240.23481020.9510.96597.67960.224
2.271-2.3560.2573660.21972420.22177990.9570.96997.5510.212
2.356-2.4520.2613730.21169700.21375080.9560.97297.80230.202
2.452-2.5610.2753440.19966740.20371690.9520.97697.89370.189
2.561-2.6860.2673440.19164030.19568800.960.97898.06690.181
2.686-2.8310.2473530.18960560.19265170.9610.97998.34280.178
2.831-3.0030.2563170.18857860.19162000.9620.9898.43550.177
3.003-3.210.2292820.18754620.18958160.9670.9898.7620.176
3.21-3.4660.2322960.18350290.18553840.9690.98298.90420.174
3.466-3.7960.2082720.16946650.17149870.9740.98598.99740.162
3.796-4.2430.1782370.13241990.13444840.9850.99198.92950.124
4.243-4.8970.1611900.12637810.12840050.9860.99199.15110.118
4.897-5.9910.1931770.14331410.14633470.9810.98999.13360.137
5.991-8.4460.2241340.17824310.1825860.9760.98799.18790.17
8.446-75.2680.203700.17813640.17914370.980.98299.79120.159
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1728-0.19430.17091.41680.26880.70150.09030.0931-0.0735-0.095-0.03020.0290.00180.0089-0.06010.07230.05340.03130.04150.02290.03372.0098-15.0044-18.7805
20.8359-0.2249-0.09251.27660.29361.7948-0.0232-0.1222-0.01330.15580.00850.10020.029-0.09580.01480.09090.02480.06010.03750.00140.0863-1.482315.242318.9019
300000000000000-00.1471000.147100.1471000
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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