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- PDB-8qfy: Crystal structure of high affinity TCR in complex with pHLA harbo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qfy
タイトルCrystal structure of high affinity TCR in complex with pHLA harbouring bacterial peptide
要素
  • (T-cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
  • Peptide from inhA
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / HLA-E
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation ...positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of interleukin-4 production / MHC class I protein binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Pengelly, R.J. / Robinson, R.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: An HLA-E-targeted TCR bispecific molecule redirects T cell immunity against Mycobacterium tuberculosis.
著者: Paterson, R.L. / La Manna, M.P. / Arena De Souza, V. / Walker, A. / Gibbs-Howe, D. / Kulkarni, R. / Fergusson, J.R. / Mulakkal, N.C. / Monteiro, M. / Bunjobpol, W. / Dembek, M. / Martin- ...著者: Paterson, R.L. / La Manna, M.P. / Arena De Souza, V. / Walker, A. / Gibbs-Howe, D. / Kulkarni, R. / Fergusson, J.R. / Mulakkal, N.C. / Monteiro, M. / Bunjobpol, W. / Dembek, M. / Martin-Urdiroz, M. / Grant, T. / Barber, C. / Garay-Baquero, D.J. / Tezera, L.B. / Lowne, D. / Britton-Rivet, C. / Pengelly, R. / Chepisiuk, N. / Singh, P.K. / Woon, A.P. / Powlesland, A.S. / McCully, M.L. / Caccamo, N. / Salio, M. / Badami, G.D. / Dorrell, L. / Knox, A. / Robinson, R. / Elkington, P. / Dieli, F. / Lepore, M. / Leonard, S. / Godinho, L.F.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
BBB: Beta-2-microglobulin
CCC: Peptide from inhA
DDD: T-cell receptor alpha chain
EEE: T-cell receptor beta chain
FFF: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
GGG: Beta-2-microglobulin
HHH: Peptide from inhA
III: T-cell receptor alpha chain
JJJ: T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,03212
ポリマ－188,91310
非ポリマー1182
水5,062281
1
AAA: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
BBB: Beta-2-microglobulin
CCC: Peptide from inhA
DDD: T-cell receptor alpha chain
EEE: T-cell receptor beta chain


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 94.5 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4575
ポリマ－94,4575
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
FFF: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
GGG: Beta-2-microglobulin
HHH: Peptide from inhA
III: T-cell receptor alpha chain
JJJ: T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 94.6 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5757
ポリマ－94,4575
非ポリマー1182
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)326.828, 79.879, 104.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.894, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21FFF
32BBB
42GGG
53DDD
63III
74EEE
84JJJ

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYTHRTHRAAAA1 - 2711 - 271
221GLYGLYTHRTHRFFFF1 - 2711 - 271
332METMETMETMETBBBB0 - 991 - 100
442METMETMETMETGGGG0 - 991 - 100
553LYSLYSASNASNDDDD3 - 1893 - 189
663LYSLYSASNASNIIII3 - 1893 - 189
774THRTHRASPASPEEEE3 - 2433 - 243
884THRTHRASPASPJJJJ3 - 2433 - 243

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAAFFFBBBGGG

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / MHC class I antigen E


分子量: 31824.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-E, HLA-6.2, HLAE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13747
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CCCHHH

#3: タンパク質・ペプチド Peptide from inhA


分子量: 980.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

-
T-cell receptor ... , 2種, 4分子 DDDIIIEEEJJJ

#4: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 22079.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 T-cell receptor beta chain


分子量: 27693.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 283分子

#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→82.9 Å / Num. obs: 114168 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.33→2.37 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 3.209 / Num. unique obs: 5720 / CC1/2: 0.34 / Rrim(I) all: 3.521 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALS3.1.2データ削減
DIALS3.1.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GH1, 4WW2

6gh1

4ww2


解像度: 2.33→82.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.253 / WRfactor Rwork: 0.206 / SU B: 15.989 / SU ML: 0.323 / Average fsc free: 0.6939 / Average fsc work: 0.7064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2886 5685 4.981 %
Rwork0.2425 108459 -
all0.245 --
obs-114144 99.947 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 74.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.741 Å20 Å2-2.502 Å2
2--6.869 Å20 Å2
3----3.423 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→82.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12837 0 8 281 13126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01313218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.65217946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1531.58327379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37751586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.32421.828793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.572152164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.08915107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.210749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.25908
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.26500
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1340.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2860.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2080.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6497.8146367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.657.8136365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.54511.7037938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.54411.7047939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2728.2176851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2718.2176852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.32212.17210006
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.32212.17210007
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.21386.12213827
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.21386.12513828
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0820.057792
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0350.053056
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0910.055476
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0660.057526
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081750.05009
12FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081750.05009
23BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.034560.0501
24GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.034560.0501
35DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090930.0501
36IIIX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090930.0501
47EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.066070.05009
48JJJX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.066070.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.390.4334000.4347969X-RAY DIFFRACTION99.5835
2.39-2.4550.414210.4057744X-RAY DIFFRACTION100
2.455-2.5270.4153840.3957597X-RAY DIFFRACTION99.9875
2.527-2.6040.4053980.3827337X-RAY DIFFRACTION99.9225
2.604-2.690.4063540.387136X-RAY DIFFRACTION99.96
2.69-2.7840.3883760.3566859X-RAY DIFFRACTION99.9171
2.784-2.8890.343500.3226670X-RAY DIFFRACTION99.9715
2.889-3.0070.3113120.2986438X-RAY DIFFRACTION99.9704
3.007-3.1410.3233400.2676128X-RAY DIFFRACTION99.9845
3.141-3.2940.2633310.2385862X-RAY DIFFRACTION100
3.294-3.4720.2843290.2375601X-RAY DIFFRACTION99.9831
3.472-3.6830.2982680.2325266X-RAY DIFFRACTION100
3.683-3.9370.2732700.2194981X-RAY DIFFRACTION100
3.937-4.2520.2532280.1944687X-RAY DIFFRACTION99.9797
4.252-4.6580.2062240.1654300X-RAY DIFFRACTION100
4.658-5.2070.2241990.1683899X-RAY DIFFRACTION100
5.207-6.0110.2711640.193457X-RAY DIFFRACTION100
6.011-7.360.3281580.2122921X-RAY DIFFRACTION100
7.36-10.3980.2061130.1782303X-RAY DIFFRACTION100
10.398-82.90.303660.2931305X-RAY DIFFRACTION99.7817

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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