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- PDB-8qfw: Murine pyridoxal phosphatase in complex with 7,8-dihydroxyflavone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qfw
タイトルMurine pyridoxal phosphatase in complex with 7,8-dihydroxyflavone
要素Chronophin
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / Inhibitor / Chronophin
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / contractile ring / positive regulation of actin filament depolymerization / regulation of modification of postsynaptic structure / dephosphorylation / regulation of mitotic nuclear division / protein-serine/threonine phosphatase ...pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / contractile ring / positive regulation of actin filament depolymerization / regulation of modification of postsynaptic structure / dephosphorylation / regulation of mitotic nuclear division / protein-serine/threonine phosphatase / cellular response to ATP / protein serine/threonine phosphatase activity / cleavage furrow / lamellipodium membrane / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / heat shock protein binding / regulation of cytokinesis / ruffle membrane / cell-cell junction / actin cytoskeleton / midbody / postsynapse / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-phosphoglycolate phosphatase, eukaryotic / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / : / Chronophin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schindelin, H. / Gohla, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB688-A11 ドイツ
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: 7,8-Dihydroxyflavone is a direct inhibitor of human and murine pyridoxal phosphatase.
著者: Brenner, M. / Zink, C. / Witzinger, L. / Keller, A. / Hadamek, K. / Bothe, S. / Neuenschwander, M. / Villmann, C. / von Kries, J.P. / Schindelin, H. / Jeanclos, E. / Gohla, A.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: 7,8-Dihydroxyflavone is a direct inhibitor of pyridoxal phosphatase
著者: Brenner, M. / Zink, C. / Witzinger, L. / Keller, A. / Hadamek, K. / Bothe, S. / Neuenschwander, M. / Villmann, C. / von Kries, J.P. / Schindelin, H. / Jeanclos, E. / Gohla, A.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年6月26日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chronophin
B: Chronophin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,25711
ポリマ－63,2382
非ポリマー1,0199
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)167.011, 167.011, 167.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 2 or resid 4...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 2 or resid 4...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETALAALAAA1 - 22 - 3
d_12CYSCYSALAALAAA4 - 195 - 20
d_13GLYGLYLEULEUAA21 - 4422 - 45
d_14ARGARGALAALAAA46 - 7347 - 74
d_15LEULEULEULEUAA75 - 9076 - 91
d_16ALAALAALAALAAA92 - 9393 - 94
d_17LEULEULEULEUAA95 - 9696 - 97
d_18LEULEUSERSERAA100 - 101101 - 102
d_19SERSERTHRTHRAA107 - 156108 - 157
d_110ALAALAGLYGLYAA158 - 190159 - 191
d_111LEULEUARGARGAA192 - 202193 - 203
d_112ALAALATYRTYRAA204 - 213205 - 214
d_113PHEPHEGLNGLNAA215 - 216216 - 217
d_114ILEILETHRTHRAA218 - 219219 - 220
d_115ASPASPTHRTHRAA221 - 229222 - 230
d_116METMETALAALAAA231 - 263232 - 264
d_117ALAALALEULEUAA265 - 267266 - 268
d_118ALAALAGLYGLYAA269 - 270270 - 271
d_119ARGARGASPASPAA272 - 273273 - 274
d_120VALVALGLUGLUAA275 - 291276 - 292
d_121MGMGMGMGAC301
d_122PO4PO4PO4PO4AD302
d_21METMETALAALABB1 - 22 - 3
d_22CYSCYSALAALABB4 - 195 - 20
d_23GLYGLYLEULEUBB21 - 4422 - 45
d_24ARGARGALAALABB46 - 7347 - 74
d_25LEULEULEULEUBB75 - 9076 - 91
d_26ALAALAALAALABB92 - 9393 - 94
d_27LEULEULEULEUBB95 - 9696 - 97
d_28LEULEUTHRTHRBB100 - 156101 - 157
d_29ALAALAGLYGLYBB158 - 190159 - 191
d_210LEULEUARGARGBB192 - 202193 - 203
d_211ALAALATYRTYRBB204 - 213205 - 214
d_212PHEPHEGLNGLNBB215 - 216216 - 217
d_213ILEILETHRTHRBB218 - 219219 - 220
d_214ASPASPTHRTHRBB221 - 229222 - 230
d_215METMETALAALABB231 - 263232 - 264
d_216ALAALALEULEUBB265 - 267266 - 268
d_217ALAALAGLYGLYBB269 - 270270 - 271
d_218ARGARGASPASPBB272 - 273273 - 274
d_219VALVALGLUGLUBB275 - 291276 - 292
d_220MGMGMGMGBI301
d_221PO4PO4PO4PO4BJ302

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.238859664484, 0.271820396322, 0.932233732937), (-0.152294024333, -0.958628458721, 0.240495339418), (0.959037325048, -0.0845289907249, 0.270374294067)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.238859664484, 0.271820396322, 0.932233732937), (-0.152294024333, -0.958628458721, 0.240495339418), (0.959037325048, -0.0845289907249, 0.270374294067)
ベクター: -19.8303266303, -30.3763939665, 33.5164106966)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chronophin / Pyridoxal 5'-phosphate phosphatase / Pyridoxal phosphate phosphatase / PLP phosphatase


分子量: 31618.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdxp, Cin, Plp, Plpp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60487, protein-serine/threonine phosphatase, pyridoxal phosphatase

-
非ポリマー , 7種, 325分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UK9 / 7,8-bis(oxidanyl)-2-phenyl-chromen-4-one


分子量: 254.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Protein solution: 10 mg/ml protein in 50 mM triethanolamine, 250 mM NaCl and 5 mM MgCl2 at pH 7.4 with 3-fold molar excess of 7,8-DHF Reservoir solution 0.1 M phosphate-citrate buffer and 40% v/v PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 52033 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 41 % / Biso Wilson estimate: 39.35 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 20.66
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 40.66 % / Rmerge(I) obs: 3.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 8286 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.772 / Rrim(I) all: 3.713 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.64 Å / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 2545 4.89 %
Rwork0.1844 49450 -
obs0.1856 51995 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4379 0 66 316 4761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53076383
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.15961807
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.814185696174 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.35091420.34382714X-RAY DIFFRACTION98.41
2.04-2.080.32711310.3012732X-RAY DIFFRACTION99.97
2.08-2.130.3361390.26292731X-RAY DIFFRACTION99.97
2.13-2.180.24721250.24662730X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.230.2561620.22742716X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.290.23921390.22332710X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.360.21971430.21392732X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.440.24751340.20952745X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.520.24661640.21832717X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.620.23811350.19392733X-RAY DIFFRACTION99.93
2.62-2.740.19851130.19892777X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.890.23771430.19242760X-RAY DIFFRACTION99.97
2.89-3.070.22481520.18762726X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.30.24711310.18972762X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.640.18281220.1632777X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.160.18371550.15252751X-RAY DIFFRACTION99.9
4.16-5.240.13411500.13992782X-RAY DIFFRACTION100
5.24-44.640.20841650.18472855X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.910699679150.5992618772291.241700009783.783335383290.2069267870173.16185621299-0.175010311996-0.426957491705-0.2719516465310.615038624488-0.0119131790298-0.3150724098050.427050729340.4570865330440.2027948014990.4271209603810.068699267460.0402743543150.4353837146090.1023720014390.336350713853-43.9670571938-35.7315716883-10.4327248106
22.383570391710.3789407780040.400895948251.08787067145-0.1131362761373.14369492992-0.1792582306790.02826694266020.420494127850.181996152345-0.01881057137670.0795947276257-0.2419117795680.07221579337390.1990427134240.290262811861-0.04606066971360.01181240286060.2434682266860.03031991184810.438899487962-53.7624742365-23.2969442253-24.5567333377
34.528117642020.4665543957810.532898338427.033464480820.7061493634222.42045205226-0.1916657111650.8952748229430.570899504265-0.675462049873-0.0453554173551-0.0867873979597-0.5352447880310.2683092059620.1297577755980.308629869634-0.0670892720258-0.02265803975260.4288791547630.1042743356490.365719763328-62.6228945876-27.0982587087-45.1650750448
43.749941367961.963676194472.160302727821.593519380320.9083541751042.75417895906-0.03652938024930.1637629594150.0846040514303-0.0132746252149-0.0417829562468-0.03531843571590.0217343801760.1348375863190.04470435229150.295276218309-0.01819903400320.0777665061850.2884305835330.01378245881190.387020275016-61.4148560498-37.2399612795-36.1870183903
53.05408122446-0.4898126824470.3325305102182.517237074660.1711919480083.93504979757-0.122858029933-0.272202085787-0.1520356883250.372572013852-0.0824254092340.2310345115430.6058020200180.03972036764120.1488684458020.411134832746-0.01843146713660.08771202842790.2938297048030.06347540679890.317889420841-50.5996387618-38.3301742406-15.5331503925
60.7123531382470.03647073847171.026283613910.9360662658431.092843611272.815436185880.222896615939-0.9936733178510.3466623292621.771116685130.183716983948-0.339170258051-0.08628615611530.356383457896-0.1733305394231.0403843846-0.154545299648-0.2956468820530.888495015683-0.07079245775740.474297757616-28.07794005787.69740961364-8.75182982582
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 25 )AA0 - 251 - 26
22chain 'A' and (resid 26 through 100 )AA26 - 10027 - 101
33chain 'A' and (resid 101 through 151 )AA101 - 151102 - 152
44chain 'A' and (resid 152 through 221 )AA152 - 221153 - 222
55chain 'A' and (resid 222 through 291 )AA222 - 291223 - 292
66chain 'B' and (resid 1 through 25 )BH1 - 251 - 25
77chain 'B' and (resid 26 through 100)BH26 - 10026 - 100
88chain 'B' and (resid 101 through 151)BH101 - 151101 - 146
99chain 'B' and (resid 152 through 221 )BH152 - 221147 - 216
1010chain 'B' and (resid 222 through 291 )BH222 - 291217 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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